计算化学公社

标题: 怎样在ChemBioDraw中画金属卟啉 [打印本页]

作者
Author: xxzj 时间: 2018-3-16 20:43
标题: 怎样在ChemBioDraw中画金属卟啉
求助各位大神，我在ChemBioDraw中画金属卟啉时总是出错，软件中有卟啉的结构，但是把金属原子放入中间后，再进行初步优化，结构就变形了，所以我想求助各位大神，怎样才能正确的画出金属卟啉的结构图

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-17 02:41
别指望chem3D的初步优化能处理这个。自带的分子力场里没有适合这个的，越优化越糟
用Gaussian用PM6或PM7做半经验优化（或者用免费的MOPAC或xtb），很快就完事了，结构也基本可用

作者
Author: xxzj 时间: 2018-3-17 10:36

sobereva 发表于 2018-3-17 02:41
别指望chem3D的初步优化能处理这个。自带的分子力场里没有适合这个的，越优化越糟
用Gaussian用PM6或PM7做 ...

谢谢老师

作者
Author: xxzj 时间: 2021-4-14 16:28

sobereva 发表于 2018-3-17 02:41
别指望chem3D的初步优化能处理这个。自带的分子力场里没有适合这个的，越优化越糟
用Gaussian用PM6或PM7做 ...

老师，您好，我想对比铜卟啉和锌卟啉的前线分子轨道能级，但是对于卟啉和铜离子配位后有α和β两种轨道，但是锌卟啉只有一种，对于HOMO能级应该如何对比，可以仅取铜卟啉的其中一种轨道能级对比吗？辛苦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-14 18:01

xxzj 发表于 2021-4-14 16:28
老师，您好，我想对比铜卟啉和锌卟啉的前线分子轨道能级，但是对于卟啉和铜离子配位后有α和β两种轨道， ...

非限制性开壳层计算有alpha和beta两套轨道，二者的HOMO都要讨论。如果必须只能说一个，取其中最高的

作者
Author: xxzj 时间: 2021-4-14 20:08

sobereva 发表于 2021-4-14 18:01
非限制性开壳层计算有alpha和beta两套轨道，二者的HOMO都要讨论。如果必须只能说一个，取其中最高的

老师，如果是（-4.5eV）和（-5.0eV）对比，是取（-4.5eV）吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-15 07:20

xxzj 发表于 2021-4-14 20:08
老师，如果是（-4.5eV）和（-5.0eV）对比，是取（-4.5eV）吗

是

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