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标题: 对称的分子，自己计算的homo的分布和文章的对应不起来 [打印本页]

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Author: 小范范1989 时间: 2015-4-5 21:35
标题: 对称的分子，自己计算的homo的分布和文章的对应不起来
为了计算实验上的分子，是一种D-A-D类型的，两边是相同的。之前的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=894&extra= 我咨询过，但是没有解决。
我在表述一下我的意思。
我计算实验的分子，计算的homo是分布在一边的donor上，如图。但是，实验是在两个d上。我换了分子结构计算了好几次了，都是在一个d上，不知道为什么，求指点。

作者
Author: blueyangliu 时间: 2015-4-6 00:47
实验上怎么确定HOMO的分布？

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-6 08:09

blueyangliu 发表于 2015-4-6 00:47
实验上怎么确定HOMO的分布？

嗯，实验下面的图示就是：homo（low image）and LUMO(upper image)
不过。确实是，我把homo和homo-1做出来，能和实验的图像的homo对上，
刚刚开始我以为是我优化分子的原因，但是这个分子，我计算了三遍了，都是这样。
ps：我之前算过一个也是D-A-D的分子，这个分子的homo就分布在两个D上。
我的想法是，如果homo只分布在一个D上，那另外一个D不心里不平衡吗？两个人原来都是i一样的，为什么给他不给我？
谢谢你的回复。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-6 16:09
我又计算了一个D-A-D的分子，出来的homo还是这个样子。aduki

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-4-6 21:46

小范范1989 发表于 2015-4-6 16:09
我又计算了一个D-A-D的分子，出来的homo还是这个样子。aduki

我想到了个方法不妨试试，看看先用力场优化能不能把分子优化得对称性好一些。我这边用Materials Studio下午试了一下，用力场模块做了个简单的结构优化再找对称性难度比较容易，但是还没有空出的节点将结构通过Gaussian计算来进行验证，你可以试试看，没准是个出路，你的初始结构确实不好。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-6 22:05

卡开发发发表于 2015-4-6 21:46
我想到了个方法不妨试试，看看先用力场优化能不能把分子优化得对称性好一些。我这边用Materials Studio下 ...

谢谢你，又见到你了，小木虫上也关注你了。谢谢你的指点。
1：不太理解你说的加力场优化，就是高斯优化的时候加上电场？filed？
2：materials studio和高斯是类似的软件？能优化分子？我没接触过，所以咨询您一下，谢谢
3：为了好的初始结构。我用的是chemcraft3d l来构建的。然后再用高斯view稍微修改，在计算。要是您能得到初始好的分子结构，能否给我，我用我的高斯跑。谢谢你。
4：我一共接触了3个这样D-A-D的分子，只有一个分子homo实在两个D上，我贴出图片的这两个分子就是对应不起来。按照您的感觉，是不是这个homo就应该在两个D上？
我看了看homo-1和homo分别在两个D上，如果说为了凑，我自己画的homo和homo-1加起来能和他的homo对应起来，我的意思不是凑结果，我的意思是，您说是不是这里面有homo-1的成份？我看了看s0做td，td到s1的
212 -> 214 0.65897
213 -> 214 0.2475
您说是不是这的原因，所以s1要看homo，homo-1和lumo。这个地方我比较乱，谢谢你的指点。
5：我这几天一直在弄这个，只有这个弄出来才能下一步，还希望您的继续关注，谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-4-6 22:43

小范范1989 发表于 2015-4-6 22:05
谢谢你，又见到你了，小木虫上也关注你了。谢谢你的指点。
1：不太理解你说的加力场优化，就是高斯优化 ...

1、指的是不通过Ab initio或DFT而是通过Force filed如amber或uff；
2、materials studio同样提供了力场以及DFT的计算（精度不及Gaussian因处理面向的对象及受众人群稍有差异），当然核心问题是为了找对称性，不得不说MS在建模方面比Gaussian来的更方便；
3、在此方面，MS更大的优点就是以较低的标准可以找对称性（如即便结构稍存在偏差，也可放宽条件找出对称性），之后程序可以按照这个对称性对结构微调。上述问题是下午在学校弄得，晚点我自己生成一份你拿去算一下看看；
4、如果真的是Cs的话电子态本身也应该对称或反对称；
5、同样希望一块儿交流，最好大家一块儿来讨论。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-6 22:48

卡开发发发表于 2015-4-6 22:43
1、指的是不通过Ab initio或DFT而是通过Force filed如amber或uff；
2、materials studio同样提供了力场 ...

