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标题: 求助一个SN2反应过渡态的计算 [打印本页]

作者
Author: chemcen 时间: 2018-3-19 08:31
标题: 求助一个SN2反应过渡态的计算
本人新手一枚，想计算一个简单SN2反应的过渡态，MeSe---CH2---Br。但结果始终报错。
使用的方法是# opt=(calcfc,ts) uhf/6-31g(d) geom=connectivity
也尝试过使用qst2, qst3, scf=qc，另外也有试过大一点的基组6-311+g(d)，或者稍微改变Se--C--Br直接的键长。但都没能解决问题。错误都是L9999
我初步分析原因似乎是出在Se原子上。因为把MeSe换成OH后，就能成功计算出过渡态。
实在不解该如何解决这个问题，望各位大神不吝赐教！十分感谢！！！

报错：
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l9999.exe at Thu Mar 01 07:53:46 2018.

以下是完整的input file：

%nprocshared=4
%mem=200MW
%chk=D:\Documents\Gaussian-input\Transition state_MeSe-Br_uhf_6-31gd_ts.chk
# opt=(calcfc,ts) uhf/6-31g(d) geom=connectivity

Transition state_MeSe-Br_uhf_6-31gd_ts

-1 1
C                0.07122572 -0.25766866 -0.00234625
Se                2.22565516 -0.41266793 0.00065483
C                2.58860284 1.50927786 0.00020849
H                2.16491659 1.99713184 -0.88327207
H                2.16116395 1.99817571 0.88131812
H                3.66815816 1.67036532 0.00239447
H                0.22547248 0.26052155 -0.95792701
H                0.14346159 0.27364185 0.95580453
H                0.04774874 -1.35537493 0.00045516
Br             -2.88255374 0.05230133 0.00000774

1 2 1.0 7 1.0 8 1.0 9 1.0 10 1.0
2 3 1.0
3 4 1.0 5 1.0 6 1.0
4
5
6
7
8
9
10

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-3-19 10:04
1，HF级别太低，尝试用M06-2X，如果有问题，加上int=ultrafine
2，当前体系是闭壳层，用U毫无意义
3，优化过渡态最好写上noeigen，即opt=(TS,noeigen,calcfc)，这样体系不会报一些奇怪的错误
4，Se和Br要用赝势基组，看http://sobereva.com/373。其他元素至少要用到6-311G*，弥散能加的尽量加。
5，geom=connectivity和坐标后的那些数字最好不要写
6，以上办法仍然无效的话，看http://sobereva.com/164，结合上述办法。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-19 12:00
用DFT，用HF肯定发表不了
要么是初猜结构不合理，导致一直没法收敛到TS，要么初猜结构凑合，但是碰巧难收敛又没用恰当的关键词帮助收敛。根据收敛趋势判断该怎么处理。
看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

以后不要问L9999之类Lxxx错误怎么办，从原理上搞清楚是为什么，说清楚当前收敛是什么趋势

作者
Author: chemcen 时间: 2018-3-20 10:03

我本是个娃娃发表于 2018-3-19 10:04
1，HF级别太低，尝试用M06-2X，如果有问题，加上int=ultrafine
2，当前体系是闭壳层，用U毫无意义
3，优 ...

真是非常感谢！将方法改为# opt=(TS,noeigen,calcfc) freq m062x/gen geom=connectivity并使用了赝势基组后，计算正常的完成了。但是频率出现了两个虚频。不知道还有什么地方需要改进？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-20 12:00

chemcen 发表于 2018-3-20 10:03
真是非常感谢！将方法改为# opt=(TS,noeigen,calcfc) freq m062x/gen geom=connectivity并使用了赝势基组 ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-3-20 15:05

chemcen 发表于 2018-3-20 10:03
真是非常感谢！将方法改为# opt=(TS,noeigen,calcfc) freq m062x/gen geom=connectivity并使用了赝势基组 ...

1，赝势应该用的是genecp吧？
2，calcfc改成calcall试试

作者
Author: chemcen 时间: 2018-3-20 21:40

我本是个娃娃发表于 2018-3-20 15:05
1，赝势应该用的是genecp吧？
2，calcfc改成calcall试试

之间忘了加 int=ultrafine，加上之后就只有一个虚频了。真的是很感谢！！

作者
Author: chemcen 时间: 2018-3-20 21:40

sobereva 发表于 2018-3-20 12:00
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

多谢指导！！！

作者
Author: 三迩- 时间: 2019-9-5 16:16

sobereva 发表于 2018-3-20 12:00
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

请教一下Sob老师，叔丁基溴的碱性条件下的SN1反应的机理是不是没法算啊？

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