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标题: 关于在VMD中利用脚本输出一定范围内原子的成键信息 [打印本页]
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Author: ruanyang    时间: 2015-4-3 08:33
标题: 关于在VMD中利用脚本输出一定范围内原子的成键信息
本人自己编写了一个简单的tcl脚本用于判断选中原子是否成键，但是在运行时出现错误：invalid bareword "get"
in expression "(sqrt(($i _@_get x-$j get x)*($i ge...";
should be "$get" or "{get}" or "get(...)" or ...
我自己修改的一段时间问题没有解决！特此发帖请各位高手帮帮忙！！！！谢谢大家了
  1. mol load gro cntsol_md.gro
  2. set outfile [open ruanyang.dat w]
  3. set a [atomselect top "resname gri and y > 25.389998"]
  4. puts $outfile [$a get resid]
  5. close $outfile
  6. set list_1 {}
  7. set list_2 {}

  9. foreach {i j} {open ruanyang.dat r} {
  10.   set x1 {$i get x}
  11.   set y1 {$i get y}
  12.   set z1 {$i get z}
  13.   set x2 {$j get x}
  14.   set y2 {$j get y}
  15.   set z2 {$j get z}
  16.   
  17.   set list_1 [expr (sqrt(($x1-$x2)*($x1-$x2)+($y1-$y2)*($y1-$y2)+($z1-$z2)*($z1-$z2)))]
  18.   
  19.   if {$list_1 < = 1.42 && $list_1 > 1.40} {
  20.    lappend list_1 $i $j
  21.    } else {
  22.    lappend list_2 $list_1
  23.   }
  24. }

  26. mol top delete
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作者
Author: sobereva    时间: 2015-4-3 17:08
暂时太忙没时间仔细看，貌似set x1 {$i get x}应该为set x1 [$i get x]
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-4-3 18:12
谢谢Sob老师的回帖，问题解决的差不多了！你说的那个地方是有错误！等我改好了，把正确的脚本传上来！给大家做个参考 Sob老师的量化培训班一定会很精彩的
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-4-4 14:28
已顺利解决这个问题，其实这个脚本不仅可以得到键的信息，也可以得到角，二面角的信息!(只要进行适当的修改）。这个是第一次写TCL脚本，其中有不少不足的地方！（特别是在数学计算的地方，可以利用  向量的计算代替，可以提高计算效率）！希望有懂TCL的坛友们，将这个脚本进行完善！ 谢谢
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-4-4 14:29
  1. mol load gro xxx.gro
  2. set a [atomselect top "resname gri and y > distance"]
  3. set resnb [$a get resid]
  4. set xyz [$a get {x y z} ]
  5. set b {}
  6. set d {}

  8. set out_in [open bond.txt w]
  9. set out_ry [open bond_out.txt w]


  12. foreach i $resnb {
  13.         foreach j $resnb {
  14.            if $j>$i {
  15.                         set x1 [[atomselect top "resid $i"] get x]
  16.                         set y1 [[atomselect top "resid $i"] get y]
  17.                         set z1 [[atomselect top "resid $i"] get z]
  18.                         set x2 [[atomselect top "resid $j"] get x]
  19.                         set y2 [[atomselect top "resid $j"] get y]
  20.                         set z2 [[atomselect top "resid $j"] get z]
  21.                         set r [expr {sqrt(($x1-$x2)*($x1-$x2)+($y1-$y2)*($y1-$y2)+($z1-$z2)*($z1-$z2))}]
  22.                         if {$r < 1.43&&$r > 1.40} {
  23.                                 lappend b "$i $j $r \n"
  24.                         } else {
  25.                                 lappend d "$i $j \n"
  26.                         }
  27.                 }
  28.         }
  29. }

  31. puts $out_in $b
  32. puts $out_ry $d
  33. close $out_in
  34. close $out_ry

  36. mol delete top
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