计算化学公社

标题: 如何得到模拟固体的原子坐标，类型，电荷以及键的信息？ [打印本页]

作者
Author: ZhaoyangMonash 时间: 2018-2-28 13:24
标题: 如何得到模拟固体的原子坐标，类型，电荷以及键的信息？
在分子动力学（LAMMPS）模拟过程中，想得到一些矿物质（例如，蒙脱石，二氧化硅）的物理力学性质（弹性力学常数，应力应变曲线等）,如何得到模拟固体的原子坐标，类型，电荷以及键的信息？是否能够在某些网址上找到，我现在已经知道一些网址，例如剑桥晶体结构中心，但是如何把这些参数改成LAMMPS需要的输入文件（read_data）格式？请高手指教？

作者
Author: winterzen 时间: 2018-2-28 17:01
结构坐标的查找见社长总结的数据库列表
http://sobereva.com/43
第2部分

输入文件格式转换可用lammps源码包中tools目录下自带的一些工具，如
amber2lmp、ch2lmp、msi2lmp等

也可用一些第三方程序，如
http://openbabel.org/wiki/Main_Page
http://atomsk.univ-lille1.fr/
http://www.moltemplate.org/
http://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
等等，或者自己写程序转换

作者
Author: ZhaoyangMonash 时间: 2018-2-28 18:41
好的，谢谢你的意见，我学习一下

作者
Author: ZhaoyangMonash 时间: 2018-3-20 17:44
你好，我现在已经按照您的建议，做出来了data file文件，但是只能是单元晶体按照某个固定方向排列（各向异性的），请问如何得到各向同性的物体（随机排列单元晶体）呢？

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