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标题: RDG分析中屏蔽多个片段的分子内相互作用等值面 [打印本页]

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-3-9 09:33
标题: RDG分析中屏蔽多个片段的分子内相互作用等值面
sob老师好，根据手册4.13.4.2 Screen isosurfaces outsideoverlap region of two fragments

已经可以做出效果很好的两片段的图片，但是如果计算体系超过两个片段，请问有什么办法可以自定义片段数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-9 14:34
比如计算ABC三聚体，每个单体内部都有分子内弱相互作用想屏蔽，那你就依次处理A-B、B-C、A-C即可，总共处理三次

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-3-10 02:12

sobereva 发表于 2018-3-9 14:34
比如计算ABC三聚体，每个单体内部都有分子内弱相互作用想屏蔽，那你就依次处理A-B、B-C、A-C即可，总共处理 ...

谢谢老师，试了一下确实是可以实现的，但是我发现当多体之间相互作用较为复杂的时候，如果给的vdW倍数太小了，显示的等值面会不完全，如果调大了倍数值，那么有可能会把邻近的分子的分子内相互作用又显示出来

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-10 02:38

不取俗名发表于 2018-3-10 02:12
谢谢老师，试了一下确实是可以实现的，但是我发现当多体之间相互作用较为复杂的时候，如果给的vdW倍数太 ...

IGM方法可以很好地解决这个问题，在目前的Multiwfn里已经有这个功能了，过些天会发布个帖子专门说怎么用

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-3-10 07:57

sobereva 发表于 2018-3-10 02:38
IGM方法可以很好地解决这个问题，在目前的Multiwfn里已经有这个功能了，过些天会发布个帖子专门说怎么 ...

嗯嗯，谢谢老师，过年的时候就在关注您IGM的那篇文章了，很激动，3.5出了以后也赶快去下载了，本来还想自己摸索一下，但是发现100-1里面确实是多了一些新功能，横坐标我能理解，应该还是和原来的NCI一致，但是纵坐标好像没有直接导出IGM函数的选项，我就想可能是要有一些处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-10 16:20

不取俗名发表于 2018-3-10 07:57
嗯嗯，谢谢老师，过年的时候就在关注您IGM的那篇文章了，很激动，3.5出了以后也赶快去下载了，本来还想自 ...

IGM通过新增加的主功能20使用

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-3-11 09:13

sobereva 发表于 2018-3-10 16:20
IGM通过新增加的主功能20使用

谢谢老师，我去试试

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-3-13 02:54

sobereva 发表于 2018-3-10 16:20
IGM通过新增加的主功能20使用

sob老师好，功能20非常强大，我通过以下步骤：

20    // visual study of weak interaction
10    // IGM analysis boased on promolecular density
2    // 2 fragments in the system
1-15  // The atoms in first fragment in the system is labeled as 1 to 15
16-45 // The atoms in second fragment in the system is labeled as 16 to 45
7    // set the midpoint of two atoms as center
12,28    // set atoms of 12 and 18
300,300,100 // the number of points in x,y,z direction
10,10,6          // extend distance in x,y,z direction
3          // output cube files

我已经得到了sl2r.cub和dg_inter.cub的格点文件，现在想要像分析RDG那样将sl2r.cub以不同的颜色投影到dg-inter上，我修改了您之前给的看RDG的vmd读取文件：

mol new sl2r.cub
mol addfile dg_inter.cub
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.03 0.02
color scale method BGR

