计算化学公社

标题: NEB+dimer计算过渡态经验-无VTST篇 [打印本页]

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2018-3-4 21:51
标题: NEB+dimer计算过渡态经验-无VTST篇
本帖最后由夜夜衣于 2021-1-5 10:10 编辑

有时间更新vtst篇的自带的容易被质疑就不误人子弟了

作者
Author: 下午茶 时间: 2019-12-13 15:19
您好！我刚接触vasp,看了您的帖子，有几个问题想向您请教

1. (, 下载次数 Times of downloads: 69) 这是我优化的初态和末态，算NEB时需要初态和末态的坐标文件和OUTCAR，原子要一一对应，是需要算初态时就把H原子加上吗？我在这个地方有点混乱，希望您能给解答一下，谢谢！

作者
Author: ghifi37 时间: 2019-12-13 16:17

下午茶发表于 2019-12-13 15:19
您好！我刚接触vasp,看了您的帖子，有几个问题想向您请教1.这是我优化的初态和末态，算NEB时需要初态和 ...

原子数目肯定需要一致的，不然能量都没法比较，至少也得分开算

作者
Author: 阿宋啦 时间: 2020-1-6 11:37
你好，我想请问一下，如果我算的是表面的反应，那基地在算dimer的时候要用F关闭，只打开参与反应的原子吗？

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2020-2-19 13:11
本帖最后由夜夜衣于 2020-2-19 13:13 编辑

阿宋啦发表于 2020-1-6 11:37
你好，我想请问一下，如果我算的是表面的反应，那基地在算dimer的时候要用F关闭，只打开参与反应的原子吗？

这得看你计算频率固定的哪些原子，那这些固定就没有震动，xyz三个方向都是0，dimer不固定应该也没事

作者
Author: 小枫叶 时间: 2020-2-24 21:41
楼主，您好，我看了您的帖子帮助蛮大，就是我不知道为何用您的方法，参数设置，却总是在第一步刚要跑完时却出现这种报错ERROR: missing or invalid vector defining dimer,一直没解决这个问题，比较郁闷，这个为什么啊？谢谢您

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2020-2-26 10:36

小枫叶发表于 2020-2-24 21:41
楼主，您好，我看了您的帖子帮助蛮大，就是我不知道为何用您的方法，参数设置，却总是在第一步刚要跑完时却 ...

应该是你那三列频率没弄好，安装了vtst和没有vtst是有差别的，没有vtst是放在POSCAR坐标下面，安装了vtst是尤文专门的文件放频率

作者
Author: Siling_S 时间: 2020-3-9 12:03
本帖最后由 Siling_S 于 2020-3-9 12:06 编辑

有个问题想请教一下，能不能在粗算完NEB之后，用modemake.pl算出来的初始MODECAR作为初始的搜索方向放到POSCAR里面算DIMER呢？？这样可以省了算频率的时间。（体系有点大，算频率的时间可能比较长……）另外楼主算TS的INCAR里的ICHAIN = 0语句应该是编译了VTST之后才能调用的吧？放在这里是否直接会在计算过程中被忽略掉？

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2020-4-12 15:51

下午茶发表于 2019-12-13 15:19
您好！我刚接触vasp,看了您的帖子，有几个问题想向您请教1.这是我优化的初态和末态，算NEB时需要初态和 ...

不好意思，现在回复你不知道还能不能帮助到你，IS和FS的原子数类型必须是一模一样的，针对你的体系，IS应该在加一个H原子，尽量靠近和slab接触的O，这样能让H由最简单的路径到FS，我猜你是做电催化，barrier的计算我们是这样处理的，是你在neb的过程中去除TS的能量减去 *CO2减去1/2H2就是barrier，所以说IS我们只需要用它的构型，不要他的能量，

作者
Author: 下午茶 时间: 2020-4-14 22:27

夜夜衣发表于 2020-4-12 15:51
不好意思，现在回复你不知道还能不能帮助到你，IS和FS的原子数类型必须是一模一样的，针对你的体系，IS应 ...