谢谢您，我刚刚回宿舍才看到，麻烦您了。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-4-7 00:42

小范范1989 发表于 2015-4-6 22:48
谢谢您，我刚刚回宿舍才看到，麻烦您了。

试试看这个gjf，如果还不行我就没啥办法了。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-7 10:20

卡开发发发表于 2015-4-7 00:42
试试看这个gjf，如果还不行我就没啥办法了。

谢谢您，给您添麻烦了。我先算算试试，等成功的话，我再通知您。谢谢。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-13 20:12

卡开发发发表于 2015-4-7 00:42
试试看这个gjf，如果还不行我就没啥办法了。

卡开发发，你好，当时您给的分子，我计算了，算出来的homo还是在一个D上。可能是由于分子对称性的问题没弄好。这次来参加sob的培训班了，所以回复的您比较晚，不好意思。我问了问sob，我想在使用gview按照对称性来重新画分子。等我明天培训结束，后天回学校，我再计算一下。麻烦您了。谢谢您

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-4-13 22:14

小范范1989 发表于 2015-4-13 20:12
卡开发发，你好，当时您给的分子，我计算了，算出来的homo还是在一个D上。可能是由于分子对称性的问题没 ...

这样我就很难说得清什么原因了，以往这样的问题我都是自己check过再给出结果的，最近忙了点，等有时间我也亲自做计算测试一下试试。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-13 22:15

卡开发发发表于 2015-4-13 22:14
这样我就很难说得清什么原因了，以往这样的问题我都是自己check过再给出结果的，最近忙了点，等有时间我 ...

谢谢您，让您费心了，

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-4-24 21:56
本帖最后由卡开发发于 2015-4-24 23:04 编辑

小范范1989 发表于 2015-4-13 22:15
谢谢您，让您费心了，

已在Gaussview重新指定为Cs的点群了。
已测试，HOMO对称。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-25 08:17

卡开发发发表于 2015-4-24 21:56
已在Gaussview重新指定为Cs的点群了。
已测试，HOMO对称。

谢谢你，还麻烦你都测试了，谢谢你的关注，更谢谢你的帮助。祝好。

作者
Author: jlx_ 时间: 2015-4-27 11:31
弱弱的问下楼主，HOMO的donor是什么？有什么用？

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-4-27 11:40

jlx_ 发表于 2015-4-27 11:31
弱弱的问下楼主，HOMO的donor是什么？有什么用？

1：homo是最高占据轨道，分子轨道理论。
2：donor是我们所说的基团，比如所供电子基团就叫做donor，吸电子基团就叫acceptor。当然这个吸电子和供电子基团不是固定不变的，要分情况看。
3：两个的联系，分子在激发的时候，如果是CT态这样的分子，一般都是电子从donor转移到acceptor上。hom一般分布在donor。lumo一般分布在acceptor上
4：我理解的不是很多，错误之处还请指正

作者
Author: jlx_ 时间: 2015-4-27 11:48

小范范1989 发表于 2015-4-27 11:40
1：homo是最高占据轨道，分子轨道理论。
2：donor是我们所说的基团，比如所供电子基团就叫做donor，吸电 ...

恩恩，明白了，就是说看这个图的时候，谁上面的面积大，谁的电荷就多，容易给电子。但是不是很明白的是这个HOMO donor和Fukui（+）怎么扯上关系了？Fukui图和HOMO分布图一样？

作者
Author: jlx_ 时间: 2015-4-27 12:14

小范范1989 发表于 2015-4-27 11:40
1：homo是最高占据轨道，分子轨道理论。
2：donor是我们所说的基团，比如所供电子基团就叫做donor，吸电 ...

对了，还要问一下您，HOMO-LUMO一般是负值还是正数？我看了一篇文章（Experimental and density functional studies on the corrosion behavior of the copper-nickel-tin alloy），他的结果是正数，但是我按照他的参数算出来的全是负数...

作者
Author: cccxq 时间: 2024-9-29 10:25
老师，我想问问我用MS 算出来HOMO和LUMO中Cl原子没有贡献，但是DOS中Cl原子贡献很高，这种情况正常吗

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