计算化学公社
标题: VMD如何把氢原子隐去 [打印本页]
作者Author: 涅涅尘 时间: 2018-3-12 16:52
标题: VMD如何把氢原子隐去
在VMD中如和让氢原子不显示？？
vmd中如何更改键的颜色？？
作者Author: 978142355 时间: 2018-3-12 20:14
1.载入分子后，在graphics->representation中，selected atom中输入not hydrogen，如此不显示H原子，如图1所示；
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2.我一般的做法是这样的，仅供参考：
建立两层，一层用某个风格显示，如本图中的CPK风格；另一层是Bonds风格，在coloring method中，选择一个颜色，比如白色。如图2所示。
(, 下载次数 Times of downloads: 79)
作者Author: sobereva 时间: 2018-3-12 21:16
PS：not hydrogen更简单写法是noh
作者Author: 978142355 时间: 2018-3-12 21:21
谢谢sob老师指出更简单方法，学习了~
作者Author: 涅涅尘 时间: 2018-3-13 19:16
感谢回复 很有帮助
我用noh把氢原子隐去了
但是该键的颜色没有成功 我也是照你说的在“drawing method”中选择“bonds” 进而在“coloring method”中该颜色 但是没有任何变化 但当我在“drawing method”中选择“CPK”是 颜色是改成功了 但是是全部 而不是只有键
如图
作者Author: 978142355 时间: 2018-3-13 21:30
Bonds的style中，Bond Radius你设置为0了，所以没显示出来。
作者Author: 涅涅尘 时间: 2018-3-14 09:31
非常感谢 收获良多
作者Author: lonemen 时间: 2018-5-31 09:43
哇，sob老师的命令好简洁！
作者Author: material 时间: 2018-8-10 10:36
感谢您的帮助，学到了！
作者Author: 虎王 时间: 2020-10-4 14:22
那如果要隐藏其它元素，是否也有相应指令？
作者Author: sobereva 时间: 2020-10-4 15:01
没有。只能在选择语句里用not ...取消选中
作者Author: mzb1987 时间: 2022-1-6 15:55
请问如何隐去部分氢原子，只保留与过渡金属相连的氢原子
作者Author: sobereva 时间: 2022-1-6 21:51
恰当用选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）
作者Author: darkseal 时间: 2022-1-7 19:17
representation 里面，selected atom 中输入：not element H
作者Author: mzb1987 时间: 2022-1-10 11:12
谢谢社长
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