计算化学公社
标题:
DMol3格点文件的网格读取沿着怎样的轴向?
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作者Author:
卡开发发
时间:
2015-4-14 14:48
标题:
DMol3格点文件的网格读取沿着怎样的轴向?
DMol3读取网格应该是按照这样的顺序:
do k=1,nz
do j=1,ny
do i=1,nx
read(10,*) cubmat(i,j,k)
end do
end do
end do
这段参考了之前Sobereva前辈之前在木虫上给我的提示,以及Multiwfn的源码。
对于正交立方晶格(Ang=90 90 90),如果我们在DMol3中生成网格的选项设定网格间隔为0.1A的话,对于10Ax10Ax10A的体系,网格尺寸应该为101x101x101(边界上的点重复计入一次),在grd文件中相同的描述如下:
10.000 10.000 10.000 90.000 90.000 90.000
101 101 101
问题来了,对于非立方晶格(即非正交体系),比如Gamma Ang=60,如果网格间隔为0.1A,对于10Ax10Ax10A的体系,网格的尺寸就不是这样,而是:
10.000 10.000 10.000 90.000 90.000 60.000
112 87 101
显然,k方向与i,j仍然垂直,并且k保持格点分量为101,j的格点分量也与猜测的相同,大致为100*(根号3)/2+1,i的格点分量的由来是?
整个读取过程对于任意的lattice ,i,j,k沿着的方向是怎样的方向?
目前看下来肯定不平行于lattice vector。
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