计算化学公社

标题: 高斯激发态计算Erroneous read. Read -1 instead of 8错误 [打印本页]
作者
Author: 去离子水    时间: 2015-4-3 11:29
标题: 高斯激发态计算Erroneous read. Read -1 instead of 8错误
在深圳的超算平台上进行Gaussian激发态的计算，输入文件如下：
  1. %nprocshared=12
  2. %mem=16GB
  3. #p opt td=(triplets,nstates=30) b3lyp/6-311+g(d)
  4. scrf=(solvent=dichloromethane) geom=connectivity

  6. BICT T1  (nsccsz)

  8. 0 1
  9. N                  1.94256500   -1.30165800    1.29237900
  10. C                  0.92915500   -1.99930500    0.63526900
  11. N                  0.00027600   -1.28205300   -0.00074700
  12. C                 -0.92844800   -1.99887600   -0.63744900
  13. N                 -0.97488600   -3.34131500   -0.68569600
  14. C                  0.00054500   -3.93513900   -0.00206900
  15. N                  0.97582700   -3.34179300    0.68218400
  16. C                  3.31043300   -1.70409400    1.20042300
  17. C                  3.86576300   -2.97569700    1.05766200
  18. C                  5.25593200   -3.06881200    0.95934400
  19. C                  6.07273300   -1.92995600    1.00317300
  20. C                  5.51002400   -0.66447200    1.14886200
  21. C                  4.11982700   -0.54814200    1.24798900
  22. C                  1.92506500    0.10640800    1.50136600
  23. C                  3.24728900    0.59819200    1.41895700
  24. C                  3.54100700    1.96773200    1.52450200
  25. C                  2.50633300    2.86338200    1.73654400
  26. C                  1.20287800    2.38068100    1.93191600
  27. C                  0.89877000    0.99171100    1.87764700
  28. C                 -0.02016300    3.06352000    2.28475200
  29. C                 -0.33919700    4.41256200    2.48239400
  30. C                 -1.62515300    4.74897100    2.89136500
  31. C                 -2.58570900    3.74789500    3.11555200
  32. C                 -2.29137300    2.39997800    2.92189800
  33. C                 -1.00541100    2.06938800    2.48572900
  34. N                 -0.44455700    0.80480900    2.22891100
  35. C                 -1.02524600   -0.40244500    2.71833200
  36. C                 -0.33831000   -1.18845300    3.65100100
  37. C                 -2.30386200   -0.78516100    2.29367400
  38. C                 -2.88806700   -1.94515000    2.80094100
  39. C                 -2.19889400   -2.73746300    3.72246800
  40. C                 -0.92275400   -2.35738000    4.14014200
  41. N                 -1.94213400   -1.30081500   -1.29375300
  42. C                 -3.30990000   -1.70366700   -1.20166100
  43. C                 -3.86484700   -2.97553500   -1.05983100
  44. C                 -5.25495900   -3.06908700   -0.96112900
  45. C                 -6.07206400   -1.93039800   -1.00370100
  46. C                 -5.50972600   -0.66464300   -1.14848600
  47. C                 -4.11959000   -0.54788400   -1.24796600
  48. C                 -3.24739800    0.59882000   -1.41820100
  49. C                 -1.92505900    0.10746600   -1.50133300
  50. C                 -3.54152300    1.96836200   -1.52252500
  51. C                 -2.50714600    2.86447800   -1.73407500
  52. C                 -1.20359500    2.38230200   -1.93007200
  53. C                 -0.89907000    0.99338100   -1.87698400
  54. N                  0.44432700    0.80715900   -2.22833600
  55. C                  0.01922100    3.06579100   -2.28242600
  56. C                  1.00477900    2.07213300   -2.48422700
  57. C                  0.33778600    4.41509800   -2.47900100
  58. C                  1.62360300    4.75226800   -2.88778200
  59. C                  2.58446600    3.75168500   -3.11283600
  60. C                  2.29059400    2.40351400   -2.92023300
  61. C                  1.02534000   -0.39953300   -2.71873300
  62. C                  0.33852700   -1.18513800   -3.65183000
  63. C                  2.30413700   -0.78213800   -2.29450800
  64. C                  2.88869200   -1.94154000   -2.80272000
  65. C                  0.92333200   -2.35348300   -4.14192400
  66. C                  2.19968700   -2.73340500   -3.72475400
  67. H                  0.00067100   -5.02388000   -0.00263100
  68. H                  3.23594600   -3.85362200    1.03410600
  69. H                  5.70991400   -4.05083900    0.85802700
  70. H                  7.15152900   -2.03668400    0.93108100
  71. H                  6.13938700    0.22050900    1.18773200
  72. H                  4.56609900    2.31430000    1.43388000
  73. H                  2.70239400    3.93003100    1.79462700
  74. H                  0.41040700    5.18346200    2.32419400
  75. H                 -1.88877700    5.79141900    3.04646000
  76. H                 -3.58188000    4.02700600    3.44822200
  77. H                 -3.03825500    1.63761800    3.11117200
  78. H                  0.64515200   -0.88132300    3.99158400
  79. H                 -2.82062000   -0.18826200    1.54971300
  80. H                 -3.87532400   -2.23830300    2.45541400
  81. H                 -2.65240800   -3.64595000    4.10878900
  82. H                 -0.37924200   -2.96491500    4.85848600
  83. H                 -3.23480000   -3.85332900   -1.03726700
  84. H                 -5.70864900   -4.05132100   -0.86051400
  85. H                 -7.15080900   -2.03746500   -0.93133400
  86. H                 -6.13932200    0.22021400   -1.18639700
  87. H                 -4.56669500    2.31457000   -1.43143100
  88. H                 -2.70352200    3.93111800   -1.79125900
  89. H                 -0.41208100    5.18561200   -2.32017700
  90. H                  1.88687100    5.79492700   -3.04205900
  91. H                  3.58052100    4.03137800   -3.44536300
  92. H                  3.03772400    1.64157500   -3.11020500
  93. H                 -0.64511200   -0.87814100   -3.99202400
  94. H                  2.82075500   -0.18565700   -1.55011700
  95. H                  3.87609600   -2.23460200   -2.45753400
  96. H                  0.37991600   -2.96069300   -4.86061800
  97. H                  2.65346700   -3.64143300   -4.11183800

