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标题: 基于promolecular的RDG分析，没有显示弱作用 [打印本页]

作者
Author: anqingpingle 时间: 2018-1-10 08:17
标题: 基于promolecular的RDG分析，没有显示弱作用
用的Multiwfn3.5版本，将MS 优化的结构信息转化成mol文件，进行了基于promolecular的RDG分析。命令为100 1 16,14 3 -1，得出的结果如图所示。为何没有明显的弱作用spike？是我哪里出错了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-10 08:23
很多spike啊，顶多是因为点不够密集，显得没鲜明戳到底而已。去看等值面，绝对会出现展现弱相互作用的RDG等值面

作者
Author: anqingpingle 时间: 2018-1-10 08:35
多谢sob老师。选点已经用的高精度的了，还能用更高的吗？
我去做等值面试试啊

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-10 08:45

anqingpingle 发表于 2018-1-10 08:35
多谢sob老师。选点已经用的高精度的了，还能用更高的吗？
我去做等值面试试啊

高精度那个选项是对于中、小体系而言的。格点数目是固定的，体系大了显然格点就稀疏了，精度就低了

作者
Author: anqingpingle 时间: 2018-1-10 15:52
重新增加了格点。做了等值面，并参考http://sobereva.com/68 调整了等值面，可等值面一直都是分子上也有呢。按照设置中心原子的方法，一次次试，但是如何保证只是去掉了分子上的，分子间的全部留下来呢？？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-10 16:07

anqingpingle 发表于 2018-1-10 15:52
重新增加了格点。做了等值面，并参考http://sobereva.com/68 调整了等值面，可等值面一直都是分子上也有呢 ...

RDG_maxrho设为默认值，如果还这样，调节RDG等值面数值到合适的值使得分子内的等值面消失

作者
Author: anqingpingle 时间: 2018-1-11 08:16
多谢sob老师你！已经调好了。

作者
Author: anqingpingle 时间: 2018-1-11 08:17
另外我想在做一下粗定量的分析，请sob老师给指导一下方向

作者
Author: anqingpingle 时间: 2018-1-14 11:20
sob老师，画完散点图在【-0.05,0.05】区间内spike很多，不同的作用力的具体范围如何确定？范德华力取【-0.01，0.01】之间的spike可以吗？其余的左边至0.05可以认为是氢键类吗？右边至0.05是位阻？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-15 00:03

anqingpingle 发表于 2018-1-14 11:20
sob老师，画完散点图在【-0.05,0.05】区间内spike很多，不同的作用力的具体范围如何确定？范德华力取【-0.0 ...

具体怎么归属看体系特征。诸如有较强卤键，spike也是很靠图左边的
结合填色等值面图、化学常识，很容易指认

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