计算化学公社

标题: 请教搜索两个反应物分子形成结合物构型的方法 [打印本页]

作者
Author: jiameiye 时间: 2015-3-23 13:41
标题: 请教搜索两个反应物分子形成结合物构型的方法
在计算2个分子的反应路径中，我们通常是将两个相互作用的分子在GaussView 里摆放到一定的位置（反应位点靠近）进行优化计算来找到结合物的构型，是不是可以用一些程序或方法（例如MD）搜索所有可能的结合物构型？或者反应物分子相互靠近和最终形成化合物的轨迹？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-25 02:26
获得所有可能的复合物构型其实就类似于分子团簇构型搜索，可以参考此贴的做法：使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577）

若要获得轨迹，可以将两个分子摆成相距一定距离，然后让二者相向运动，跑N次动力学，每次让这两个分子的相对朝向都随机选取。

作者
Author: jiameiye 时间: 2015-3-25 08:51
好的，非常感谢！

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