计算化学公社

标题: 用vmd搭建的水盒子序列号不连续，怎么使得序列号连续？ [打印本页]

作者
Author: shizizuo 时间: 2018-1-18 16:26
标题: 用vmd搭建的水盒子序列号不连续，怎么使得序列号连续？
请问用vmd搭建的水盒子序列号不连续，咋么使得序列号连续呢？

作者
Author: 函数与激情 时间: 2019-1-2 15:04
amber里面有个小程序fixatomorder可以修复顺序不连续问题，在cpptraj里面

作者
Author: ene 时间: 2019-1-2 16:10
试试这段命令：

set sel [atomselect top all]
$sel set resid [$sel get residue]
$sel writepdb renumbered.pdb

来源：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/8479.html

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-2 18:58
gmx editconf转一下序号就顺了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)