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标题: G16力场数产生方式问题 [打印本页]

作者
Author: Xiumei_Zhong 时间: 2018-2-8 18:24
标题: G16力场数产生方式问题
在使用G16找寻过渡态的过程中，固定优化没有计算频率，按老师的说法是没有产生力场数。但是，在我解固定优化的文件中，输入readfc关键字读取固定优化chk文件的力场数。请问解固定优化这一步的力场数是怎么产生的。固定优化和解固定优化的输入文件如下。
G09如果固定优化没有输入freq关键字，则必须在解固定优化的文件中输入calcfc才能继续寻找过渡态。
请问是G16和G09有什么不一样吗。为什么G16可以允许这样的操作。谢谢。

固定优化文件如下：
%nprocshared=16
%mem=8GB
%chk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen) freq b3lyp/genecp pop=full empiricaldispersion=gd3 gfinput

Title Card Required

0 3
坐标信息

B 70 72 F
B 70 71 F
B 72 71 F

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

解固定优化文件如下：
%nprocshared=14
%mem=8GB
%oldchk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_po1.chk
%chk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

Title Card Required

0 3

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-8 23:53
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq？既然写了，在chk里就有最后一步结构的Hessian信息，之后就可以用readfc读取

作者
Author: Xiumei_Zhong 时间: 2018-2-9 00:07
谢谢Sob老师指正。我贴错了，应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的，因为这样用G16算，也不会报错。
限制性优化输入文件如下。
%nprocshared=12
%mem=8GB
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3

Title Card Required

0 3

B 86 87 F
B 86 76 F
B 87 76 F

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

非限制性优化输入文件如下：
%nprocshared=16
%mem=8GB
%oldchk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen,loose) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

Title Card Required

0 3

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

作者
Author: Xiumei_Zhong 时间: 2018-2-9 00:10

sobereva 发表于 2018-2-8 23:53
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq？既然写了，在chk里就有最后一步结构 ...

谢谢Sob老师指正。我贴错了，十分抱歉。应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的，因为这样用G16算，也不会报错。
限制性优化输入文件如下。
%nprocshared=12
%mem=8GB
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3

Title Card Required

0 3

B 86 87 F
B 86 76 F
B 87 76 F

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

非限制性优化输入文件如下：
%nprocshared=16
%mem=8GB
%oldchk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen,loose) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

Title Card Required

0 3

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-9 00:22

Xiumei_Zhong 发表于 2018-2-9 00:10
谢谢Sob老师指正。我贴错了，十分抱歉。应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的，因 ...

几何优化过程，即便没写calcfc/calcall/recalc，也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵，在优化过程中不断通过Bofill等方式更新Hessian矩阵，最后的chk文件也会有Hessian信息（可以转化成fch然后搜索force constants)

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2018-2-9 10:07

sobereva 发表于 2018-2-8 23:53
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq？既然写了，在chk里就有最后一步结构 ...

sob老师，高斯16只能双节点并行吗？不能跨多节点吗？

作者
Author: Xiumei_Zhong 时间: 2018-2-9 12:04

sobereva 发表于 2018-2-9 00:22
几何优化过程，即便没写calcfc/calcall/recalc，也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵，在优化过程中不断 ...

再请问一下Sob老师，我看限制性优化的fch文件，也看到了Internal Force Constants的数据。请问这一步（关键字如下：#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3）为什么需要计算Force Constants呢？下一步的非限制性优化读这一步限制性优化的chk文件的fc的时候，读的是这个Force Constants吗？

作者
Author: Xiumei_Zhong 时间: 2018-2-9 12:09

sobereva 发表于 2018-2-9 00:22
几何优化过程，即便没写calcfc/calcall/recalc，也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵，在优化过程中不断 ...

我在G09上，用同样的方法（不加Freq）产生限制性优化的文件，然后（readfc）读取限制性优化的fc，进行下一步的非限制性优化寻找过渡态，同样不报错。但是在限制性优化的fch文件中却找不到Force Constants的相关信息。不知道非限制性优化中的fc是怎么产生的。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-9 13:29

尚艳磊发表于 2018-2-9 10:07
sob老师，高斯16只能双节点并行吗？不能跨多节点吗？

只要你想跨节点，就必须买linda版

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-9 13:31

Xiumei_Zhong 发表于 2018-2-9 12:04
再请问一下Sob老师，我看限制性优化的fch文件，也看到了Internal Force Constants的数据。请问这一步（关 ...

因为牛顿法/赝牛顿法必须有Hessian矩阵才能计算，所以必须计算Hessian

之后的优化去读这个本身就没准确计算的Hessian根本没什么意义、不会带来什么好处

作者
Author: Xiumei_Zhong 时间: 2018-2-9 17:00

sobereva 发表于 2018-2-9 13:31
因为牛顿法/赝牛顿法必须有Hessian矩阵才能计算，所以必须计算Hessian

之后的优化去读这个本身就没 ...

明白了，谢谢Sob老师耐心解答和指正！

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