标题: 动力学模拟时拓扑文件不能被读取 [打印本页] 作者Author: chuxuezhe 时间: 2018-3-14 11:19 标题: 动力学模拟时拓扑文件不能被读取 各位老师好：
我初学Gromacs，需要研究不同乙醇浓度对蛋白质空间结构的影响。已经完成建模，能量最小化和限制动力学模拟。生成最终tpr文件提交工作之前，想在自己的虚拟机上运行下，
输入： gmx grompp -f md.mdp -c md.gro -p topol.top -o md.tpr -maxwarn 10
产生：WARNING 1 [file md.mdp]: Removing the rotation around the center of mass in a periodic system
WARNING 2 [file md.mdp]: Some atoms are not part of any center of mass motion removal group.
生成了tpr文件。
再输入：gmx mdrun -v -deffnm test
系统提示：Error in user input:
Invalid input values
In option s
Required option was not provided, and the default file 'topol' does not exist or is not accessible.
The following extensions were tried to complete the file name: .tpr
但是top文件存在，且能够被正常打开。
不知道那里出错了，请各位老师指导。
谢谢。