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标题: 1000个水分子用NpT想观察box变小结果反而变大 [打印本页]

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Author: KiritsuguPapa 时间: 2018-3-13 09:19
标题: 1000个水分子用NpT想观察box变小结果反而变大
本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2018-3-13 09:29 编辑

刚开始学lammps 从这里下载了模拟水的文件试试
box里只放了一个水分子，边长3.1 angstroms，正好大约是1g/cm^3的密度；模拟时用lammps的replicate 10 10 10各个方向放大10倍，最终有1000个水分子。

是NpT，试跑了一下没有问题。

之后我将box的边长改为了13.1 angstroms，其它条件不变，因为是NpT，希望看到box变小，最终能达到1g/cm^3的密度。但是结果反而变的更大，密度更小，而压力和温度都没有问题。

希望指教哪里出了问题？

也许有熟悉gromacs的人不熟悉lammps的命令，我稍微解释一些lammps输入文件内容：

read_data data.singleTIP3P-Ew #读入一个水分子，box的边长是3.1或13.1
include forcefield.TIP3P-Ew       #力场用的是TIP3P-Ew

velocity create 298 12345          # 生成速度 12345是随机数种子

fix 1 all shake 1.0e-4 100 0 b 1 a 1 # 对键和角都使用shake
fix 2 all npt temp 298.0 298.0 1000.0 iso 1.0 1.0 1000.0 #设定npt，温度298, 压力1atm。这里起始和终止温度/压力都是298/1atm，没有逐渐升温过程，不知道是不是问题所在。
fix 3 all momentum 1 linear 1 1 1    # 移除整个系统的运动

compute T all temp                      # 温度
fix TempAve all ave/time 10 200 2000 c_T # 计算一定时间平均温度

variable P equal press                   # 压强
fix PressAve all ave/time 10 200 2000 v_P #一定时间平均压强

variable Dens equal v_nMolecules*${watMoleculeMass}/(vol*${A3_in_cm3})       #密度
fix DensAve all ave/time ${Ne} ${Nr} ${Nf} v_Dens file wat.dens          #平均密度

thermo_style custom step lx ly lz temp f_TempAve press f_PressAve f_DensAve density  #输出  步数，box的xyz边长，温度，平均温度，压力，平均压力，平均密度，密度
thermo_modify flush yes
thermo 2000

dump trj all atom 1000 wat.lammpstrj

run 20000

作者
Author: Recycled 时间: 2019-5-17 15:10
请问您的问题是否得到了解决呢？我的模拟中也出现了类似的问题，希望能够得到您的指点。

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2019-5-18 18:41

Recycled 发表于 2019-5-17 15:10
请问您的问题是否得到了解决呢？我的模拟中也出现了类似的问题，希望能够得到您的指点。

……这帖子还被翻出来了

没有我后来不用lammps了（。）改用gromacs和namd了来着

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