计算化学公社

标题: 关于使用Multiwfn图形化研究弱相互作用一文中的提问 [打印本页]

作者
Author: ltotorosy 时间: 2018-1-19 10:01
标题: 关于使用Multiwfn图形化研究弱相互作用一文中的提问
老师，您好，拜读了博文http://sobereva.com/68的使用Multiwfn图形化研究弱相互作用，对其中您提到的位阻效应很感兴趣，我有三个结构需要用位阻效应来解释，请问位阻效应有没有定量表征的计算方法？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2018-1-19 10:43
可以对位阻区域的RDG等值面所包络的封闭空间进行积分，这功能Multiwfn可以实现

作者
Author: ltotorosy 时间: 2018-1-19 11:30

冰释之川发表于 2018-1-19 10:43
可以对位阻区域的RDG等值面所包络的封闭空间进行积分，这功能Multiwfn可以实现

谢谢您的答复，刚刚计算出一个结构，做了等值面图，如图所示。这种如何进行积分呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-19 13:35
看Multiwfn手册4.200.14节，有对RDG等值面内进行积分的例子。不过这种做法对于衡量位阻作用强度，还很少有文章考察。

作者
Author: ltotorosy 时间: 2018-1-19 19:40

sobereva 发表于 2018-1-19 13:35
看Multiwfn手册4.200.14节，有对RDG等值面内进行积分的例子。不过这种做法对于衡量位阻作用强度，还很少有 ...

谢谢Sob老师

作者
Author: ltotorosy 时间: 2018-1-26 18:29

sobereva 发表于 2018-1-19 13:35
看Multiwfn手册4.200.14节，有对RDG等值面内进行积分的例子。不过这种做法对于衡量位阻作用强度，还很少有 ...

Sob老师，根据您的教程计算出三个图，想用这个图来表明红色金属原子距离周遭蓝色原子的拔起高度，拔起高度为：SV>DV>DVN4，而计算出的积分值顺序为：SV<DVN4<DV,查文献也查不到相关的，不知道该怎么解释

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-26 19:09

ltotorosy 发表于 2018-1-26 18:29
Sob老师，根据您的教程计算出三个图，想用这个图来表明红色金属原子距离周遭蓝色原子的拔起高度，拔起高 ...

估计是操作问题，对某些数据没理解对之类。
你当前应该就是想说明红色区域的体积，你看到的体积大，只要计算过程正确，积分出来的等值面内包含的体积也一定大

作者
Author: ltotorosy 时间: 2018-1-26 21:14

sobereva 发表于 2018-1-26 19:09
估计是操作问题，对某些数据没理解对之类。
你当前应该就是想说明红色区域的体积，你看到的体积大，只要 ...

您说的对，用multiwfn做出来的图确实体积大，积分出来的数值也大，但是和我想的周遭空间位阻大，金属原子高度就小的结论不一致，自己也没有找到文献支持。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-26 23:52

ltotorosy 发表于 2018-1-26 21:14
您说的对，用multiwfn做出来的图确实体积大，积分出来的数值也大，但是和我想的周遭空间位阻大，金属原子 ...

这两个问题没有直接关系

作者
Author: Andie 时间: 2020-3-14 22:43

sobereva 发表于 2018-1-26 23:52
这两个问题没有直接关系

老师，您好，想请教您我用IGM做一个复合物之间的弱相互作用分析，其中两个H原子（周边原子均是C,无其他特殊原子）之间的等值面表现为蓝色，强吸引作用，既不是氢键又不是强卤键，请问该如何解释？

作者
Author: snljty 时间: 2020-3-15 00:26

Andie 发表于 2020-3-14 22:43
老师，您好，想请教您我用IGM做一个复合物之间的弱相互作用分析，其中两个H原子（周边原子均是C,无其他特 ...

结构合理优化过了么？看sobereva.com/68的11.2节试试

作者
Author: Andie 时间: 2020-3-17 00:44

snljty 发表于 2020-3-15 00:26
结构合理优化过了么？看sobereva.com/68的11.2节试试

谢谢您的回复！结构较大，之前用MM的方法粗略优化过

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-17 13:20

Andie 发表于 2020-3-17 00:44
谢谢您的回复！结构较大，之前用MM的方法粗略优化过

起码用考虑色散校正的半经验或者GFN-xTB优化。MM太糙。
如果还有问题，截个图我看看。
只要结构恰当优化了，除非是二氢键，否则基本没有可能两个氢之间还能有蓝色等值面。

作者
Author: Andie 时间: 2020-4-6 15:35

sobereva 发表于 2020-3-17 13:20
起码用考虑色散校正的半经验或者GFN-xTB优化。MM太糙。
如果还有问题，截个图我看看。
只要结构恰当优 ...

感谢大神指点，已解决。重新优化后结果便合理了

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