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标题: 分子的亲疏水性问题 [打印本页]

作者
Author: harrypotty18 时间: 2018-3-15 20:56
标题: 分子的亲疏水性问题
请教下对于一个分子可以通过量子化学计算或者分析哪些定量性质得到其亲疏水性？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-16 01:52
计算LogP

通过Multiwfn分析分子表面静电势分布特征也可以一定程度考察此问题
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

作者
Author: tanghuanhgd 时间: 2018-3-17 07:58

sobereva 发表于 2018-3-16 01:52
计算LogP

通过Multiwfn分析分子表面静电势分布特征也可以一定程度考察此问题

Sob老师，可以通过计算跟水的氢键作用能吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-17 08:22

tanghuanhgd 发表于 2018-3-17 07:58
Sob老师，可以通过计算跟水的氢键作用能吗

有正相关性

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-24 10:33

sobereva 发表于 2018-3-17 08:22
有正相关性

请问老师，MARTINI力场中，如何表征一个聚合物分子的亲水性大小？
如果颗粒只用了P1珠子，可以说是强亲水颗粒。
那聚合物颗粒的itp文件由不同数量的P1和C4珠子组成，如何定量亲水性的大小呢？可以用P多少值来表征吗[img][/img]谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-24 11:54

青青青发表于 2018-6-24 10:33
请问老师，MARTINI力场中，如何表征一个聚合物分子的亲水性大小？
如果颗粒只用了P1珠子，可以说是强亲 ...

我没听说过这种衡量方式。
或许你可以根据珠子数目和珠子亲水性，自己搞一个权重加和指标来判断

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-24 12:14
本帖最后由青青青于 2018-6-24 12:23 编辑

sobereva 发表于 2018-6-24 11:54
我没听说过这种衡量方式。
或许你可以根据珠子数目和珠子亲水性，自己搞一个权重加和指标来判断

老师，那MARTINI力场中怎么判断不同颗粒的亲水性的强弱呢？
所以亲疏水性就是取决于极性，亲疏水性强弱就是通过极性1-5表征吧，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-24 12:51

青青青发表于 2018-6-24 12:14
老师，那MARTINI力场中怎么判断不同颗粒的亲水性的强弱呢？
所以亲疏水性就是取决于极性，亲疏水性强弱 ...

先按照字母划分粒子特征，然后再根据1-5对粒子进一步划分极性强弱
比如Q这种带电粒子，肯定亲水性远高于C。C里面后面数字越大亲水性越强

作者
Author: 青青青 时间: 2018-6-24 12:59

sobereva 发表于 2018-6-24 12:51
先按照字母划分粒子特征，然后再根据1-5对粒子进一步划分极性强弱
比如Q这种带电粒子，肯定亲水性远高 ...

嗯嗯，中间极性N呢，为什么还有N0呢？
老师，我的意思是比较含有多种粒子的颗粒之间的亲水性，比如都含C1和P4，但是所含数量不同的时候，亲疏水性的比较呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-24 13:25

青青青发表于 2018-6-24 12:59
嗯嗯，中间极性N呢，为什么还有N0呢？
老师，我的意思是比较含有多种粒子的颗粒之间的亲水性，比如都含C ...

数目不同就根据数目权重平均
粒子定义看原文就知道

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-6-24 22:16
老师，请问您这里的logP是指什么物理量？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-25 13:28

1130240115 发表于 2018-6-24 22:16
老师，请问您这里的logP是指什么物理量？

一google马上就有

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-6-26 09:35
谢谢老师回复，已搜到，是分配系数。

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2018-8-19 16:06
除了LogP, cLogP之外，不知偶极矩能否反映分子极性及亲疏水/油性？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-19 16:50

Chenglong_li 发表于 2018-8-19 16:06
除了LogP, cLogP之外，不知偶极矩能否反映分子极性及亲疏水/油性？

对小分子，偶极矩越大，亲水性越强，姑且可以这么说，但是对于大分子，偶极矩已经没法对体系电荷分布特征予以定性合理地描述，显然就不适合了，此时应当用分子表面静电势分布特征来考察。

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-16 18:44

sobereva 发表于 2018-8-19 16:50
对小分子，偶极矩越大，亲水性越强，姑且可以这么说，但是对于大分子，偶极矩已经没法对体系电荷分布特征 ...

老师好想请教一下想要衡量主链是亲水或者侧链是亲水静电势表征如何去给它划分开呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-16 23:41

兰兰爱学习发表于 2022-9-16 18:44
老师好想请教一下想要衡量主链是亲水或者侧链是亲水静电势表征如何去给它划分开呢？

看主链和侧链部分静电势统计特征，参考
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html）
没有唯一划分标准，标准自己定

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