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标题: 做IRC后反应物问题 [打印本页]

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Author: lijiayisjtu 时间: 2018-2-24 21:53
标题: 做IRC后反应物问题
我找到了一个过渡态TS1，用GV看vibrations发现是OH与NO2的O原子基团成键和靠近左边物质PSO的一个过渡态。然后我分别往两边走IRC， IRC曲线没问题，便取两端的结构进行优化。对于反应物，PSO与HOONO复合物的结构IRC-rea，发现和原先优化的复合物OPT1的结构（PSO与HOONO，关键词均为opt 6-31+g(d) freq m062x int=ultrafine）不同，差１６kcal／ｍｏｌ，这是由什么原因导致的呢？可能是OPT1还对应着另外的TS么？一般对于IRC曲线两端产物反应物结构与原先优化结构存在差异的问题，一般如何解决呢？谢谢了

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2018-3-2 09:52
自己顶下帖子，想了几天，感觉是这样。IRC下来的是TS沿反应坐标下来的两个能量最低点，即反应物和产物，是对应于该TS而言的。IRC给出的最低点并不保证是能量最低的反应物或产物结构。还请高人指点下。

作者
Author: ysr9868 时间: 2018-3-27 16:21
我觉得应该把氢加极化然后IRC再跑一些点，平稳后再优化，如果结构还不同，那应该最初预想的反应复合物不正确，中间差中间体。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-28 18:43
把IRC尽量跑长，然后对末端结构优化的时候把步长上限设小，如果还是和之前优化出来的结构不同，说明本身TS就不是直接连接之前优化出的结构，之间还有中间体

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2018-3-30 19:22

sobereva 发表于 2018-3-28 18:43
把IRC尽量跑长，然后对末端结构优化的时候把步长上限设小，如果还是和之前优化出来的结构不同，说明本身TS ...

谢谢Sob老师的回答，参加完这次基础量化班，对于几何优化，过渡态搜索有了更多的理解

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2018-3-30 19:26

ysr9868 发表于 2018-3-27 16:21
我觉得应该把氢加极化然后IRC再跑一些点，平稳后再优化，如果结构还不同，那应该最初预想的反应复合物不正 ...

谢谢回答，左边的IRC曲线确实不够平稳

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2018-3-31 20:42

sobereva 发表于 2018-3-28 18:43
把IRC尽量跑长，然后对末端结构优化的时候把步长上限设小，如果还是和之前优化出来的结构不同，说明本身TS ...

老师，您说的中间体是指存在于PSO-PN-complex与IRC-rea之间吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-31 20:58

lijiayisjtu 发表于 2018-3-31 20:42
老师，您说的中间体是指存在于PSO-PN-complex与IRC-rea之间吗？

是

作者
Author: jaywang7 时间: 2023-11-27 19:15

sobereva 发表于 2018-3-31 20:58
是

sob老师我的反应也是这个情况从反应物到中间体到产物我这两步都算出来了想问下您从反应物到中间体叫做一步过渡态，从中间体到产物是一步过渡态。这个反应有一个中间体两部过渡态，可以这样来形容这个反应吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-27 23:25

jaywang7 发表于 2023-11-27 19:15
sob老师我的反应也是这个情况从反应物到中间体到产物我这两步都算出来了想问下您从反应物到中间体叫做 ...

两个基元反应构成的复合反应，也可以说是两步反应，每个基元反应都有一个过渡态。没有“一步过渡态”这种词

作者
Author: jaywang7 时间: 2023-11-28 21:28

sobereva 发表于 2023-11-27 23:25
两个基元反应构成的复合反应，也可以说是两步反应，每个基元反应都有一个过渡态。没有“一步过渡态”这种 ...

好的

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