计算化学公社

标题: nwchem计算体系的结构优化问题 [打印本页]

作者
Author: xingyuan 时间: 2018-2-28 21:09
标题: nwchem计算体系的结构优化问题
新手求救：本人刚接触量子化学，导师让我用nwchem软件进行结构优化。现出现几个问题想求大神指导一下：
1）首先，导师让我对金属表面含有气体分子的体系进行结构优化，我发现单个分子的结构优化相对容易。加入坐标后，task dft optimize即可。但是多个分子的体系比如两个水分子进行结构优化就会出现错误。求指导！！！
2）我在进行结构优化时，同样的方法对于CO2、H2O等分子都能进行进行结构优化，为什么对O2会出现错误呢？
3）导师利用nwchem软件求解了自由能，让我用terachem实现同样的功能，不知道怎么着手。

本人量化新手，问的问题可能比较低级。望海涵。。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-28 21:15
1 初学者就最好别用nwchem，先把Gaussian弄熟了，这是最容易用、使用最广泛的量化程序。如果没买Gaussian，就用ORCA，这是免费量化程序里功能最全也最容易上手的。

弱相互作用体系优化整体难度显著高于单分子体系，因为势能面往往很缓。优化做的最好的是Gaussian

2 设定不合理

3 让你去用terachem简直难以置信！！！terachem功能巨弱（连个解析频率都算不了！连主流的明尼苏达系列泛函都不支持！基函数最高才支持到d角动量！后HF一个也不支持！），还收费，根本没什么人用。而且为了用这个你还得买个双精度很强的GPU，简直毫无使用价值。我N年前已经写过一篇文章暴露terachem的真实面目，再加上如今双精度性能较好的GPU又颇贵，且terachem原本就弱后来又没什么进展，这程序早已没什么存在感
首个完全基于GPU的量化软件-TeraChem杂谈及真实性能测试
http://sobereva.com/137

与其用这些乱七八糟的非主流东西，远不如先把最主流的Gaussian用好了再说

怎么算自由能这里写得极其清楚
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

强烈建议仔细阅读此文
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

作者
Author: xingyuan 时间: 2018-3-1 09:22

sobereva 发表于 2018-2-28 21:15
1 初学者就最好别用nwchem，先把Gaussian弄熟了，这是最容易用、使用最广泛的量化程序。如果没买Gaussian， ...

多谢sob老师的回复！
原因是我们目前有terachem的资源，导师认为其计算速度远超过nwchem。就让我尝试算。
我感觉自己理论知识少得可怜，可是老师又让做东西，做不出来结果就认为你没干活偷懒了。看来是时候和导师谈谈了。

作者
Author: xingyuan 时间: 2018-3-1 09:43

sobereva 发表于 2018-2-28 21:15
1 初学者就最好别用nwchem，先把Gaussian弄熟了，这是最容易用、使用最广泛的量化程序。如果没买Gaussian， ...

sob老师，我在弱弱的问一下，您看这个用nwchem具体应该怎么设置。目的是在锂金属表面含有nf3气体进行结构优化。导师让建立的模型就是将锂金属与nf3直接放在一起。

scratch_dir ./scr
echo
title "geometry optimization of malonaldehyde with b3lyp/6-31G*"
geometry
Li                   0.00000       0.00000       0.00000
Li                   1.75465       1.75465       1.75465
Li                   0.00000       0.00000       3.50930
Li                   1.75465       1.75465       5.26395
Li                   0.00000       0.00000       7.01860
Li                   1.75465       1.75465       8.77325
Li                   3.50930       0.00000       0.00000
Li                   5.26395       1.75465       1.75465
Li                   3.50930       0.00000       3.50930
Li                   5.26395       1.75465       5.26395
Li                   3.50930       0.00000       7.01860
Li                   5.26395       1.75465       8.77325
Li                   7.01860       0.00000       0.00000
Li                   8.77325       1.75465       1.75465
Li                   7.01860       0.00000       3.50930
Li                   8.77325       1.75465       5.26395
Li                   7.01860       0.00000       7.01860
Li                   8.77325       1.75465       8.77325
  N                   3.51002    -2.48378       5.19712
  F                   3.74146    -2.19958       6.84826
  F                   3.26034    -1.42136       5.36016
  F                   3.17135    -2.22298       3.74202
end
basis
* library 6-31G*
end
dft
xc b3lyp
end
driver
xyz malonb3lyp
maxiter 200
end
task dft optimize

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-1 09:54

xingyuan 发表于 2018-3-1 09:43
sob老师，我在弱弱的问一下，您看这个用nwchem具体应该怎么设置。目的是在锂金属表面含有nf3气体进行结构 ...

算这种一般性的问题，有钱就用Gaussian，没钱或者图快就用ORCA，我从来不用NWChem算此类问题，不仅速度慢、输入文件写着麻烦，可视化、后处理分析都不方便。非要用nwchem就先试着跑，有什么问题到时候根据具体情况和报错再说。

作者
Author: xingyuan 时间: 2018-3-1 16:03

sobereva 发表于 2018-3-1 09:54
算这种一般性的问题，有钱就用Gaussian，没钱或者图快就用ORCA，我从来不用NWChem算此类问题，不仅速度 ...

好的，多谢sob老师。

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