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标题: orca constrained optimization问题 [打印本页]

作者
Author: 最爱喵星人 时间: 2018-1-15 17:45
标题: orca constrained optimization问题
用ｏｒｃａ计算两个小分子的吸附能。分别优化好两个小分子后把它们的笛卡尔坐标放在同一输入文件中并分成相应的两个片段（ｆｒａｇｍｅｎｔ）。总共３２个原子。然后按照手册介绍输入：

%geom
ConstrainFragments {1} {2} end
end

查看输出文件发现：
The number of degrees of freedom ９０

也就是说两个片段内的小分子没有被各自固定住。

手册还提到要加ConnectFragments关键字，我不确定这个关键字是否是必须的。但即使加了，自由度也还是９０。

请问是怎么回事？

谢谢。

作者
Author: jason 时间: 2018-1-15 20:41
本帖最后由 jason 于 2018-1-15 20:44 编辑

ORCA中大体系限制性优化的输入文件格式问题求助可以参考下这个帖子，希望有帮助

作者
Author: 最爱喵星人 时间: 2018-1-15 22:18

jason 发表于 2018-1-15 20:41
ORCA中大体系限制性优化的输入文件格式问题求助可以参考下这个帖子，希望有帮助

好的　谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-16 08:57
优化时保持片段刚性，允许相对距离、朝向被优化的例子
! BLYP D3 gCP(DFT/SV) def2-SVP opt nopop noautostart
%geom
ConstrainFragments {1 2} end
ConnectFragments {1 2 O} end
end
*xyz 0 1
O(1)             -1.51238700 -0.20289719 0.00000000
H(1)             -1.97287927 0.85088024 0.00000000
H(1)             -0.56105693 -0.04766518 0.00000000
O(2)             1.79793822 -0.54612630 0.21609009
H(2)             1.57847899 -0.96058813 -0.62036251
H(2)             2.27932659 -0.82241693 0.99808922
*

作者
Author: 最爱喵星人 时间: 2018-1-16 15:57

sobereva 发表于 2018-1-16 08:57
优化时保持片段刚性，允许相对距离、朝向被优化的例子
! BLYP D3 gCP(DFT/SV) def2-SVP opt nopop noautos ...

谢谢！还有一个问题，我想算的是吸附吉布斯自由能，但是刚性优化后会出现虚频。请问这个时候改怎么办？在刚性优化的结果上进行全优化吗？　

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-16 17:37

最爱喵星人发表于 2018-1-16 15:57
谢谢！还有一个问题，我想算的是吸附吉布斯自由能，但是刚性优化后会出现虚频。请问这个时候改怎么办？在 ...

是

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