计算化学公社

标题: 关于DMol3过渡态搜索的问题 [打印本页]

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Author: luoshan393 时间: 2018-3-12 15:14
标题: 关于DMol3过渡态搜索的问题
关于反应物和产物几何优化选择的收敛标准是Medium搜索过渡态选择的是Coarse（用Medium搜不出来）这个问题大家怎么看，在网上搜了搜，只看到了上一个例子。问题如图：

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-3-12 16:10
把活化中心固定，其他部分放开优化试试，然后再全部放开再优化一次

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-3-13 07:41
1、保险的做法并不是把全局精度降低到coarse，而是仅仅将搜索过渡态的LST/QST收敛标准降低到coarse，而SCF相关的参数（包括k点、截断半径、积分精度、基组等）仍然应该保证合适的精度。你可以看到对于数值轨道，SCF的精度不充分可能导致势能面毛糙http://bbs.keinsci.com/forum.php ... d=62462&fromuid=308，有可能搜索不到正确的过渡态。

2、即便LST/QST的收敛标准不高，你可以把这个过程看成一个搜索的过程，之后仍然可以计算频率并用TS opt来精修过渡态，TS opt与反应物、产物opt的收敛精度一致就可以了。

作者
Author: luoshan393 时间: 2018-3-13 14:26

卡开发发发表于 2018-3-13 07:41
1、保险的做法并不是把全局精度降低到coarse，而是仅仅将搜索过渡态的LST/QST收敛标准降低到coarse，而SCF ...

好的，谢谢老师！
还有一个问题想请教。
做过ORR过渡态搜索前，解离的氧气作为生成物优化的时候，整个体系需要带电荷吗？因为看到一个类似的体系它的charge始终是0。加不加电荷结果差异在哪？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-3-13 16:46

luoshan393 发表于 2018-3-13 14:26
好的，谢谢老师！
还有一个问题想请教。
做过ORR过渡态搜索前，解离的氧气作为生成物优化的时候，整个 ...

那得看你的体系是不是电极过程，如果这个体系描述的是一个单电极，电子从你的电极转移到体系之外，那就涉及到电荷的增减，如果只是一般的气相反应不区分阴阳极的话就不必这么处理。即便是电极过程，电子加减在周期性计算当中需要做些修正处理，简单加减电荷是不行的。

作者
Author: xiapin 时间: 2021-6-29 20:50

卡开发发发表于 2018-3-13 16:46
那得看你的体系是不是电极过程，如果这个体系描述的是一个单电极，电子从你的电极转移到体系之外，那就涉 ...

卡开发发老师，您好！想问一下：用DMol3进行过渡态搜索，上传超算中心reactant-product.input 文件和reactant-product.car文件，以及脚本文件开始运算。但是报错。
出错显示： Error: No reactant structure file present Error: Please check
后来把reactant.car和product.car也放进去，依然出现以上报错。请问怎么解决呀？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-6-29 21:42

xiapin 发表于 2021-6-29 20:50
卡开发发老师，您好！想问一下：用DMol3进行过渡态搜索，上传超算中心reactant-product.input 文件和reac ...

建议你把产生的输入文件的文件夹直接打包上传看看，我不确定你遗漏了什么文件。

作者
Author: xiapin 时间: 2021-6-29 21:58

卡开发发发表于 2021-6-29 21:42
建议你把产生的输入文件的文件夹直接打包上传看看，我不确定你遗漏了什么文件。

这边不太会上传文件，另发了帖子，麻烦您看一下。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-6-29 22:30

xiapin 发表于 2021-6-29 21:58
这边不太会上传文件，另发了帖子，麻烦您看一下。

我指的是你把产生出来的文件夹直接打包上传到超算中心，这样就不会遗漏文件了。

作者
Author: xiapin 时间: 2021-6-30 16:56

卡开发发发表于 2021-6-29 22:30
我指的是你把产生出来的文件夹直接打包上传到超算中心，这样就不会遗漏文件了。

谢谢回复！试了一下，还是不行，在超算上跑不了，在电脑上倒是能算。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-6-30 16:59

xiapin 发表于 2021-6-30 16:56
谢谢回复！试了一下，还是不行，在超算上跑不了，在电脑上倒是能算。

那就是超算那边的问题了，也许是因为超算那边的版本和你这边的不同。

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