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标题: ORCA运行停滞 [打印本页]

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-20 11:17
标题: ORCA运行停滞
本帖最后由 amani73986 于 2015-3-21 22:38 编辑

计算一个30个原子，只有C和H两种元素的开壳层（2）体系，输入的关键词如下：
% maxcore 8000! b3lyp d3bj def2-TZVP def2-TZVP/C def2-TZVP/J opt freq RIJCOSX tightscf
% pal nprocs 8
end
* xyz 0 2

XXX
*
计算了一夜后查看几次都停滞在这个位置（图1），之后我又去掉了RIJCOSX，也算了一夜还是计算停滞在一个位置（图2），求助大家这是什么原因？谢谢大家

自己发现一个问题，def2-TZVP/C不用....

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-20 11:53
先确保用了最新版本，然后尝试
1 改用串行计算
2 去掉d3bj。def2-TZVP/C对于当前计算也无意义。

作者
Author: lao7 时间: 2015-3-20 11:55
估计卡死了，你内存总共多大的？30个原子体系，如果16个核心，计算频率的情况下，每个核心分1000-1500M即可。如果想每个核心分3G，最好不要超过6个核心（总64G内存情况下）
你现在不计算频率的情况下，总共用了64G了。orca对内存控制差。

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-20 11:57

sobereva 发表于 2015-3-20 11:53
先确保用了最新版本，然后尝试
1 改用串行计算
2 去掉d3bj。def2-TZVP/C对于当前计算也无意义。

我用的是3.0.0版本,/C我也刚刚发现了，那我先去掉色散修正和并行试试。谢谢sob

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-20 11:58

lao7 发表于 2015-3-20 11:55
估计卡死了，你内存总共多大的？30个原子体系，如果16个核心，计算频率的情况下，每个核心分1000-1500M即可 ...

算了四个差不多的体系，都卡死了...我把内存改小了，再按sob说的试试..

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-20 11:58
最好用最新的3.0.3版，解决了一些bug

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-20 12:01

sobereva 发表于 2015-3-20 11:58
最好用最新的3.0.3版，解决了一些bug

在别人的集群上算的，未经允许实在是不能擅自改撒，我先试试，不行就建议师兄装个新版本，谢谢sob

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-21 09:08

sobereva 发表于 2015-3-20 11:58
最好用最新的3.0.3版，解决了一些bug

% maxcore 1500
! uks b3lyp d3 RIJCOSX def2-QZVP def2-QZVP/J nopop opt tightscf
% pal nprocs 8
重新按照上述的关键词，计算成功了。应该不是并行和加了色散修正的问题。本来按照sob在大体系弱相互作用解决之道上写的推荐，想用RIJK加速，结果opt的时候不能用RIJK，显示未定义梯度。基组方面用的def2-QZVP,因为体系只有碳氢，按照《大体系》那个帖子的分析，没用修正BSSE。泛函方面，因为相近的文章都用的B3LYP，而且规划的内容中其他已经算完的内容用的也是B3LYP,担心换了泛函审稿人会质疑，所以没用双杂化。也请sob看下这个计算方法有没有问题，这是为了算一个极性小分子和一个PAH之间的相互作用。谢谢sob。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-21 21:59

amani73986 发表于 2015-3-21 09:08
% maxcore 1500
! uks b3lyp d3 RIJCOSX def2-QZVP def2-QZVP/J nopop opt tightscf
% pal nprocs 8 ...

方法和基组没问题。但是如果体系是闭壳层，不要用uks，否则按照开壳层算会多花很多时间。

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-21 22:38
本帖最后由 amani73986 于 2015-3-21 22:39 编辑

sobereva 发表于 2015-3-21 21:59
方法和基组没问题。但是如果体系是闭壳层，不要用uks，否则按照开壳层算会多花很多时间。

谢谢sob，体系M=2，这PAH有奇数个氢，所以M=2，我用这个方法算了下，但是opt根本跑不动（pal8，% maxcore 1000），而且出错了，显示为图3（不会在回复里上传图片，只能发在帖子里啦）；所以我把opt计算修改成纯泛函，用下面的关键词进行计算了。
! uks blyp d3 def2-TZVP def2-TZVP/J nopop opt
然后再用
! uks b3lyp d3 RIJCOSX def2-QZVP def2-QZVP/J nopop freq最后算一下频率和单点，用来计算相互作用能，请问sob这样做对于准确性影响应该不大吧？谢谢sob

