计算化学公社

标题: 自由能分解为VDW力和静电作用力求助 [打印本页]

作者
Author: xiaochenxi 时间: 2018-1-7 12:01
标题: 自由能分解为VDW力和静电作用力求助
在Pair interaction calculations中pairInteractionGroup1和pairInteractionGroup2设置为不同原子，分解之后的力不同，比如环糊精和卟啉，当环糊精为pairInteractionGroup1，卟啉为pairInteractionGroup2，分解出的为如INTERACTION: STEP: 0 VDW_FORCE: 0.1237 0.5843 -2.1048 ELECT_FORCE: -1.7003 -0.4223 -1.1232 ；当卟啉为pairInteractionGroup1，环糊精为pairInteractionGroup2时，分解出的力为如PAIR INTERACTION: STEP: 0 VDW_FORCE: -0.1237 -0.5843 2.1048 ELECT_FORCE: 1.7003 0.4223 1.1232 ，为什么会有符号相反，数值不变；这里是固定环糊精，拉的卟啉跑的PMF，谢谢。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-1-7 12:37
你两次算的是作用力与反作用力，当然是大小相同，符号相反了

如果你要算自由能分解的话，还要将力投影在反应坐标上，然后积分。不过一般来说直接画能量随反应坐标的变化就行了

注意，你固定了原子，就不能使用ABF算自由能了，要用eabf
http://colvars.github.io/colvars ... -namd.html#sec:eABF

作者
Author: xiaochenxi 时间: 2018-1-7 16:01

fhh2626 发表于 2018-1-7 12:37
你两次算的是作用力与反作用力，当然是大小相同，符号相反了

如果你要算自由能分解的话，还要将力投影在 ...

那到底用哪一个，因为将力投影到坐标之后，最后自由能分解的作用也是相反的，固定环糊精拉卟啉，应该是环糊精对卟啉的作用力吧，应该把卟啉标为1，环糊精标为2？

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-1-7 16:18

xiaochenxi 发表于 2018-1-7 16:01
那到底用哪一个，因为将力投影到坐标之后，最后自由能分解的作用也是相反的，固定环糊精拉卟啉，应该是环 ...

积分以后就是一个正负号的问题，随便用哪个都行吧，看一眼积分出来的曲线就知道该取什么符号了

作者
Author: xiaochenxi 时间: 2018-1-16 20:45

xiaochenxi 发表于 2018-1-7 16:01
那到底用哪一个，因为将力投影到坐标之后，最后自由能分解的作用也是相反的，固定环糊精拉卟啉，应该是环 ...

如果你要算自由能分解的话，还要将力投影在反应坐标上，然后积分。不过一般来说直接画能量随反应坐标的变化就行了
但是不管是作用力还是反作用力，积分之后得到的能量不该一样吗？可是我算出来的是力是负的，积出来了的能量值是正的；另一个相反

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2021-9-26 23:35

xiaochenxi 发表于 2018-1-16 20:45
如果你要算自由能分解的话，还要将力投影在反应坐标上，然后积分。不过一般来说直接画能量随反应坐标的变 ...

请问算electricstatic interaction 和vdw的自由能应该在colvars用什么模块呢？谢谢

作者
Author: abing 时间: 2024-9-13 10:24

fhh2626 发表于 2018-1-7 12:37
你两次算的是作用力与反作用力，当然是大小相同，符号相反了

如果你要算自由能分解的话，还要将力投影在 ...

老师，请问您一下用Pair Interaction Calculation计算Group1和Group2，得到的VDW和ELECT_FORCE力为正负值是分别表示Group1受到Group2的引力和斥力吗，还是表示该力在某一坐标轴上沿着或逆着坐标轴方向呢。您说的将力投影在坐标上该如何实现呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-9-13 15:18

abing 发表于 2024-9-13 10:24
老师，请问您一下用Pair Interaction Calculation计算Group1和Group2，得到的VDW和ELECT_FORCE力为正负值 ...

那后面应该跟了3个数吧？就是力的向量，你可以计算向量投影到某一个反应坐标上的大小

作者
Author: abing 时间: 2024-9-13 15:35

fhh2626 发表于 2024-9-13 15:18
那后面应该跟了3个数吧？就是力的向量，你可以计算向量投影到某一个反应坐标上的大小

老师，按照这样计算得到的log文件中VMD和ELECT力的三个值，它们的正负号就表示坐标轴的方向嘛

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-9-15 16:59

abing 发表于 2024-9-13 15:35
老师，按照这样计算得到的log文件中VMD和ELECT力的三个值，它们的正负号就表示坐标轴的方向嘛

这三个值是向量啊

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