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标题: 使用oniom方法优化显式溶液的问题 [打印本页]

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-1-12 20:06
标题: 使用oniom方法优化显式溶液的问题
1. 用amber计算溶剂（水）时，是否必须指定原子的电荷？我发现不指定电荷时算得非常快，但是担心这样做有问题。

2. 如果不冻结溶剂的坐标所有的分子都优化的话，经常会出现优化错误“New curvilinear step not converged.”。以往用opt=cartesian可以解决这个问题，但是这个关键词与microiteration冲突不能与oniom共存。

以上两个问题请各位专家帮我看看，谢谢。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-1-12 21:17
（1）不指定电荷应该会用默认的电荷，电荷的存在应该是为了计算静电相互作用，不知道Gaussian的ONIOM是怎么计算的，但是GROMACS的话静电作用的长程部分是算得很慢的。
（2）ONIOM默认是使用微迭代方式，首先是保持MM不动对QM进行优化，然后再保持QM不动，对MM进行优化，如此反复。用opt=QuadMac，可以考虑QM与MM之间的原子耦合，但这仅仅是为了加速收敛。
以上是个人的理解，如有误，请指出。

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-1-13 09:41

让你变成回忆发表于 2018-1-12 21:17
（1）不指定电荷应该会用默认的电荷，电荷的存在应该是为了计算静电相互作用，不知道Gaussian的ONIOM是怎么 ...

非常感谢，不过我使用opt=(quadmac,cartesian)后还是报错说微迭代中不能用笛卡尔坐标。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-1-13 09:45

ra2ghgzh 发表于 2018-1-13 09:41
非常感谢，不过我使用opt=(quadmac,cartesian)后还是报错说微迭代中不能用笛卡尔坐标。

不加cartesian试试？

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-1-13 13:59

让你变成回忆发表于 2018-1-13 09:45
不加cartesian试试？

不加cartesian没问题。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-1-13 14:20

ra2ghgzh 发表于 2018-1-13 13:59
不加cartesian没问题。

如果是说不让用笛卡尔坐标，那肯定就不能加cartesian了。
加quadmac是为了加速收敛。

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-1-13 18:06

让你变成回忆发表于 2018-1-13 14:20
如果是说不让用笛卡尔坐标，那肯定就不能加cartesian了。
加quadmac是为了加速收敛。

多谢。
您能否帮我看看我的任务有没有问题：
%mem=20GB
%nprocshared=16
#p opt=(calcall,quadmac,loose) int=ultrafine oniom(b3pw91/6-31g(d):amber)=embed nosymm 6d

Opt G6P in water from MD

0 1
O-OW--0.834                0.56263268 0.96602971 0.00000000 H
H-HW-0.417                1.52263268 0.96602971 0.00000000          H
H-HW-0.417                0.24217810 1.87096554 0.00000000          H
O-OW--0.834                3.42887464 0.85987260 1.00000000 L
H-HW-0.417                4.38887464 0.85987260 1.00000000          L
H-HW-0.417                3.10842006 1.76480843 1.00000000          L

我想这个任务已经够简单了，而且我尽我所能地使用了快速收敛的方法以及宽松的收敛判据，但是依然任务失败。
非常想知道到底是哪里出了问题。谢谢您的帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-14 23:53

ra2ghgzh 发表于 2018-1-13 18:06
多谢。
您能否帮我看看我的任务有没有问题：
%mem=20GB

你的计算都没设连接关系，此时基于分子力场的计算根本没法进行，或者说结果完全是错的
写6d是完全多余的

不设原子电荷，也不写诸如=QEq让程序自动计算，则MM方法描述的原子之间就不会有静电相互作用

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-1-15 09:17
本帖最后由 ra2ghgzh 于 2018-1-15 09:56 编辑

sobereva 发表于 2018-1-14 23:53
你的计算都没设连接关系，此时基于分子力场的计算根本没法进行，或者说结果完全是错的
写6d是完全多余 ...

感谢指导，再问个问题：

如何设置原子电荷？我这里在坐标部分写成 “元素-原子类型-原子电荷” 的形式还要做哪些补充？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-15 10:13

ra2ghgzh 发表于 2018-1-15 09:17
感谢指导，再问个问题：

如何设置原子电荷？我这里在坐标部分写成 “元素-原子类型-原子电荷” 的形式 ...

你原先写的格式就是对的

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-1-15 10:57

sobereva 发表于 2018-1-15 10:13
你原先写的格式就是对的

谢谢。
另外你之前说的“没设连接关系”的问题。指的是两层之间的链接原子吧？这样设置是否可行？
0 1
O-OW--0.834                0.56263268 0.96602971 0.00000000       H
H-HW-0.417                1.52263268 0.96602971 0.00000000       H
H-HW-0.417                0.24217810 1.87096554 0.00000000       H
O-OW--0.834                3.42887464 0.85987260 1.00000000       L H    2
H-HW-0.417                4.38887464 0.85987260 1.00000000       L
H-HW-0.417                3.10842006 1.76480843 1.00000000       L

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-15 11:05

ra2ghgzh 发表于 2018-1-15 10:57
谢谢。
另外你之前说的“没设连接关系”的问题。指的是两层之间的链接原子吧？这样设置是否可行？
0 1
...

我是指geom=connectivity要读取的那一堆信息，那表明了拓扑关系

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