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标题: 二面角扫描中断，结果总是计算几秒就被杀死了。显示是l101错误 [打印本页]

作者
Author: zhaoxy 时间: 2018-2-27 14:51
标题: 二面角扫描中断，结果总是计算几秒就被杀死了。显示是l101错误
扫描基态二面角，文件中断了之后把剩下的部分再重新编辑后继续提交上去，结果总是计算几秒就被杀死了。显示是l101错误，检查输入文件，感觉没有问题。开始用的12核6GB，改成14核8GB，还是一样的错误。log文件显示二面角添加错误，重新添加还是不行，上传了输入文件和log文件，求帮助~谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-27 15:30
提示里写了
User requested dihedral 3 16 44 46 involves a near-linear angle.
Error in added dihedral.

16-44-46几乎完全是一条直线，显然对这个二面角扫描不可能执行，二面角几乎没法定义

作者
Author: zhaoxy 时间: 2018-2-27 15:47

sobereva 发表于 2018-2-27 15:30
提示里写了
User requested dihedral 3 16 44 46 involves a near-linear angle.
Err ...

哦，这样。这是之前扫描的最后一步的结构，这样的话是不是说明，如果要是想继续前面的扫描是不是就不可能了？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-27 15:54

zhaoxy 发表于 2018-2-27 15:47
哦，这样。这是之前扫描的最后一步的结构，这样的话是不是说明，如果要是想继续前面的扫描是不是就不可能 ...

至少你得想办法避开当前问题，要么适当修改结构，要么修改被扫描的变量，要么加入额外限制等

作者
Author: zhaoxy 时间: 2018-2-27 16:06

sobereva 发表于 2018-2-27 15:54
至少你得想办法避开当前问题，要么适当修改结构，要么修改被扫描的变量，要么加入额外限制等

恩恩，谢谢老师！

作者
Author: zhaoxy 时间: 2018-3-1 20:16

sobereva 发表于 2018-2-27 15:54
至少你得想办法避开当前问题，要么适当修改结构，要么修改被扫描的变量，要么加入额外限制等

感谢老师的耐心回答。sob老师，我还想请教您一下问题，假如我想从其中一个Ｃ上的氢开始数二面角，一边的二面角锁定等于另一边的话，想请教一下，怎样锁定两个二面角相等呢？没有搜到相关内容，麻烦老师讲一下，谢谢啦~

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-2 08:33

zhaoxy 发表于 2018-3-1 20:16
感谢老师的耐心回答。sob老师，我还想请教您一下问题，假如我想从其中一个Ｃ上的氢开始数二面角，一边的 ...

看不懂你的意思

对于刚性扫描，如果要让两个二面角总保持相等，就把二者都用一个变量表示
对于柔性扫描没法实现

作者
Author: zhaoxy 时间: 2018-3-5 14:52

sobereva 发表于 2018-3-2 08:33
看不懂你的意思

对于刚性扫描，如果要让两个二面角总保持相等，就把二者都用一个变量表示

恩恩，我再想想。谢谢您详细的回答~~~

作者
Author: lp2014 时间: 2018-7-11 17:21
请问，你是如何继续计算的?(比如你提交任务时，设定了time limit，但在设定时间中没有完成扫描，该如何继续呢？)谢谢

作者
Author: 之一昂 时间: 2023-7-30 13:18

zhaoxy 发表于 2018-3-1 20:16
感谢老师的耐心回答。sob老师，我还想请教您一下问题，假如我想从其中一个Ｃ上的氢开始数二面角，一边的 ...

利用广义内坐标GIC可以实现两个不相邻的二面角同时变化。

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