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-22 00:57
没看见图。不过这么做没问题。
回帖时候选择进入高级模式，就可以传图了

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-22 09:53
本帖最后由 amani73986 于 2015-3-22 10:08 编辑

sobereva 发表于 2015-3-22 00:57
没看见图。不过这么做没问题。
回帖时候选择进入高级模式，就可以传图了

补图（图1）,当时计算的关键词% maxcore 1500 ! uks b3lyp d3 RIJCOSX def2-QZVP def2-QZVP/J nopop opt tightscf % pal nprocs 8。
另外采用! uks blyp d3 def2-TZVP def2-TZVP/J nopop opt，8核并行 % maxcore 1000（3.0.0版本），计算时，一共算了五个相近的构型，初始构型用MOPAC2012,PM7方法优化得到。只有一个计算成功了，另外四个报错，错误完全一样，检查时发现，错误任务的SCF过程中能量一直波动，最后125圈之后不收敛，如图2，任务类型为OPT，之后计算梯度，算到交换-相关梯度的时候就报错了，如图3.我看到本版lao7也发帖提问过一样的问题(他用的3.0.3版本)，我先按照sob在那的建议试试，先把那四个任务串行，看看能否成功，谢谢SOB。

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-9-28 13:45
本帖最后由欢乐多于 2019-9-28 14:03 编辑

sobereva 发表于 2015-3-22 00:57
没看见图。不过这么做没问题。
回帖时候选择进入高级模式，就可以传图了

老师，运行ORCA时，CPU利用率很少，显示0.5%，服务器是24核的，输入文件设置是24核；而内存利用很多，64G的内存能达到95%，这个，有问题吗？您看附件里输入文件有问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-29 02:34

欢乐多发表于 2019-9-28 13:45
老师，运行ORCA时，CPU利用率很少，显示0.5%，服务器是24核的，输入文件设置是24核；而内存利用很多，64G ...

没什么问题，可能正在大量硬盘，导致CPU闲着没事干
也可以尝试把并行核数改小点，把maxcore相应地加大点，说不定反倒更快

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-10-8 15:08

欢乐多发表于 2019-9-28 13:45
老师，运行ORCA时，CPU利用率很少，显示0.5%，服务器是24核的，输入文件设置是24核；而内存利用很多，64G ...

用ORCA做ECD谱的计算，后来尝试对比，结果如下：
16核，每核分配4G内存，耗时3h;
16核，每核分配4G内存，耗时2h;
12核，每核分配5G内存，耗时1h
由此，看来，设定12核，5G内存省时。

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-10-8 15:24

sobereva 发表于 2019-9-29 02:34
没什么问题，可能正在大量硬盘，导致CPU闲着没事干
也可以尝试把并行核数改小点，把maxcore相应地加大点 ...

老师，服务器是24核，64G内存，-M-设置为 60GB，-P- 设置24；运行Gaussian时，cpu利用率总是在50%左右，而运行XTB，cpu利用率是在90%左右，利用率很高，仔细阅读《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html，也未找到gaussian的cpu利用率低的原因，需要一些其他的关键词吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-9 08:43

欢乐多发表于 2019-10-8 15:24
老师，服务器是24核，64G内存，-M-设置为 60GB，-P- 设置24；运行Gaussian时，c ...

明明都已经利用满了
24核，占用率2399%，还不够？

作者
Author: Senses_Y 时间: 2021-1-24 20:32

欢乐多发表于 2019-10-8 15:24
老师，服务器是24核，64G内存，-M-设置为 60GB，-P- 设置24；运行Gaussian时，c ...

这个现象很明显是超线程的问题，服务器应该是24核48线程，但是Gaussian计算只会用到你的物理核数，所以在top上显示CPU占用率为50%

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