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标题: CINEB计算过渡态的问题 [打印本页]

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-13 10:22
标题: CINEB计算过渡态的问题
重新修改下问题
各位老师前辈，我在用CINEB计算某种金属催化剂催化氮气加氢的时候，插入的IMAGES中的构型总会发生很大的变化（原子乱飞，导致能量极不合理），开始以为是线性插值的问题，但是我将反应物产物导入MS里面用reaction preview 选取帧数来插点依然是这样，请问各位这样的情况怎么破？如图，图一是第四个image的初始构型04，图二是计算5个离子步后的构型，可以看到H和N原子之间的距离变成了0.6A，这样就导致了能量不合理（图三），按照前面几次计算的结果H原子甚至会跑到催化剂中间去，那能量就更加不合理了，各位老师前辈有过解决这样的问题的经验吗？nebavoid.pl ... 1也试过了还是会这样，很简单的反应，排除了线性插值不合理的地方。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-13 16:04
图没贴上
注意看置顶的新人必读，了解正确的贴图方法
不要试图直接把QQ截图复制粘贴到帖子里，显然不可能自动上传图片

作者
Author: hakuna 时间: 2018-2-13 17:20
最大可能是你插入中间结构时，image里有原子间距过近的情况，解决的办法是手动改一下过近的原子间距
或者用henkelmann发布的脚本nebavoid.pl调整一下image结构，nebavoid.pl用法参考相应网上说明

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-13 17:36

sobereva 发表于 2018-2-13 16:04
图没贴上
注意看置顶的新人必读，了解正确的贴图方法
不要试图直接把QQ截图复制粘贴到帖子里，显然不可能 ...

好的

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-13 17:41

hakuna 发表于 2018-2-13 17:20
最大可能是你插入中间结构时，image里有原子间距过近的情况，解决的办法是手动改一下过近的原子间距
或者 ...

好的，先前为了省事就没用这个脚本，我现在试试看，谢谢老师回复

作者
Author: hakuna 时间: 2018-2-14 10:49
每个0x文件夹下的OUTCAR里，会有原子间距信息，仔细查看一下是否有不合理情况，出现不合理情况一般是线性插值引起，也有可能反应物和产物结构中原子次序不一致所致。如果排除原子间距问题，看看你INCAR里参数是否合理，除了Henkelmann组网页上关于NEB部分外，你还需要好好研究一下那里的optimizers，譬如你INCAR里POTIM=0.5是不对的，应设为0......
现在的cneb方法没有刚开始好用了，收敛精度高时，搜索后期可能会遇到结构紊乱情况，建议先用CNEB粗略跑一下（降低收敛精度，用少量k点），待粗收敛后，选择粗收敛的TS结构，改用Dimmer（VASP自带的改进Dimmer或henkelmann Dimmer）或Lanczos，提高收敛精度，接着搜TS

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-14 12:09

hakuna 发表于 2018-2-14 10:49
每个0x文件夹下的OUTCAR里，会有原子间距信息，仔细查看一下是否有不合理情况，出现不合理情况一般是线性插 ...

谢谢老师的回复，提前祝您新年快乐，
今天检查构型能量更加不合理了，H原子已经不知道跑到哪去了，相比于00，04的能量高出几百eV了；我没有用vtst给出的那7种算法，计算的时候应当是默认的NEB的算法（IOPT = 0），那么那么POTIM貌似不能给0，我学习了看了sky的帖子@sky ，准备试一下用IOPT=7跑个20-30步（两小时了一步都还没跑完），然后再用IOPT=1.我也想用dimer来着但是相关的处理的脚本我不是管理员没法用，还正在研究怎么玩dimer。另外，我是新手，所以跟您确认下，粗算之后再精算是指先用较低的标准计算几十步之后，然后将CONTCAT保留再命名为POSCAR然后提高INCAR的收敛标准，再重新计算吗，那按照您的经验，精算一般跑多少个离子步比较合适呢，我前面设的多了就会出现您说的紊乱的情况。

作者
Author: hakuna 时间: 2018-2-14 21:57
如果用CNEB，建议还是用Henkelmann的优化算法
脚本之类的装在自己的账号下一样使用，不需要管理员账号
CNEB+Dimer时，把粗收敛的TS即某0X下的CONTCAR，作为初猜即cp到POSCAR，修改INCAR，继续搜TS
搜TS需要多少粒子步问题没有答案，和你初猜结构准确程度有关，还和你INCAR里的参数设置有关，你可以设置得大一些，反正收敛后会自动停下来，不会设置多少步就跑多少步的

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-15 09:59

hakuna 发表于 2018-2-14 21:57
如果用CNEB，建议还是用Henkelmann的优化算法
脚本之类的装在自己的账号下一样使用，不需要管理员账号
CN ...

谢谢您的回复，初步的CINEB基本没有变化了，我现在准备用dimer做精修，我是照着vasp手册上的例子来做的，您看看我的这个INCAR合理吗？感觉和sky的帖子里面有较多的不同。。

作者
Author: hakuna 时间: 2018-2-18 17:01

夜夜衣发表于 2018-2-15 09:59
谢谢您的回复，初步的CINEB基本没有变化了，我现在准备用dimer做精修，我是照着vasp手册上的例子来做的， ...

其实你在手册里例子的INCAR文件基础上简单修改一下就可以了
譬如加上截断能、收敛限、是否考虑自旋和范德华作用力、展宽相关参数等等就可以了
NSW可以设置大一点，一般跑个几百步是常有的事，我们预先无法断定，设置大写总归不影响什么，当然，在跑Dimer过程中，也要检查一下收敛情况，一旦出现问题，需要及时中断，重新修正
ICHAIN不需要设置

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-18 18:49

hakuna 发表于 2018-2-18 17:01
其实你在手册里例子的INCAR文件基础上简单修改一下就可以了
譬如加上截断能、收敛限、是否考虑自旋和范 ...

谢谢您的回复，祝您新年快乐！~

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-18 20:24

hakuna 发表于 2018-2-18 17:01
其实你在手册里例子的INCAR文件基础上简单修改一下就可以了
譬如加上截断能、收敛限、是否考虑自旋和范 ...

老师我再请教您一个问题，我用的脚本都没法输出切线力是多少，我都不知道我的最高的像点的切线力是否接近0了，网上关于OUTCAR中的切线力的描述我都没找到。。。请问您一下，在OUTCAR中哪个地方是体现切线力的呢？

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-2-18 20:28

hakuna 发表于 2018-2-14 21:57
如果用CNEB，建议还是用Henkelmann的优化算法
脚本之类的装在自己的账号下一样使用，不需要管理员账号
CN ...

我用了Henkelmann的算法之后再也没出现过结构跑到紊乱的情况~看来NEB自带的算法确实过时了呀~

作者
Author: hakuna 时间: 2018-2-18 21:35

夜夜衣发表于 2018-2-18 20:24
老师我再请教您一个问题，我用的脚本都没法输出切线力是多少，我都不知道我的最高的像点的切线力是否接近 ...

我很少用脚本，跑CNEB中间一般会查看一下结构变化的合理性，只是找个比较类似的TS结构再跑一下 Dimer.....
如果有兴趣研究切线力大小，你试试sky写的脚本，他帖子里有介绍

作者
Author: qianwangscu 时间: 2023-7-8 15:26
楼主，请教下您的第二列受力为什么为0呢

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