计算化学公社

标题: MM-PBSA中的熵到底能反应什么问题？ [打印本页]

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2015-4-9 15:31
标题: MM-PBSA中的熵到底能反应什么问题？
请问一个比较迷惑的问题：MM-PBSA计算得到的结果包含了熵，这个熵主要是构象熵。不过我不太明白，计算的构象熵到底是什么概念？具体的讲，我研究蛋白-小分子配体作用，我计算了2个小分子与同一个蛋白的构象熵（TΔS），一个-21 kcal/mol，一个-19kcal/mol，他们的差异到底反应了什么问题？

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-4-9 18:21
看看这个帖子，不知道对你可有帮助http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1046

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-4-14 12:48
反应不了啥问题，熵的计算本来就不是很准确，加上力场的原因，2kcal/mol完全有可能是误差

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-18 05:55
模拟体系的熵可以分为构象熵和振动熵。
构象熵是柔性分子由于构象可变对熵的贡献。而像mmpbsa里面做的都是振动熵，而非构象熵。振动熵是特定构象下分子内振动对熵的贡献。受体配体结合前后它们的构象熵是会有改变的，由于结合后运动行为被限制住，可及构象减少，故构象熵会变小，从对结合自由能的贡献上看，构象熵起到的是去稳定化效应。做mmpbsa严格来说也应该把构象熵变化考虑进去，不过相对于mmpbsa已经引入的近似，以及这个过程构象熵变很小，可以忽略了。

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2015-4-20 15:32

sobereva 发表于 2015-4-18 05:55
模拟体系的熵可以分为构象熵和振动熵。
构象熵是柔性分子由于构象可变对熵的贡献。而像mmpbsa里面做的都是 ...

我仔细看了一下结果，确实如您所说，里面有三项，Translational，Rotational ，Vibrational。不同配体-蛋白间的主要差距在于第三项也就是震动熵，其他两项差别很小。对于这个振动熵，假如两个配体与同一个蛋白结合的震动熵有差异，又能反应出来什么问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-20 16:44
如果相差很小，不必在意，计算误差都能导致那种程度。
如果确实相差大，可能一定程度可以体现形成复合物后振动受阻差异。

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2015-4-21 09:03

sobereva 发表于 2015-4-20 16:44
如果相差很小，不必在意，计算误差都能导致那种程度。
如果确实相差大，可能一定程度可以体现形成复合物后 ...

嗯。有道理。现在好多的结果都差别不大，尤其是小分子-蛋白作用。可能总自由能也就相差4,5 kcal/mol，所以假如熵相差2kcal/mol的时候，尽管我个人也感觉可能是误差，不过这个差值已经对最终的结果有一定影响了。假如要同时对比多个体系，这个熵值感觉可能会造成最终自由能排序的改变了。这也算是这个方法的缺陷吧。

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-29 13:55

ChaosChiao 发表于 2015-4-21 09:03
嗯。有道理。现在好多的结果都差别不大，尤其是小分子-蛋白作用。可能总自由能也就相差4,5 kcal/mol，所 ...

请问构象熵如何计算的呢？用什么程序计算？

作者
Author: Ryanchen 时间: 2021-9-23 22:15

hyr95 发表于 2020-7-29 13:55
请问构象熵如何计算的呢？用什么程序计算？

amber中的mmpbsa.py

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)