感谢您的回复，我不是太明白您说的“是你在neb的过程中去除TS的能量减去 *CO2减去1/2H2就是barrier，”这句是什么意思？你能再详细的讲一下吗？万分感谢

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2020-4-17 22:08

下午茶发表于 2020-4-14 22:27
感谢您的回复，我不是太明白您说的“是你在neb的过程中去除TS的能量减去 *CO2减去1/2H2就是barrier，”这 ...

我打字打错了，正常算barrier是Eb=E（TS）-E(IS)是吧？但是电催化里面有两种机制一种是H吸附在表面之后再加氢，这样计算能垒就是上面这个公式。但是电催化里面，H离子可以认为是游离的，那么能垒就成了Eb=E（TS）-E（catalyst）-1/2H2 因为标准氢电极电势下H+ + e- = 1/2H2的能量，所以我们只用了IS的构型来找过渡态但是不用他的能量

作者
Author: 下午茶 时间: 2020-5-6 15:15

夜夜衣发表于 2020-4-17 22:08
我打字打错了，正常算barrier是Eb=E（TS）-E(IS)是吧？但是电催化里面有两种机制一种是H吸附在表面之后 ...

好的，谢谢您

作者
Author: 小枫叶 时间: 2020-5-22 23:17

夜夜衣发表于 2020-2-26 10:36
应该是你那三列频率没弄好，安装了vtst和没有vtst是有差别的，没有vtst是放在POSCAR坐标下面，安装了vtst ...

感谢您的回复，我还有两个问题想请教一下您。
1。就是我想问一下我把MODECAR单独拿出来之后，第一步结束倒是没有报错，但是却不生成dimcar,并且一直不收敛，但是cl-neb却可以用，这种情况也是VTST没有编译好吗？
2.我在用dimer法时，并没有等到整体的插点收敛，就直接选取切向力接近0的结构计算频率，发现只有一个虚频，接着就用此结构跑dimer，这种方法可以吗？谢谢您了。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2020-5-29 21:20

小枫叶发表于 2020-5-22 23:17
感谢您的回复，我还有两个问题想请教一下您。
1。就是我想问一下我把MODECAR单独拿出来之后，第一步结束 ...

回复你这个问题我其实有点纠结，我算dimer其实也很不好收敛，我都是在计算多少步之后把结构挑出来算频率，看震动，如果符合一个大虚频振动方向也对，不管dimer计算收敛不收敛我就停止计算了，但是现在我一般都是用CINEB计算过渡态，我觉得还比较好用，现在比较少用dime了。你第一个问题，你既然能用neb.ef想来你应该是安装了VTST的，你用nebef脚输出的各列都应有数，特别是切线力，而不是都为零。至于你说dimercar没出来，肯定是你的输入文件的问题。第二个问题，我以前写的这个还是比教片面，近期我会根据我的经验重新写一部分vtst计算过渡态的部分，可不用dimer，也能较为精准的定位过渡态，最重要的是nebspline.pl这个绘制出来的势能面图得好看也就是一个漂亮的山峰型，并且力收敛，才能真正确定是过渡态，若是那种波浪型，那肯定是错的，。基元反应的势能面应该是很好看的，要么INACAR不行，要么你的IS和FS没设计好。

作者
Author: 小枫叶 时间: 2020-6-11 11:27

夜夜衣发表于 2020-5-29 21:20
回复你这个问题我其实有点纠结，我算dimer其实也很不好收敛，我都是在计算多少步之后把结构挑出来算频率 ...

感谢楼主回复，经过测试，发现的确是因为INCAR参数丢失一个，目前DIMER可以跑起来了。搬好板凳蹲一波楼主的新作，嘿嘿。

作者
Author: 将军金甲夜不脱 时间: 2020-8-4 11:49

下午茶发表于 2019-12-13 15:19
您好！我刚接触vasp,看了您的帖子，有几个问题想向您请教1.这是我优化的初态和末态，算NEB时需要初态和 ...

