计算化学公社

标题: 配一个单路的计算设备，有些问题请教 [打印本页]

作者
Author: tomwong4253 时间: 2018-1-31 13:05
标题: 配一个单路的计算设备，有些问题请教
如题，各位大佬，本人最近进了一个大的实验组，在里边做些计算的工作，辅助吧。
毕竟理论计算不是课题组的主要方向，好说歹说才同意给个机器。
老板不重视的话，双路怕是没可能了，考虑就做一个单路的计算吧，有几个问题请教下:

1. 我本人主做AMBER、gromacs的MD模拟，2696加个GPU应该足足了，
但是做实验的老板希望这台机器也能做些简单的生信分析（基因功能预测，蛋白质相互作用位点预测）工作，那样就有点吃内存，但是内存这个价钱。。。
请问同时需要照顾生信的话，内存配多大能平衡一下预算和性能？我本人生信做的极少，请做过上述的给点建议

2. GPU芯片不能朝TITAN配，请问各位做gromacs或者AMBER配啥芯片的性价比高一些？

3. GPU哪家的性价比高一些？仁勋版的铁定是买不起了，考虑买X彩虹的又怕质量出问题。

毕竟做实验的组，电脑超过13000太多，老板可能会不批的，想平衡MD和BIOINFO这两个方面的计算任务，请各位大佬给推荐些配置。
问题略多，谢谢了。

作者
Author: itpfeng 时间: 2018-1-31 14:29
可以配两个1060，预算应该能够，可以算好多东西了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-31 16:09
耕昇1070Ti

作者
Author: tomwong4253 时间: 2018-1-31 18:11
感谢sob大佬

作者
Author: tomwong4253 时间: 2018-1-31 18:24

itpfeng 发表于 2018-1-31 14:29
可以配两个1060，预算应该能够，可以算好多东西了

感谢回复，楼下sob老师推荐了单块1070ti。请教下，两块1060共同跑一个作业有效率损失吗？
是18核+两个1060跑一个MD作业好？还是说把18核cpu也拆成9个和9个分别用一块1060跑两个MD作业好一点？可能用AMBER没这个问题，问题是有时候还只能用gromacs

作者
Author: itpfeng 时间: 2018-1-31 18:54

tomwong4253 发表于 2018-1-31 18:24
感谢回复，楼下sob老师推荐了单块1070ti。请教下，两块1060共同跑一个作业有效率损失吗？
是18核+两个10 ...

如果要跑的系统对显存没有很大要求的话，两块1060可能更有优势一些。否则最好选择大显存的。不过1070Ti的价格是不是已经可以买1080了呢？听说近期显卡涨价，对实时价格没有掌握。
我不太清楚是否能控制两个显卡分别算一个任务，可能有的软件可以，如果软件里没有设置的话应该是两个任务同时提交给两个显卡然后他们自己去分配，有可能在两块显卡上各占50%吧。

作者
Author: tomwong4253 时间: 2018-1-31 19:12

itpfeng 发表于 2018-1-31 18:54
如果要跑的系统对显存没有很大要求的话，两块1060可能更有优势一些。否则最好选择大显存的。不过1070Ti的 ...

耕升的1070ti目前某宝价还是比1080便宜很多，因此配1080预算上估计会被领导批QAQ
我决定多写几个预算并排起来考虑一下，再都拿给老板商量下好了。
感谢回复

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-31 19:27
俩1060理论性能还不如一个1070Ti，再考虑到双卡效率损失，额外的噪音和功耗等，不如一个1070Ti。而且假设以后预算更多了，还可以再加一块，如果现在就俩1060以后就成了鸡肋了

作者
Author: itpfeng 时间: 2018-1-31 22:22
http://gpu.userbenchmark.com/Com ... 1060-6GB/3943vs3639

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