  99. 1 2 1.0 8 1.0 14 1.0
  100. 2 3 1.5 7 1.5
  101. 3 4 1.5
  102. 4 5 1.5 33 1.0
  103. 5 6 1.5
  104. 6 7 1.5 59 1.0
  105. 7
  106. 8 9 1.5 13 1.5
  107. 9 10 1.5 60 1.0
  108. 10 11 1.5 61 1.0
  109. 11 12 1.5 62 1.0
  110. 12 13 1.5 63 1.0
  111. 13 15 1.0
  112. 14 15 1.5 19 1.5
  113. 15 16 1.5
  114. 16 17 2.0 64 1.0
  115. 17 18 1.5 65 1.0
  116. 18 19 1.5 20 1.5
  117. 19 26 1.0
  118. 20 21 1.5 25 1.5
  119. 21 22 1.5 66 1.0
  120. 22 23 1.5 67 1.0
  121. 23 24 1.5 68 1.0
  122. 24 25 1.5 69 1.0
  123. 25 26 1.0
  124. 26 27 1.0
  125. 27 28 1.5 29 1.5
  126. 28 32 1.5 70 1.0
  127. 29 30 1.5 71 1.0
  128. 30 31 1.5 72 1.0
  129. 31 32 1.5 73 1.0
  130. 32 74 1.0
  131. 33 34 1.0 41 1.0
  132. 34 35 1.5 39 1.5
  133. 35 36 1.5 75 1.0
  134. 36 37 1.5 76 1.0
  135. 37 38 1.5 77 1.0
  136. 38 39 1.5 78 1.0
  137. 39 40 1.0
  138. 40 41 1.5 42 1.5
  139. 41 45 1.5
  140. 42 43 2.0 79 1.0
  141. 43 44 1.5 80 1.0
  142. 44 45 1.5 47 1.5
  143. 45 46 1.0
  144. 46 48 1.0 53 1.0
  145. 47 48 1.5 49 1.5
  146. 48 52 1.5
  147. 49 50 1.5 81 1.0
  148. 50 51 1.5 82 1.0
  149. 51 52 1.5 83 1.0
  150. 52 84 1.0
  151. 53 54 1.5 55 1.5
  152. 54 57 1.5 85 1.0
  153. 55 56 1.5 86 1.0
  154. 56 58 1.5 87 1.0
  155. 57 58 1.5 88 1.0
  156. 58 89 1.0
  157. 59
  158. 60
  159. 61
  160. 62
  161. 63
  162. 64
  163. 65
  164. 66
  165. 67
  166. 68
  167. 69
  168. 70
  169. 71
  170. 72
  171. 73
  172. 74
  173. 75
  174. 76
  175. 77
  176. 78
  177. 79
  178. 80
  179. 81
  180. 82
  181. 83
  182. 84
  183. 85
  184. 86
  185. 87
  186. 88
  187. 89
复制代码
输出文件最后停在了这个位置：
  1. Excitation energies and oscillator strengths:

