计算化学公社

标题: ONIOM中如何写钠离子的原子类型？ [打印本页]

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-2-9 10:43
标题: ONIOM中如何写钠离子的原子类型？
我想在计算的体系中添加几个钠离子。由于L层是用amber描述的，所以需要定义钠离子的原子类型。
我发现无论写成“Na-Na”或者“Na-IP”都会报错，称与钠离子相关的键长键角没有定义。
请教一下各位老师，这个钠离子的原子类型应该怎么写。
谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-9 13:39
绘制结构的时候，Na和其它原子连键了否？应当没有连键才对，此时也没有bond,angle项的事

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-2-9 13:49
本帖最后由 ra2ghgzh 于 2018-2-9 13:57 编辑

sobereva 发表于 2018-2-9 13:39
绘制结构的时候，Na和其它原子连键了否？应当没有连键才对，此时也没有bond,angle项的事

解决了，多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-9 13:57

ra2ghgzh 发表于 2018-2-9 13:49
解决了，多谢

没具体情况不好说
在Gaussian里用Amber力场，钠离子用IP作为原子类型会当做是钠离子，我计算时并未碰到错误

作者
Author: laoman 时间: 2018-7-26 17:45
我是用TAO package setup我的体系的，钠离子的prep文件长这样：
[jhli@beta tao4oniom]$ cat taopackage/ESPT/prepfiles/Na.prep
0 0 2

This is a remark line
Na+.res
Na+ INT  0
CORRECT    OMIT DU BEG
  0.0000
1  DUMM  DU M 0  -1  -2    0.000    .0       .0    .00000
2  DUMM  DU M 1 0  -1    1.449    .0       .0    .00000
3  DUMM  DU M 2 1 0    1.523 111.21    .0    .00000
4  Na Na M 3 2 1    1.540 111.208  -180.000  1.000000  11

LOOP

IMPROPER

DONE
STOP

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