你好，这个问题你现在明白了吗？我也遇到了同样问题

作者
Author: 小段不可爱 时间: 2020-9-19 08:54
您好，我是刚学vasp计算的新手，也想尝试sky用Dimer计算过渡态的方法（http://bbs.keinsci.com/thread-7493-1-1.html），但是文中的imagefreq.py脚本在链接中找不到了。可以麻烦您将脚本分享一下吗？十分感谢。

作者
Author: shaddock 时间: 2020-10-9 17:32

小枫叶发表于 2020-2-24 21:41
楼主，您好，我看了您的帖子帮助蛮大，就是我不知道为何用您的方法，参数设置，却总是在第一步刚要跑完时却 ...

您好，我出现了一样的问题，请问怎么解决呢，非常非常感谢！！！

作者
Author: 999938825 时间: 2020-10-11 13:09
楼主好！终于找到一个问题一样的人了，我的vtst也是感觉没在起作用，能量基本一点不变，难道只能用vasp自带的neb方法了吗？请问楼主解决vtst编译问题了吗？

作者
Author: 1143310726 时间: 2021-12-27 19:56
您好，我使用CP2K进行dimer计算的时候，结构总是从初猜优化到末态，相关参数已经调得比较小了，但是还是出现这个问题，请问该如何进行调整

作者
Author: csuhyy 时间: 2022-1-27 14:40
第二个INCAR，为什么加NFREE=2，这个不是用来算震动频率的吗？还有如果不用VTST的优化方法，不是要设置IOPT=0吗？

作者
Author: Lilunjisuan 时间: 2023-6-5 16:30

小枫叶发表于 2020-2-24 21:41
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

你好，我最近也需要使用dimer方法来计算过渡态。出现的一个问题与你遇见的问题一样，出现这个ERROR，向问一问这个应该怎么解决呢？

作者
Author: 123wo 时间: 2023-12-7 20:54

小枫叶发表于 2020-2-24 21:41
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

最新的发现是如果没有在频率计算时INCAR添加NWRITE=3的话，就会报这个错

作者
Author: Persona 时间: 2024-3-9 17:21

夜夜衣发表于 2020-5-29 21:20
回复你这个问题我其实有点纠结，我算dimer其实也很不好收敛，我都是在计算多少步之后把结构挑出来算频率 ...

楼主想问一下，本人刚学vasp，安装了vtst但是没有编译能否用vtst的cl-neb方法计算？我用cl-neb算了以下然后nebef.pl输出，力的那一列全是0。我插入了5个节点,但是05那个文件只输出了和poscar内容一样的poscar_orig文件，别的都没有,而且能量也没有收敛。不知道我还能用vtst方法继续做吗？我目前只是粗略测试看看能垒是怎样的。以下是我的INCAR.

SYSTEM = any

ISMEAR = 0
SIGMA  = 0.05

PREC = normal
ENCUT  = 300
EDIFF  = 1.0E-7

ISIF = 2
#ISPIN = 1
NSW = 1000
#EDIFFG = -0.025

NPAR = 12
IVDW=11
#KPAR= 3

LREAL=Auto
#KPAR = 4

ADDGRID = TRUE

#NBANDS=1680

#LSCALAPACK = .FALSE

SYMPREC = 1E-6
NELM = 500

# NEB
#NSW = 20
EDIFFG = -0.01          # max forces: 0.1eV/AA
ELMIN = 5                # at least 5 el. scf steps  for each ionic step
IMAGES = 5             # 2 intermediate geometries for  the NEB
SPRING = -5             # spring constant

IBRION =3
POTIM = 0
IOPT = 1
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE
"INCAR" 44L, 577C

作者
Author: 123wo 时间: 2024-6-18 16:27

123wo 发表于 2023-12-7 20:54
最新的发现是如果没有在频率计算时INCAR添加NWRITE=3的话，就会报这个错

还有一个原因，就是这个结构根本没有虚频，此时也会报类似的错误

作者
Author: billcsu 时间: 2024-9-20 09:02

小段不可爱发表于 2020-9-19 08:54
您好，我是刚学vasp计算的新手，也想尝试sky用Dimer计算过渡态的方法（http://bbs.keinsci.com/thread-7493 ...

就是exfreq.py

作者
Author: 单单 时间: 2024-9-25 12:37

小枫叶发表于 2020-6-11 11:27
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

你好请问你的INCAR是哪个参数缺少了呢？我也遇到了同样的问题，不知道怎么解决，谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)