但是没有得到等值面，我又试着观看了intra和dg的cub,会看到很细小的圆盘状等值面出现在化学键的位置，不知道是什么地方出了问题

最后附上我的坐标pdb文件：

COMPND monolayer-cis-2pair-4-opt-12.78x14.76-AIM-1
COMPND 1Created by VESTA
HETATM 1 C165             12.444  23.818 9.576  1.00  0.01          C
HETATM 2 C166                8.458  21.899  10.184  1.00  0.01          C
HETATM 3 N4                10.293  22.879 8.362  1.00  0.01          N
HETATM 4 S3                11.778  22.358 8.599  1.00  0.01          S
HETATM 5 S4                8.992  21.977 8.375  1.00  0.01          S
HETATM 6 F7                13.740  23.558 9.904  1.00  0.01          F
HETATM 7 F8                11.748  24.011  10.719  1.00  0.01          F
HETATM 8 F9                9.363  21.252  10.951  1.00  0.01          F
HETATM 9 F10                8.272  23.140  10.695  1.00  0.01          F
HETATM 10 F11                7.273  21.227  10.275  1.00  0.01          F
HETATM 11 F12                12.418  24.964 8.852  1.00  0.01          F
HETATM 12 O5                12.553  22.362 7.377  1.00  0.01          O
HETATM 13 O6                11.931  21.231 9.500  1.00  0.01          O
HETATM 14 O7                9.195  20.586 8.020  1.00  0.01          O
HETATM 15 O8                7.921  22.711 7.744  1.00  0.01          O
HETATM 16 C156             16.903  22.388 8.007  1.00  0.01          C
HETATM 17 C157             15.716  21.431 7.936  1.00  0.01          C
HETATM 18 C158             16.333  20.049 7.611  1.00  0.01          C
HETATM 19 C159             17.837  20.280 7.519  1.00  0.01          C
HETATM 20 C160             18.064  21.110 9.801  1.00  0.01          C
HETATM 21 C161             19.419  22.163 7.993  1.00  0.01          C
HETATM 22 C162             19.584  23.636 8.340  1.00  0.01          C
HETATM 23 C163             19.506  24.049 9.812  1.00  0.01          C
HETATM 24 C164             20.062  25.452  10.028  1.00  0.01          C
HETATM 25 H21                17.129  22.824 7.024  1.00  0.01          H
HETATM 26 H22                16.807  23.196 8.740  1.00  0.01          H
HETATM 27 H23                14.996  21.769 7.182  1.00  0.01          H
HETATM 28 H24                15.169  21.408 8.887  1.00  0.01          H
HETATM 29 H25                16.106  19.306 8.384  1.00  0.01          H
HETATM 30 H26                15.967  19.642 6.663  1.00  0.01          H
HETATM 31 H27                18.464  19.459 7.880  1.00  0.01          H
HETATM 32 H28                18.145  20.544 6.503  1.00  0.01          H
HETATM 33 H29                18.900  20.424 9.976  1.00  0.01          H
HETATM 34 H30                18.153  21.997  10.433  1.00  0.01          H
HETATM 35 H31                17.125  20.587  10.005  1.00  0.01          H
HETATM 36 H32                20.199  21.549 8.463  1.00  0.01          H
HETATM 37 H33                19.514  22.038 6.906  1.00  0.01          H
HETATM 38 H34                20.591  23.879 7.964  1.00  0.01          H
HETATM 39 H35                18.889  24.249 7.744  1.00  0.01          H
HETATM 40 H36                18.459  24.023  10.163  1.00  0.01          H
HETATM 41 H37                20.066  23.329  10.431  1.00  0.01          H
HETATM 42 H38                19.592  26.181 9.353  1.00  0.01          H
HETATM 43 H39                19.901  25.797  11.059  1.00  0.01          H
HETATM 44 H40                21.142  25.468 9.832  1.00  0.01          H
HETATM 45 N3                18.092  21.518 8.359  1.00  0.01          N
END

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-3-13 02:55

不取俗名发表于 2018-3-13 02:54
sob老师好，功能20非常强大，我通过以下步骤：

20 // visual study of weak interaction

老师如果有空的话，可以帮我看看是那一步出了问题就太好了，十分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-13 03:23
最好稍微等一两天，这两天就打算写IGM的帖子

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-3-13 06:23

sobereva 发表于 2018-3-13 03:23
最好稍微等一两天，这两天就打算写IGM的帖子

好的好的，辛苦老师了

作者
Author: shaco 时间: 2018-4-10 19:46
借贴请教下各位老师，最近做了一组4聚体的RDG分析，想要屏蔽分子内的相互作用，按照手册和楼主的办法一样，首先做出了两个片段的效果。之后看sob老师说可以依次A-B，B-C，A-C，但是处理完之后怎么才能让这三张图显示在一起呢？是通过vmd来调整吗？还请各位老师不吝赐教！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-11 03:15

shaco 发表于 2018-4-10 19:46
借贴请教下各位老师，最近做了一组4聚体的RDG分析，想要屏蔽分子内的相互作用，按照手册和楼主的办法一样， ...

建议你用IGM，省事的多
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

你只需要在IGM模块里定义四个片段，则给你的delta_g_inter直接就是对应四个单体之间相互作用的，省得折腾了

作者
Author: shaco 时间: 2018-4-11 11:47

sobereva 发表于 2018-4-11 03:15
建议你用IGM，省事的多
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

谢谢sob老师！不过我最近一直在看RDG分析的相关内容，觉得RDG的散点图对应填色图更好分析一些，手册里也有现成的例子方便我随后联系AIM进行分析，当然IGM方法我也正在学习。这里还烦请您指教下我上面的问题，如何将RDG分析处理后的等值面图放在一起，Multiwfn处理出来的是2个cub文件，3次处理后总共是6个cub文件，这些怎么能通过vmd显示在一张图片上？我想对比下两种方法最终的出来的结果，然后再确定使用哪种方法。给您添麻烦了，再次感谢您的帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-11 19:34

shaco 发表于 2018-4-11 11:47
谢谢sob老师！不过我最近一直在看RDG分析的相关内容，觉得RDG的散点图对应填色图更好分析一些，手册里也 ...

