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标题: 关于可及表面积的计算... [打印本页]

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Author: kunkun 时间: 2015-4-2 18:08
标题: 关于可及表面积的计算...
本帖最后由 kunkun 于 2015-4-2 19:43 编辑

我时隔两月.对通一条轨迹进行gmx sasa分析..
gmx sasa -f MDnojump -s MD.tpr -or  -surface    group选的是protein
出来的结果两次不一样..弄了一下午光是等分析的时间..也是醉了。

1：
legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Average (nm\S2\N)"
@ s1 legend "Standard deviation (nm\S2\N)"
   2 1.173 0.127
   2 0.166 0.079
   2 0.871 0.128
   2 0.032 0.039
   2 0.699 0.108
   2 0.141 0.113
   2 1.083 0.184
   2 0.672 0.105
   3 1.103 0.184
   3 0.321 0.104
   3 0.450 0.092
   3 0.003 0.011

2：
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Average (nm\S2\N)"
@ s1 legend "Standard deviation (nm\S2\N)"
   2 1.944 0.262
   3 0.306 0.193
   4 0.618 0.157
   5 0.103 0.085
   6 0.400 0.145
   7 0.061 0.110
   8 1.208 0.228
   9 1.626 0.181
   10 1.375 0.202
   11 0.010 0.041
   12 0.163 0.114

同样是一条轨迹，为何氨基酸的序列号却会被打乱。。且数据都不对。。但是他们的总数是一致的。
请问下sob老师这如何破..
在处理pdb时，由于有修饰氨基酸，我直接去掉了，并没有把pdb的起始序号更正。。但是怎么第一次就可以计算平均每个residue的SASA。。
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后来我仔细对比了一下，gmx sasa -or命令把residue误认为atom了。默认只输出了我氨基酸总数那么多的原子...gmx bug了么

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