计算化学公社

标题: 过渡态的下一步IRC的计算求助 [打印本页]

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-3-11 21:35
标题: 过渡态的下一步IRC的计算求助
O-  + CH4 氧负离子和甲烷反应的的IRC计算求助：
首先我已经找到了这个反应的过渡态，跟文献中的的结构几乎一样。

然后我想重复一下文献的数据，如图potential-fig.png所示

我的计算如下，在上述过渡态结构基础上分别进行forward和reverse的IRC计算，输入文件为：
#p IRC=(forward,Calcfc,Maxpoint=400,StepSize=4,MaxCycle=500) uMP2/6-311+g(d,p) nosymm

Title Card Required

-1 2
C                -1.10982500 0.00001200 -0.00140400
H                -1.36599300 0.00214000 -1.06046400
H                -1.44796200 -0.90628500 0.50284700
H                -1.44705600 0.90470600 0.50628300
H                0.20520600 -0.00065800 0.06810700
O                1.33934500 0.00000300 -0.00104400

****************************************************************************
#p IRC=(reverse,Calcfc,Maxpoint=400,StepSize=4,MaxCycle=500) uMP2/6-311+g(d,p) nosymm

Title Card Required

-1 2
C                -1.10982500 0.00001200 -0.00140400
H                -1.36599300 0.00214000 -1.06046400
H                -1.44796200 -0.90628500 0.50284700
H                -1.44705600 0.90470600 0.50628300
H                0.20520600 -0.00065800 0.06810700
O                1.33934500 0.00000300 -0.00104400

然后将两个结果合并，见图IRC.png

我做的图IRC.png与文献中的结果图potential-fig.png差别很大，距离不够，中间点数据缺失，不知我该如何改进？

谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-11 22:25
你的横坐标不对，别人的应该是从过渡态键长开始的，你的是从0开始的，所以缺一块

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-3-12 11:03

sobereva 发表于 2015-3-11 22:25
你的横坐标不对，别人的应该是从过渡态键长开始的，你的是从0开始的，所以缺一块

图irc-new.png是我修改横坐标后的的结果。

感觉还是差别很大，文献中好像只有15个数据点，而且距离达到了6-7埃，而我不管怎么跑IRC，forward只能算到2埃左右，reverse只能跑到4埃左右。

文献中是不是没有用IRC计算，而只是计算了15个特定点的数据，然后拟合得到的曲线啊？
（此文献大部分是实验讨论，计算部分没有详细说明是怎么计算的，只是讨论结果）

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-12 16:49
他们不是直接跑的IRC。从过渡态跑IRC，两头只能走到最邻近的极小点，然后就自动停了。他们可能是从TS结构开始对键长做的柔性扫描

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