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标题: dalton安装 [打印本页]

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-4 17:32
标题: dalton安装
本帖最后由 blueyangliu 于 2018-11-6 23:52 编辑

2015版的dalton 已经编译并安装好了，测试通过。还需要修改哪修变量吗？自己在.bashrc中加上了路径，
export DALTON_TMPDIR=/home/d/scratch
export PATH=/usr/local/dalton:$PATH

倒是可以算了，但显示
mpirun noticed that process rank 3 with PID 9122 on node 3700k-hs exited on signal 8 (Floating point exception).
--------------------------------------------------------------------------
Error in mpirun -np 4 /usr/local/dalton/dalton.x, exit code 136
Backup: renaming /home/yy/1.tar.gz to /home/yy/1.tar.gz.0
1.tar.gz has been copied to /home/yy
Backup: renaming /home/yy/1.out to /home/yy/1.out.0
----------------------------------------------------------
WARNING for ERROR  (Dalton program stopped with exit code 136)
- THEREFORE scratch directory /tmp/DALTON_scratch_yyy/1_9091 is not deleted
  by this script so you may restart the calculation, if possible
  ( /tmp/DALTON_scratch_yyy/1_9091 may be deleted by your queueing system )
- REMEMBER to delete /tmp/DALTON_scratch_yyy/1_9091 yourself !!!

Output from 'grep -n ERROR' :
377:--> ERROR (GPOPEN) UPON TRYING TO OPEN FILE ON UNIT 12
379:--> IOSTAT ERROR CODE RETURNED    17
397:  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
401: Reason: ERROR (GPOPEN) UPON OPENING A FILE

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-4 18:58
一直关注。我也用dalton

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-4 22:02
WARNING for ERROR  (Dalton program stopped with exit code 136)
这是什么问题呢？MPI是off
Processor             | x86_64
64-bit integers       | OFF
MPI                   | OFF
Fortran compiler       | /usr/bin/gfortran
Fortran compiler version | GNU Fortran (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)
C compiler             | /usr/bin/gcc
C compiler version    | gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)
C++ compiler          | /usr/bin/g++
C++ compiler version    | g++ (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)
Static linking          | OFF
Last Git revision       | d34efb170c481236ad60c789dea90a4c857c6bab
Configuration time    | 2015-04-04 15:55:47.266947

作者
Author: xjamesmao 时间: 2015-4-4 23:49
把编译的命令和运行的命令贴出来看看。

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-5 00:49
openmpi-1.6.5, 32位和64位都试了。结果都是不能并行。dalton 安装手册上编译。/setup/ make/make install. 运行dalton -N 4 1.dal 1.mol
还有如何后台运行dalton？dalton -N 4 1.dal 1.mol&，加上&不行呢

作者
Author: xjamesmao 时间: 2015-4-5 08:32
最好在setup里说明编译器，库，并行啥的。另外你要并行，编译时候要指定mpi吧。最简单也要./setup --mpi。

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-5 08:56
好的，再试下

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-5 12:05
还是32位的openmpi可以并行，难道我的dalton是32位的？

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-6 09:46

xjamesmao 发表于 2015-4-5 08:32
最好在setup里说明编译器，库，并行啥的。另外你要并行，编译时候要指定mpi吧。最简单也要./setup --mpi。
...

谢谢，已经安装了。我的gcc是GNU Fortran (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)
是不是版本太低，不能编译64位的dalton

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-6 21:02
本帖最后由 blueyangliu 于 2015-4-6 21:48 编辑

xjamesmao 发表于 2015-4-5 08:32
最好在setup里说明编译器，库，并行啥的。另外你要并行，编译时候要指定mpi吧。最简单也要./setup --mpi。
...

重新装了gcc-4.9.2，之后装了openmpi,也验证是64位的了，怎么编译dalton时，显示不同的编译器呢？如果把openmpi编译成32位的，就显示正常了
-- WARNING: mpi.mod compiled with different compiler, will use mpif.h instead
-- WARNING: Cannot determine whether MPI is built for 32bit integers

-- Performing Test MPI_COMPATIBLE
-- Performing Test MPI_COMPATIBLE - Success
-- Performing Test MPI_COMPILER_MATCHES
-- Performing Test MPI_COMPILER_MATCHES - Failed
-- Performing Test MPI_ITYPE_MATCHES
-- Performing Test MPI_ITYPE_MATCHES - Failed

gcc --version
gcc (GCC) 4.9.2
Copyright (C) 2014 Free Software Foundation, Inc.

作者
Author: xjamesmao 时间: 2015-4-6 22:42
Dalton最好是32位安装。也就是说你的openmpi如果是64位的，最好把32位兼容打开。它的安装默认就是32位的。
如果一定要装64位的Dalton，在编译(setup)的时候，要加上--int64的参数。但是Dalton对64位的支持不太可靠，和你编译时候用的数学库和编译器都有关系，注意编译完之后仔细测试所有的test。

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-7 14:41

xjamesmao 发表于 2015-4-6 22:42
Dalton最好是32位安装。也就是说你的openmpi如果是64位的，最好把32位兼容打开。它的安装默认就是32位的。
...

谢谢。原以为64位的比32位的会计算起来快很多，差别不大的话。32位已经足够

作者
Author: huage 时间: 2016-4-26 11:15
本帖最后由 huage 于 2016-5-12 15:23 编辑

作者
Author: ikea1984 时间: 2016-4-26 22:48
我用intel2016版编译器编得很流畅，但是早一点的版本(2013大概的)运行时各种错。

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-4-9 09:03

小范范1989 发表于 2015-4-4 18:58
一直关注。我也用dalton

你好，请教一下dalton的安装问题，我这边安装了，2核能跑，但是24核就无法跑提示内存不够，但是我的内衬是64G的？谢谢

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-4-9 09:34

blueyangliu 发表于 2015-4-7 14:41
谢谢。原以为64位的比32位的会计算起来快很多，差别不大的话。32位已经足够

请教一下，您这边是如何安装和调试的，谢谢

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-4-9 12:01

xaomidaxue 发表于 2018-4-9 09:03
你好，请教一下dalton的安装问题，我这边安装了，2核能跑，但是24核就无法跑提示内存不够，但是我的内衬 ...

你再脚本中添加：
提交任务脚本里面用 dalton -mb 3000 -N $NPROCS -t /tmp/$PBS_JOBID nosym.dal nosym.mol
加了-mb 3000
试试，看看行不行，不行的话，我也不知道了。

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