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标题: 用gromacs中amber03自带urea.itp出错的问题 [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-3-1 15:23
标题: 用gromacs中amber03自带urea.itp出错的问题
各位前辈们，老师们
我是gromacs初学者，今天想跑一个尿素的npt平衡，在能量最小化的出现没跑完规定步数就停止现象（我规定步数是50000步，未设置Fmax，系统默认是Fmax=10），然后我暂且忽略这个情况，但是在跑npt时出错。
先谢谢了。 (, 下载次数 Times of downloads: 41) (, 下载次数 Times of downloads: 45)

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-1 15:33
那个只是warning，不是出错。

出现这个情况要么mdp不合理，要么初始结构偏离当前条件下稳定状态较大，要么top文件不合理

如果只是初始结构不怎么好，比如一开始密度太低了，那么通过控压，自动会变成合适的密度，中途出现这些warning倒也没什么害处，反正之后会正常。

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-3-1 15:37
本帖最后由虔诚的人于 2018-3-1 15:49 编辑

我编写的一个通用mdp文件，跑其他例子是可以的。有可能是密度过低。我这里附上我mdp文件和参数文件

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-3-1 15:38

sobereva 发表于 2018-3-1 15:33
那个只是warning，不是出错。

出现这个情况要么mdp不合理，要么初始结构偏离当前条件下稳定状态较大，要 ...

谢谢您

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-3-1 15:51

sobereva 发表于 2018-3-1 15:33
那个只是warning，不是出错。

出现这个情况要么mdp不合理，要么初始结构偏离当前条件下稳定状态较大，要 ...

sob老师，您好，我上传了我的一些文件，请您看看是不是mdp有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-1 16:09
不要用cutoff方式计算静电作用，精度明显不及默认的SPME

参考模板

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-3-1 16:41

sobereva 发表于 2018-3-1 16:09
不要用cutoff方式计算静电作用，精度明显不及默认的SPME

参考模板

好的，谢谢老师。
我刚刚先优化了单个分子，在8*8*8 nm 的盒子中insert-molecules优化后的尿素分子，在做minimization和npt是出现刚才一样的错误。是怎么回事，我感觉mdp中的参数没问题。在minimization时，到600多步就自动停止了。
我去试试改截断方式。

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-4-6 15:24

sobereva 发表于 2018-3-1 16:09
不要用cutoff方式计算静电作用，精度明显不及默认的SPME

参考模板

sob老师，这个问题我解决了，忘回复您了们谢谢您的帮助。

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2020-12-17 20:28
老师请问28个原子得小分子，能量最小化，设置得参数如下:
;{ 预处理, 使用 C++ 语法
;===============================================================================
include =  /gpfs/users_home/201961122049/try/10.acpype       ; 含引用文件的目录, 拓扑文件中可引用其中的文件, 可多项
               ; 例: -I/home/joe/joy -I/home/tom/tim -IC:/GMX/top
define  =  -DFLEXIBLE       ; 预定义, 默认无, 可多项, 区分大小写
               ; -DPOSRES: 使用位置限制文件进行位置限制动力学模拟
               ; -DFLEXIBLE: 启用柔性水, steep效果更好, cg, l-bfgs或简正分析须开启
;}==============================================================================

;{ 能量最小化运行控制
;===============================================================================
integrator    = steep ;能量最小化方法, steep:最陡下降; cg:共轭梯度; lbfgs:二次收敛
emtol          = 100 ; 力的最大容差(kJ/mol-nm), 对壳层值应小于1
emstep          = 0.01 ; 初始步长(nm)
nsteps          = 1000 ; 最大积分步数, 默认0, -1:无限制

nstcgsteep    = 1000 ; cg能量最小化时执行一次最陡下降的频率(步)
;}==============================================================================

;{ 输出控制
;===============================================================================
nstxout                = 10 ; trr坐标的输出频率(步)
nstvout                = 10 ; 速度
nstfout                = 10 ; 力
nstxout-compressed    = 10 ; xtc压缩坐标的输出频率
nstlog                = 10 ; 日志文件输出频率
nstenergy             = 10 ; 能量文件输出频率
nstcalcenergy          = 10 ; 计算能量的频率, 最好为 nstlist 倍数
compressed-x-precision  = 1000 ; xtc坐标的精度(1000表示1/1000, 三位小数)
;}==============================================================================

;{ 邻区搜索
;===============================================================================
cutoff-scheme          = Verlet ; 截断方式, Verlet:粒子截断; Group:电荷组
ns-type                = Grid ; 邻区搜索算法, Grid:较快; Simple:仅与Group联用
nstlist                = 1    ; 邻区列表更新频率, 0:真空模拟; -1:自动
rlist                = 1.0 ; 邻区列表截断距离(nm)
rvdw                   = 1.2 ; 范德华截断半径
rcoulomb             = 1.2 ; 静电截断半径, 不超过最小盒子边长一半

nstcalclr             = -1    ; 长程邻区列表的计算频率
rlistlong             = -1    ; 切换势能函数的长程邻区列表截断距离(nm)
verlet-buffer-tolerance = 0.005  ; Verlet缓冲的能量误差(kJ/mol-ps-atom), -1:使用rlist
;}==============================================================================

;{ 周期性
;===============================================================================
pbc                   = XYZ ; 周期性边界条件, XYZ; XY; No:忽略盒子, 截断与nstlist置零
periodic-molecules    = No    ; 周期性分子: No; Yes
;}==============================================================================

;{ 静电与范德华
;===============================================================================
vdwtype                = PME ; 范德华计算方法
coulombtype          =  PME  ; 静电计算方法
DispCorr             = No    ; 长程色散校正, No:无; Ener:能量; EnerPres:能量和压力

60多步就停止了，是因为分子太小了还是这些参数那里设置有错误呀

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