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标题: gamess计算大体系cpu利用率很低 [打印本页]

作者
Author: xijinyang 时间: 2015-3-10 17:14
标题: gamess计算大体系cpu利用率很低
大家好，我初次使用gamess做能量分解计算，发现cpu利用率很低很低，具体是在SCF自洽迭代的这步。我怀疑是不是我的体系太大了？还是输入文件写法有误？我有41个原子，带-1电荷，并且采用的是b3lyp/6-311++G**的基组，具体用了一个节点12个CPU。具体输入文件和cpu利用率如下：
$contrl scftyp=rhf runtyp=eda dfttyp=b3lyp coord=PRINAXIS icharg=-1 mult=1
  nosym=1 $end
$guess  guess=Huckel $end
$system mwords=100 memddi=1200 $end
$basis gbasis=N311 ngauss=6 npfunc=1 ndfunc=1 diffsp=.true. diffs=.true. $end
$lmoeda matom(1)=3,38 mcharg(1)=-1,0 mmult(1)=1,1 supbas=.true. $end
$data
scn-eda
C1
S 16.0             8.70568300 16.32682200 6.24519900
N 7.0             6.56457800 14.51240300 6.68352900
C 6.0             7.45736300 15.25941100 6.50567800
Cl  17.0             11.77992900 19.98115600 7.22841100
Cl  17.0             3.92773300 11.07773000 7.40154500
O 8.0             8.14856900 12.11322000 9.56107400
O 8.0             11.33466900 15.68799800 9.44492700
O 8.0             7.92739100 18.70089400 9.85163500
O 8.0             4.73681800 15.13130700 9.89223200
N 7.0             4.39076400 13.19773100 8.81435900
N 7.0             6.17905400 11.65257100 8.58987500
N 7.0             6.47739100 13.64642800 9.84242000
N 7.0             11.51953400 17.69421600 8.45615400
N 7.0             9.74374800 19.25455500 8.66631800
N 7.0             9.62327300 17.16591500 9.78203500
C 6.0             5.23314100 13.95608500 9.51478600
C 6.0             4.93798000 12.07272300 8.38498600
C 6.0             6.89334600 12.49795900 9.33685500
C 6.0             9.00106600 12.99674400 10.23677600
C 6.0             9.16797500 12.85396400 11.60438300
H 1.0             8.59022900 12.11154400 12.14711700
C 6.0             10.06198100 13.69987700 12.25666300
H 1.0             10.18748800 13.61971400 13.33129100
C 6.0             10.78909600 14.65415600 11.54777300
H 1.0             11.48450800 15.32207700 12.04757800
C 6.0             10.58366300 14.75509200 10.18172300
C 6.0             9.69393000 13.94274900 9.49463900
H 1.0             9.50940100 14.08245300 8.43360200
C 6.0             10.79386400 16.88375000 9.23419300
C 6.0             10.93031700 18.85925900 8.23756100
C 6.0             9.13579700 18.34486300 9.43387700
C 6.0             7.16570400 17.76393500 10.56815500
C 6.0             7.17366600 17.81253400 11.95160100
H 1.0             7.81498100 18.52012800 12.46854800
C 6.0             6.36660900 16.91624900 12.64858800
H 1.0             6.37914800 16.91515100 13.73297500
C 6.0             5.55262300 16.01235000 11.97070300
H 1.0             4.91813300 15.31078300 12.50350600
C 6.0             5.58391800 16.00577000 10.58588200
C 6.0             6.38736800 16.86681700 9.85305300
H 1.0             6.44106000 16.80576300 8.77059100
$end

谢谢大家了！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-10 18:19
先做个普通的单点任务，比较一下12核和串行情况下运行的实际耗时，以确认到底是否并行正常。

作者
Author: xijinyang 时间: 2015-3-11 13:36

sobereva 发表于 2015-3-10 18:19
先做个普通的单点任务，比较一下12核和串行情况下运行的实际耗时，以确认到底是否并行正常。

老师，谢谢您的回复。我测试过基组精度仅为3-21G时，进行同样的能量分解计算，并行cpu利用率基本100%的，所以推断基组太大了？不合理啊，仅仅是scf自洽迭代部分，照理说体系和基组又不大的。是不是在安装gamess-1 MAY 2013 (R1)时候有问题？我是按照您博客上“GAMESS-US 2013-May版编译方法”一步步安装的，并且测试任务的结果全部检验通过的。并行选的是sockets。谢谢您了！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-11 14:38
从你的截图看，似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap，造成硬盘大量读写，此时容易造成CPU占用率很低，闲着没事干。
计算时注意看看硬盘是否正在频繁读写。

可以将并行核数降低到2、4再看看情况。

作者
Author: xijinyang 时间: 2015-3-13 10:35

sobereva 发表于 2015-3-11 14:38
从你的截图看，似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap，造成硬盘大量读写，此时容易造成CPU ...

谢谢您的回复！貌似核数下降还是老样子。。。另外，我想问下您gamess能跨节点并行吧？安装时候跟原先选sockets有啥区别呢？我选择mpi时发现，编译ddi里面并没有生成ddikick.x呢。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-13 12:56
跨节点、MPI方式编译我没试过

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-6-19 12:28
本帖最后由 huanyizhen 于 2015-6-19 16:49 编辑

sobereva 发表于 2015-3-11 14:38
从你的截图看，似乎内存已经几乎占满了。
物理内存不够时可能用swap，造成硬盘大量读写，此时容易造成CPU ...

sob老师，我遇到的情况和楼主图片中的情况一样，top后，每项显示都差不多。我用1核来计算时，cpu利用率升高了一些，但也只有30%左右且不很稳定。总共16G的内存，已全部占满了，遇到这种情况，该如何解决呢？
kernel.shmmax=333554432;kernel.shmall=20097152 inp文件如图

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-19 21:36

huanyizhen 发表于 2015-6-19 12:28
sob老师，我遇到的情况和楼主图片中的情况一样，top后，每项显示都差不多。我用1核来计算时，cpu利用率升 ...

你看看是否正在大量读写硬盘。
可以看硬盘灯是否在闪，也可以用vmstat 3 -S M命令，每3秒采集一次硬盘状态，由此可以看硬盘是否正在读写，以M为单位输出。运行一般没有读写硬盘的任务时，显示的bi、bo也就是0至几十。如果上万了或者更多，就说明在读写硬盘比较厉害。

作者
Author: abdoman 时间: 2015-6-22 20:06

sobereva 发表于 2015-3-13 12:56
跨节点、MPI方式编译我没试过

mpi 和socket 都是可以支持跨节点的。
只是需要注意的是并行环境，如果是千兆网，节点间的并行效果不太好。不要超过4节点吧。

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