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标题: 冰-Ih结构创建问题 [打印本页]

作者
Author: hogan6789 时间: 2018-3-5 10:32
标题: 冰-Ih结构创建问题
大家好，由于目前需要做ice-Ih的相关模拟，但不知道如何创建的Gromacs的结构档
我上网搜寻了很久，只有找到到cif档，
听网路上的人说可以用一个叫做Mercury的软体打开并转成PDB档
不过打开后居然有3个档案，而且其中2个档案只有1个水分子，另一个档案有2颗水分子，有点搞不清楚要如何进行下去

想请问有在做冰-ih模拟的，究竟是如何创建结构的？
感谢

作者
Author: agent99 时间: 2018-3-5 10:51
有2个水的那个还有可能是asymmetric unit，只有1个水应该就是没有正确读取了。试试material studio吧，cif文件很乱的...

作者
Author: hogan6789 时间: 2018-3-5 11:37

agent99 发表于 2018-3-5 10:51
有2个水的那个还有可能是asymmetric unit，只有1个水应该就是没有正确读取了。试试material studio吧，cif ...

那请问要如何用material studio创建ice-ih呢？网路上找不到教程

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-5 15:20
构建方法看此文 (, 下载次数 Times of downloads: 314)

现成的构建好的不同尺寸的冰的Ih结构文件： (, 下载次数 Times of downloads: 367)

另有专门生成冰的结构的程序GenIce：J. Comput. Chem., 39, 61 (2018)

作者
Author: hogan6789 时间: 2018-3-5 17:53

sobereva 发表于 2018-3-5 15:20
构建方法看此文

现成的构建好的不同尺寸的冰的Ih结构文件：

老师好!
1.关于第一篇论文,我有大致看过一下,里面是介绍ice-ih的晶体规则,请问这是要自己利用这些规则编译程式吗?
2.因为我平常都是用material studio建构结构,刚刚试了提供的xyz档,发现不能载入,请问是需要其他的处理吗,或是老师平常是如何将这些xyz档转成gromacs的结构档?
3. 这篇paper提供的程式好像要用python 3编译,不过lab平常是用c++编译,请问还有其他的推荐程序吗?
谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-5 18:33

hogan6789 发表于 2018-3-5 17:53
老师好!
1.关于第一篇论文,我有大致看过一下,里面是介绍ice-ih的晶体规则,请问这是要自己利用这些规则编 ...

1 是。没有特殊情况，就用作者现成提供好的就够了
2 怎么不能载入？载入到哪里？如果是载入到MS，转化成MS可以导入的格式诸如pdb。xyz文件稍微手动改一下就成了.gro格式。
3 我没试过那个程序。python程序用不着编译，本身就是脚本语言

作者
Author: agent99 时间: 2018-3-6 03:12

hogan6789 发表于 2018-3-4 21:37
那请问要如何用material studio创建ice-ih呢？网路上找不到教程

我说的是用MS打开你的cif文件，不是在MS里从头搭结构。我见过不少例子，一些格式不太标准的cif文件在mercury或者gaussview里打开都很乱，但在MS里都能正常显示

作者
Author: hogan6789 时间: 2018-3-6 08:58

sobereva 发表于 2018-3-5 18:33
1 是。没有特殊情况，就用作者现成提供好的就够了
2 怎么不能载入？载入到哪里？如果是载入到MS，转化成 ...

老师，这是我汇入时显示的错误讯息。
还是我应该把xyz档最后二个column (#number && patt number) 删除后再汇入呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-6 13:16

hogan6789 发表于 2018-3-6 08:58
老师，这是我汇入时显示的错误讯息。
还是我应该把xyz档最后二个column (#number && patt number) 删除 ...

MS本来就不支持载入xyz
启动MS，file-import，支持哪些格式都有罗列。
把.xyz用VMD或Multiwfn转成pdb，就能载入MS

作者
Author: hogan6789 时间: 2018-3-6 17:53

sobereva 发表于 2018-3-6 13:16
MS本来就不支持载入xyz
启动MS，file-import，支持哪些格式都有罗列。
把.xyz用VMD或Multiwfn转成pdb， ...

成功用VMD载入xyz档了!
我再来研究一下如何用VMD转档

谢谢老师

作者
Author: dgwfly 时间: 2018-4-7 12:57

sobereva 发表于 2018-3-5 15:20
构建方法看此文

现成的构建好的不同尺寸的冰的Ih结构文件：

想问下，压缩文档里的冰模型，是根据什么水模型构建的呢，例如，spc/e和tip4p/ice 的键长和键角不一样，这样会有影响么

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-7 18:57

dgwfly 发表于 2018-4-7 12:57
想问下，压缩文档里的冰模型，是根据什么水模型构建的呢，例如，spc/e和tip4p/ice 的键长和键角不一样， ...

这点无所谓。模拟时候用NPT，结构和晶格尺寸都会自发进行调整。

作者
Author: armstrong 时间: 2020-7-17 10:25
请问，怎么利用现成的xyz文件想，修改冰分子的个数？例如，下载的文件中有1080 slab个冰的，我想改成256x1的冰

作者
Author: jimulation 时间: 2020-7-17 14:00

sobereva 发表于 2018-4-7 18:57
这点无所谓。模拟时候用NPT，结构和晶格尺寸都会自发进行调整。

请教Sob老师，如果采用TIP4P水模型，有无方法快速将结构文件中缺少的虚拟原子补上？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-18 10:55

armstrong 发表于 2020-7-17 10:25
请问，怎么利用现成的xyz文件想，修改冰分子的个数？例如，下载的文件中有1080 slab个冰的，我想改成256x1 ...

恰当删除，需要自行保证盒子尺寸能让体系满足周期性
另有专门生成冰的结构的程序GenIce，但我没试过：J. Comput. Chem., 39, 61 (2018)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-18 10:58

jimulation 发表于 2020-7-17 14:00
请教Sob老师，如果采用TIP4P水模型，有无方法快速将结构文件中缺少的虚拟原子补上？

TIP4P完全过时了，又贵又烂，若无特殊必要不要用。

做完下面步骤之后照常模拟即可。
(, 下载次数 Times of downloads: 61)

作者
Author: jimulation 时间: 2020-7-20 09:38

sobereva 发表于 2020-7-18 10:58
TIP4P完全过时了，又贵又烂，若无特殊必要不要用。

做完下面步骤之后照常模拟即可。

感谢Sob老师！

作者
Author: armstrong 时间: 2020-7-20 10:42

sobereva 发表于 2020-7-18 10:55
恰当删除，需要自行保证盒子尺寸能让体系满足周期性
另有专门生成冰的结构的程序GenIce，但我没试过：J. ...

好的，谢谢sober老师

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