计算化学公社

标题: aRDG 轨迹载入时提示原子类型不识别 [打印本页]

作者
Author: caohuiming 时间: 2015-4-6 14:45
标题: aRDG 轨迹载入时提示原子类型不识别
使用200功能，载入教程自带的固定水分子动力学模拟的轨迹wat.xyz,提示OW，HW1, HW2的原子不识别，按默认的C来对待。提取1帧轨迹修改OW为O HW1为H HW2为H 则可以进行aRDG分析，这样的问题咋解决呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-6 19:25
这是后来版本引入的一个bug，我已在Multiwfn主页上更新了3.3.8(dev)以解决此问题，请尝试。

作者
Author: caohuiming 时间: 2015-4-6 22:12
谢谢社长对软件的更新我已经试过了水的那个例子没问题。但是疑问的是用经典力场得到的分析结果是否可以用QM/MM-MD 来模拟更加精确呢而若关心的QM层原子数量少的时候，可否用M06-2X等方法优化（gaussian-amber 可实现），若关心的QM层原子数多时，全部用PM3或者DFTB优化。这样QM/MM-MD得到的轨迹分析aRDG的结果是否会和经典力场得到的轨迹在定性判断上有分歧呢？？？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-7 13:22
如果算得动QMMM的MD那没问题，结果会更好，实际上aRDG原文就用了QMMM MD。但是能计算的时间长度比较有限，帧数不够的话aRDG图也难看。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)