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标题: 用gmx msd 输出均方根位移出现了错误 [打印本页]

作者
Author: gaoqinglin 时间: 2018-3-15 19:35
标题: 用gmx msd 输出均方根位移出现了错误
当我用gromacs模拟离子液体（采用的是OPLSAA力场)的扩散系数时出现了图中扩散系数并没有随温度增加而迅速增加的问题， (, 下载次数 Times of downloads: 65)
更改力场后采用Amber力场来模拟的时候发现在开始的时间出现了瞬间升高的情况。
(, 下载次数 Times of downloads: 43)
所以我想请教两个问题，一个是用gromacs 计算扩散系数是否有问题，师姐用Lammps在相同条件下计算的结果如图 (, 下载次数 Times of downloads: 70)

二是可能是什么原因导致的这种结果，nvt.mdp文件在附件中，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-16 01:58
gmx的msd曲线没有任何问题
计算msd之前先确认体系已经跑平衡了（统计性质要对产生相做）

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