先弄明白如何手动载入cub文件及进行调节、设置，使得绘制一个填色等值面图的效果和直接用绘图脚本相同。然后类似地，把多个cube文件也效法载入，同时显示即可。

手动操作就是先载入func1.cub，再把func2.cub载入到同一个ID里，然后设置成等值面显示方式、着色设定成根据Volume着色等等。仔细看看直接用绘图脚本产生的图像对应的Graphics-representation里的设定就知道怎么去手动设成一样的效果了。

作者
Author: shaco 时间: 2018-4-12 09:34

sobereva 发表于 2018-4-11 19:34
先弄明白如何手动载入cub文件及进行调节、设置，使得绘制一个填色等值面图的效果和直接用绘图脚本相同。 ...

多谢sob老师！我先慢慢学一下vmd的操作，然后看能不能达到想要的结果

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-4-21 10:57

sobereva 发表于 2018-4-11 19:34
先弄明白如何手动载入cub文件及进行调节、设置，使得绘制一个填色等值面图的效果和直接用绘图脚本相同。 ...

sob老师好，我想请问一下经过主功能13处理过的cub文件，还能不能将其点导出来用来画NCI的2D散点图

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-21 12:17

不取俗名发表于 2018-4-21 10:57
sob老师好，我想请问一下经过主功能13处理过的cub文件，还能不能将其点导出来用来画NCI的2D散点图

可以。

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-4-23 02:41

sobereva 发表于 2018-4-21 12:17
可以。

谢谢老师，我最近在玩IGM，atom indices coloring表达方式我觉得特别有意思，目前来看仅支持两个fragment，我在想（可能是个愚蠢的尝试），假如我算多体的原子贡献，举个例子trimer，我如果把A-B,A-C,B-C间的原子贡献都分别算一遍，然后分别将每个体系中出现的该原子的贡献都加到这个原子上（可以想象到有些离得很远的，贡献自然是会很小），然后再用这个去做一整个体系的coloring的图，您觉得这么做从原理上来说合理吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-23 05:57

不取俗名发表于 2018-4-23 02:41
谢谢老师，我最近在玩IGM，atom indices coloring表达方式我觉得特别有意思，目前来看仅支持两个fragment ...

如果说对A着色时候的数值，就是想体现A的原子与BC的相互作用，那就把A和BC分别定义为两个fragment来计算A的原子指数就完了。对B、C也类似处理

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-4-23 07:53

sobereva 发表于 2018-4-23 05:57
如果说对A着色时候的数值，就是想体现A的原子与BC的相互作用，那就把A和BC分别定义为两个fragment来计 ...

嗯，谢谢老师，我试了一下，效果挺好的，可以将整个体系的所有原子对interfragment interaction的贡献都体现出来

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-4-26 07:28

sobereva 发表于 2018-4-23 05:57
如果说对A着色时候的数值，就是想体现A的原子与BC的相互作用，那就把A和BC分别定义为两个fragment来计 ...

老师您好，在IGM中由于delta_g可以在一定程度上代表相互作用的强度，请问在2D scatter plot中，比较图中delta_g-inter所出现的spikes的强度，应该是横坐标越负越强，还是纵坐标越高越强？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-26 19:36

不取俗名发表于 2018-4-26 07:28
老师您好，在IGM中由于delta_g可以在一定程度上代表相互作用的强度，请问在2D scatter plot中，比较图中d ...

都能体现，只不过是两个不同角度而已

作者
Author: 不取俗名 时间: 2018-4-27 00:46

sobereva 发表于 2018-4-26 19:36
都能体现，只不过是两个不同角度而已

谢谢老师，我能不能感性上的理解为：横坐标更与其性质上的，本质上的相互作用强度相关；纵坐标更与其“强度”这一度量上的概念相关

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-27 11:46

不取俗名发表于 2018-4-27 00:46
谢谢老师，我能不能感性上的理解为：横坐标更与其性质上的，本质上的相互作用强度相关；纵坐标更与其“强 ...

也不好这么去说...
二者其实也有挺明显的正相关性

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