虽然能量分解（本文把EDA和SAPT这类方法统称为能量分解，不做区分）常用来研究相互作用类型，但也不可盲目相信。这里举些反例。
1，分子片带电荷
在能量分解计算中，分子片的电荷只能是整数。若分子片A、B带有一定电荷且偏离整数，能量分解的结果往往不可靠。例如[A+0.3][B-0.3]，无论是按照A、B还是按照A+、B-去分解，结果可能都有问题。典型例子有HArF体系（根据计算方法的不同，Ar的原子电荷为+0.5至+0.7），不同分解方案得到的结论相差十万八千里：
https://link.springer.com/chapter/10.1007/b11312
还有XeAuF分子（Xe原子带+0.2至+0.3个正电荷）。波函分析显示Xe-Au存在共价键（JACS, 2004, 126,17000），并且能找到成键轨道从而估算经验键级是1。而能量分解的结果却显示，Xe-Au键是纯色散导致的弱相互作用。如果用不含色散作用的HF方法优化XeAuF的结构，得到的Xe-Au键长在2.80 A（高精度理论结果2.55 A），仍然在化学键的范围内。说明色散作用对Xe-Au键并不占主要地位，能量分解高估了色散作用的贡献。
2，X-H…π相互作用
早期观点一般认为，X-H…π相互作用属于弱氢键，这也被大多数理论和实验的各种分析方法所证实。但是能量分解的结果却发现，只有X=卤素、氧时才是氢键，而N-H…π，C-H…π全是色散引起的范德华键。已经发表了大量用能量分解分析此类相互作用的文章（可以用google scholar搜索"electrostatic""dispersion" "benzene" "methane"）。虽然大部分实验的人不同意这个观点，而且在理论界也有微弱的质疑声音，但目前几乎已经成了理论界的主流观点。