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标题: 各个组能量及相互作用能(库伦相互作用能, 范德华相互作用能等)计算的问题 [打印本页]

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Author: 苏玖染 时间: 2018-3-8 10:50
标题: 各个组能量及相互作用能(库伦相互作用能, 范德华相互作用能等)计算的问题
本帖最后由苏玖染于 2018-3-8 11:09 编辑

我将两种有机阴离子（染料分子，原子数都为50左右，都带两个负电荷）在水溶液中的平衡模拟跑完之后，从轨迹中把水分子和中和电荷的钠离子去掉，定义能量组，-rerun之后，可以用gmx energy 得到两种有机阴离子的范德华和库伦作用能，请问计算的带SR的是不是就是分子间的作用能？1-4的是不是就是分子内14相互作用能？为啥我得到的结果，同种分子的库伦SR都为正的，而异种分子的库伦SR为负的？难道他们两个吸引？应该不会啊，两种染料分子的结构相似啊，请问这是为什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-8 17:02
其实完全没必要把水和钠离子去掉，能量组只定义有机阴离子，那么其它离子并不会对组间SR能量输出有任何影响，毕竟gmx用的是对势。

按照Ewald、PME这些计算相互作用能的语言来说，相互作用分为短程（short-range，在实空间下计算）和长程（long range，在倒易空间下计算），二者之和是总相互作用能。只有前者，即SR部分，是可以分解成原子对，并且得到组间作用能的。若你的cutoff设的比较大，那么SR部分一般就占大头，用这部分衡量相互作用就够了。

1-4不用管，对分子间作用没有贡献。

你提到的问题具体原因远程不好说，反复试试应该能弄清楚。

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-3-8 20:13

sobereva 发表于 2018-3-8 17:02
其实完全没必要把水和钠离子去掉，能量组只定义有机阴离子，那么其它离子并不会对组间SR能量输出有任何影响 ...

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-11 18:04

sobereva 发表于 2018-3-8 17:02
其实完全没必要把水和钠离子去掉，能量组只定义有机阴离子，那么其它离子并不会对组间SR能量输出有任何影响 ...

老师，请问分子动力学模拟中，分子之间的亲疏水相互作用用什么参数分析呢？L-J势能可以表示分子之间的疏水相互作用吗？谢谢老师

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-11-13 11:38

sobereva 发表于 2018-3-8 17:02
其实完全没必要把水和钠离子去掉，能量组只定义有机阴离子，那么其它离子并不会对组间SR能量输出有任何影响 ...

老师，请问有什么方法可以统计组间的长程相互作用吗？
以及cutoff设置多少，SR部分才足够用来衡量相互作用？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-13 22:03

daydayup 发表于 2019-11-11 18:04
老师，请问分子动力学模拟中，分子之间的亲疏水相互作用用什么参数分析呢？L-J势能可以表示分子之间的疏 ...

亲水作用本质靠的是静电相互作用与水结合，考原子电荷体现
疏水作用本质上是熵效应，体现在动力学模拟中，不体现在力场参数里

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-13 22:04

zc_charles_li 发表于 2019-11-13 11:38
老师，请问有什么方法可以统计组间的长程相互作用吗？
以及cutoff设置多少，SR部分才足够用来衡量相互作 ...

定义energy_grps，之后gmx energy从edr提取组间非键作用
cutoff设多少这个说法不明确。诸如范德华作用随距离衰减快，1.4埃cutoff就够了。而静电作用衰减慢，应尽量设大

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-11-14 20:56

sobereva 发表于 2019-11-13 22:04
定义energy_grps，之后gmx energy从edr提取组间非键作用
cutoff设多少这个说法不明确。诸如范德华作用随 ...

老师，采用energy_grps定义组，然后从edr文件中提取的好像都是短程相互作用，没有长程相互作用的。请问那一部分的值要怎么确定？我想看模拟过程中两个组之间的电荷相互作用情况，结果都是“Coul-SR:A-B”这样子的，没有长程的部分。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-15 00:33

zc_charles_li 发表于 2019-11-14 20:56
老师，采用energy_grps定义组，然后从edr文件中提取的好像都是短程相互作用，没有长程相互作用的。请问那 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 92)

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-11-15 20:20

sobereva 发表于 2019-11-15 00:33

老师，如果在计算过程中非键作用使用cutoff=0.12计算，静电作用使用PME方法计算，想要统计模拟过程中几个组之间的非键作用和静电作用，是将mdp文件设置为非键作用cutoff=0，静电作用cutoff=0，然后rerun吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-16 13:00

zc_charles_li 发表于 2019-11-15 20:20
老师，如果在计算过程中非键作用使用cutoff=0.12计算，静电作用使用PME方法计算，想要统计模拟过程中几个 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 92)

作者
Author: 青青青 时间: 2019-11-28 15:49

sobereva 发表于 2019-11-13 22:03
亲水作用本质靠的是静电相互作用与水结合，考原子电荷体现
疏水作用本质上是熵效应，体现在动力学模拟中 ...

老师，请问疏水作用为什么不体现在力场参数里呢？看力场文件的确是疏水珠子与疏水珠子之间不吸引也不排斥。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 08:36

青青青发表于 2019-11-28 15:49
老师，请问疏水作用为什么不体现在力场参数里呢？看力场文件的确是疏水珠子与疏水珠子之间不吸引也不排斥 ...

这本来就不是一种弱相互作用，疏水作用是熵效应，怎么体现在力场里？
多google一些疏水作用的介绍自然就会明白了

作者
Author: 青青青 时间: 2019-12-2 10:21

sobereva 发表于 2019-11-29 08:36
这本来就不是一种弱相互作用，疏水作用是熵效应，怎么体现在力场里？
多google一些疏水作用的介绍自然就 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: Black-Mamba2018 时间: 2019-12-5 11:34

sobereva 发表于 2018-3-8 17:02
其实完全没必要把水和钠离子去掉，能量组只定义有机阴离子，那么其它离子并不会对组间SR能量输出有任何影响 ...

sob老师，您好！当把两个组间静电和范德华作用能两列相加，得到总的相互作用能，总的作用能越负，能说明两个组间非键相互作用越强吗？这个正负符号代表什么意思，吸引或者排斥吗？恳请老师指点一二，谢谢.

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 12:35

Black-Mamba2018 发表于 2019-12-5 11:34
sob老师，您好！当把两个组间静电和范德华作用能两列相加，得到总的相互作用能，总的作用能越负，能说明 ...

越负越强。负=吸引；正=排斥

作者
Author: Black-Mamba2018 时间: 2019-12-5 15:04

sobereva 发表于 2019-12-5 12:35
越负越强。负=吸引；正=排斥

感谢老师指点！

作者
Author: CruiseBend 时间: 2021-7-1 11:06
老师好，想问下gmx energy中Etotal是包含了范德华的长短程和库伦的长短程吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-18 02:43

CruiseBend 发表于 2021-7-1 11:06
老师好，想问下gmx energy中Etotal是包含了范德华的长短程和库伦的长短程吗？

包含了
也包含成键作用项

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