  3. Excited State   1:      Triplet-A      2.7922 eV  444.03 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
  4.      190 -> 195        0.29339
  5.      190 -> 196        0.28989
  6.      191 -> 194        0.42238
  7.      191 -> 197       -0.22448
  8.      193 -> 194       -0.12160
  9. This state for optimization and/or second-order correction.
  10. Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -2345.85856332   
  11. Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
  12. Erroneous read. Read -1 instead of 8.
  13. fd = 4
  14. g_read
复制代码
运行了两天左右，这是输出文件里第一次出现Excitation energies and oscillator strengths。
任务调度程序的日志是这样的：
  1. Erroneous read. Read -1 instead of 8.
  2. fd = 4
  3. g_read: Input/output error
  4. Error: segmentation violation
  5.    rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
  6.    rdx 0000000000007aba, rsp 00007fff54d26c58, rbp 0000000000000008
  7.    rsi 000000000000000b, rdi 0000000000007aba, r8  0000000000000000
  8.    r9  00002ad5b4922e10, r10 ffffffffffffffff, r11 0000000000000202
  9.    r12 0000000000000004, r13 0000000000000008, r14 00007fff54d26ef8
  10.    r15 000000007d000000
  11.   --- traceback not available
复制代码
这个问题要怎么解决？


作者
Author: 小范范1989    时间: 2015-4-3 12:00
我记得sob说过，优化三重态，不用非要使用triplet  0  1的方式。
最好的方式就是#p opt b3lyp/6-31g   电荷为0  自旋多重多为3
不知道我记得对否？还请高手指点一二。
作者
Author: sobereva    时间: 2015-4-3 17:04
如2L所言，如果目的是优化T1，直接用0 3计算就行了，计算量、对资源的要求小得多得多。基组建议6-311G*
就算非要用TDDFT来优化T1，nstates设得也太多了，浪费时间。默认的nstates=3就够了。

至于出错原因，是因为读写临时文件出错。通常是硬盘空间不够之类的，或者达到了给你分配的磁盘配额上限。
作者
Author: 去离子水    时间: 2015-4-3 17:55
小范范1989 发表于 2015-4-3 12:00
我记得sob说过，优化三重态，不用非要使用triplet  0  1的方式。
最好的方式就是#p opt b3lyp/6-31g   电 ...

T1和S1都需要优化。
如果S1用TD，T1用“#p opt b3lyp/6-31g   电荷为0  自旋多重多为3”，误差会大一些。
作者
Author: 去离子水    时间: 2015-4-3 17:56
sobereva 发表于 2015-4-3 17:04
如2L所言，如果目的是优化T1，直接用0 3计算就行了，计算量、对资源的要求小得多得多。基组建议6-311G*
就 ...

谢谢。



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3