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标题: 关于用G09中用SMD隐式溶剂模型计算体系400K下的自由能的具体计算过程 [打印本页]

作者
Author: 一声叹息010 时间: 2018-3-7 19:23
标题: 关于用G09中用SMD隐式溶剂模型计算体系400K下的自由能的具体计算过程
已读sob老师的博文：谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

http://sobereva.com/327
根据我的理解，记下如下流程备忘
(, 下载次数 Times of downloads: 41)

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-7 19:27
dovacuum是完全多余的，我博文里也没说过要这么做

作者
Author: 一声叹息010 时间: 2018-3-7 19:31

sobereva 发表于 2018-3-7 19:27
dovacuum是完全多余的，我博文里也没说过要这么做

惭愧啊，画蛇添足了

，已改正去掉
如果加了dovacuum会有不利的影响吗，还是加了也白加，一点用都没有？

作者
Author: 一声叹息010 时间: 2018-3-7 19:33
本帖最后由一声叹息010 于 2018-3-7 20:22 编辑

改正版 (, 下载次数 Times of downloads: 43)

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-7 20:45

一声叹息010 发表于 2018-3-7 19:31
惭愧啊，画蛇添足了，已改正去掉
如果加了dovacuum会有不利的影响吗，还是加了也白加，一点用都没 ...

白写，不影响结果，也没意义

作者
Author: 杨小狗 时间: 2018-3-9 08:31
计算液相下的自由能直接opt freq tem=400，得到稳定结构和过渡态结构的自由能之后做差不就可以了吗？还需要计算溶解自由能吗？

作者
Author: 杨小狗 时间: 2018-3-9 09:23

sobereva 发表于 2018-3-7 20:45
白写，不影响结果，也没意义

如果发生在液相下的反应，结果要优化其在气相下的过渡态结构，是不是偏离比较大？能不能在此处的优化上发生误差呢？老师

作者
Author: 杨小狗 时间: 2018-3-9 09:42

sobereva 发表于 2018-3-7 20:45
白写，不影响结果，也没意义

老师，我看楼主在利用freqchk的时候并没有用一系列的频率校正因子，如果想要得到精确的△G是不是应该按照您的博文说的那样，查找所用方法对应的熵、焓等矫正因子下计算相应的热力学校正量之后，再获得这个自由能修正量呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-9 14:45

杨小狗发表于 2018-3-9 09:23
如果发生在液相下的反应，结果要优化其在气相下的过渡态结构，是不是偏离比较大？能不能在此处的优化上发 ...

有的体系，特别是局部带显著电荷的，溶剂效应对结构影响不可忽略，甚至至关重要

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-9 14:46

杨小狗发表于 2018-3-9 09:42
老师，我看楼主在利用freqchk的时候并没有用一系列的频率校正因子，如果想要得到精确的△G是不是应该按照 ...

如果讲究一些，而且泛函的HF成分较高的话，算气相热力学量时应当考虑频率校正因子。如果算气相自由能时懒得分别考虑三个频率校正因子，至少把ZPE校正因子考虑上（虽说对最终结果来看，是否考虑频率校正因子对多数情况影响不大）

作者
Author: 一声叹息010 时间: 2018-3-11 20:22

杨小狗发表于 2018-3-9 09:23
如果发生在液相下的反应，结果要优化其在气相下的过渡态结构，是不是偏离比较大？能不能在此处的优化上发 ...

这个问题在本帖最开始贴出的sob老师的博文里已经讨论过了，你先去看看博文吧。之余校正因子，那都是小事，freqchk里直接加就好了，由于图片只是举例子，都是用的最默认、最简洁的命令，吧温度和校正因子写到优化时的命令行里，其实没啥意思，一个调用freqchk的小脚本可批量输出任意多组不同温度、压强、校正因子下的热力学校正。

作者
Author: 杨小狗 时间: 2018-3-13 10:23

一声叹息010 发表于 2018-3-11 20:22
这个问题在本帖最开始贴出的sob老师的博文里已经讨论过了，你先去看看博文吧。之余校正因子，那都是小事 ...

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