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标题: Gaussian计算吸附能问题 [打印本页]

作者
Author: lury719 时间: 2018-3-22 11:17
标题: Gaussian计算吸附能问题
计算含内酯基的活性炭纤维与汞的吸附能大小，不考虑温度的话，用产物（电子能加上校正的零点能）-反应物（电子能加上校正的零点能），但是计算的结果与文献值相差较大，不知道为什么，附上了输入文件、输出文件、以及计算结果，还请各位老师指教。谢谢！

输入文件如下
1、含内酯基的活性炭纤维与汞
%chk=D:\Gaussian 09 www\G09W\Scratch\neizhijiC16H7O2Hg.chk
# opt=tight freq b3lyp/genecp int=ultrafine
Title Card Required
0 2
C                0.38500000 -4.40440000 -0.00060000
C                1.77790000 -4.40440000 -0.00060000
C                2.48630000 -3.19590000 -0.00060000
C                1.76920000 -1.97130000 -0.00060000
C                0.35010000 -1.98060000 -0.00060000
C                -0.32670000 -3.20700000 -0.00070000
C                3.92540000 -3.15380000 -0.00060000
C                2.47800000 -0.72550000 -0.00040000
C                3.89710000 -0.71610000 -0.00030000
C                4.59620000 -1.97470000 -0.00050000
C                4.57390000 0.51030000 -0.00020000
H                5.67410000 0.52320000 -0.00020000
C                3.86220000 1.70760000 0.00000000
C                2.46930000 1.70760000 0.00000000
C                1.76090000 0.49920000 -0.00020000
H                4.46350000 -4.11420000 -0.00090000
H                -0.15920000 -5.36080000 -0.00090000
H                2.32890000 -5.35670000 -0.00070000
H                5.69670000 -1.94670000 -0.00080000
H                4.40630000 2.66420000 -0.00010000
H                1.91830000 2.66000000 0.00000000
C                -0.34900000 -0.72210000 -0.00060000
O                -1.57430000 -0.65110000 -0.00070000
O                0.32180000 0.45710000 -0.00040000
Hg             -2.95140000 -3.16510000 -0.00060000

Hg 0
lanl2dz
****
C H O 0
6-31G*
****
Hg 0
lanl2dz

2、含内酯基的活性炭
%chk=D:\Gaussian 09 www\G09W\Scratch\neizhijiC16H7O2.chk
# opt=tight freq b3lyp/6-31G(d) int=ultrafine
Title Card Required
0 2
C                -2.07199199 -4.20780612 -0.00062700
C                -0.67914399 -4.20780612 -0.00062700
C                0.02931901 -2.99932112 -0.00062700
C                -0.68779399 -1.77471212 -0.00058900
C                -2.10692799 -1.78404812 -0.00055900
C                -2.78373799 -3.01046612 -0.00066200
C                0.02099201 -0.52890712 -0.00037000
C                1.44008001 -0.51958412 -0.00033500
C                2.11692301 0.70690588 -0.00017800
H                3.21710401 0.71977388 -0.00021000
C                1.40520001 1.90417688 -0.00002700
C                0.01228501 1.90417688 0.00000000
C                -0.69614099 0.69574088 -0.00020800
C                -2.13522799 0.65361188 -0.00041800
C                -2.80604399 -0.52550612 -0.00057300
H                -3.90661199 -0.55356012 -0.00109600
H                -2.67353499 1.61395988 -0.00033600
H                -2.61620999 -5.16428912 -0.00089000
H                -3.88389499 -3.02329812 -0.00104200
H                1.94932501 2.86074388 -0.00005200
H                -0.53869299 2.85653788 0.00001800
C                1.46837401 -2.95723912 -0.00056200
O                2.15543395 -3.97422273 -0.00058346
O                2.13919801 -1.77810512 -0.00047300
C H O 0
6-31G*

3、Hg的输入文件如下：

%chk=D:\Gaussian 09 www\G09W\Scratch\Hg(no opt)freq.chk
# freq b3lyp/lanl2dz int=ultrafine
Title Card Required
0 1
Hg             -0.01228501 1.14250613 0.00000000
Hg 0
lanl2dz

作者
Author: lianghuashou 时间: 2018-3-25 16:04
这种类型的计算，很难跟实验值完全一致，只需要比较趋势就行了

作者
Author: lury719 时间: 2018-3-26 09:40

lianghuashou 发表于 2018-3-25 16:04
这种类型的计算，很难跟实验值完全一致，只需要比较趋势就行了

那请问我的输入文件是否正确呢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-28 17:20
活性炭的右上角的碳确定没有氢？

输入文件本身没什么大问题，但对于不使用gen/genecp的情况，输入文件末尾去写基组和赝势是多余的
对B3LYP也没有必要用ultrafine

作者
Author: lury719 时间: 2018-3-29 09:43
首先，谢谢您的回复！其次，我不确定是按我图片中的哪个公式来计算的，两种方法都试了发现C16H9+Hg→C16H9Hg计算出来的吸附能和文献交接近，故计算含内酯基的活性炭纤维与汞反应就把右上角的H给删掉了，然而计算出来的吸附能还是完全跟文献不一样，您认为在这两种公式中，计算吸附能正确的是哪个呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: lury719 时间: 2018-3-29 09:51
还有x想问下碳汞的吸附高度是怎么算的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-29 10:54

lury719 发表于 2018-3-29 09:43
首先，谢谢您的回复！其次，我不确定是按我图片中的哪个公式来计算的，两种方法都试了发现C16H9+Hg→C16H9H ...

如果原文就是计算文章，应该已经交代了具体计算模型
第二种方式，相当于先把一个C-H键断掉，这个有点莫名其妙，没有理由自发地先断一个C-H键（需要耗费很多能量）之后才反应

作者
Author: sccc 时间: 2019-3-12 15:33

lury719 发表于 2018-3-29 09:43
首先，谢谢您的回复！其次，我不确定是按我图片中的哪个公式来计算的，两种方法都试了发现C16H9+Hg→C16H9H ...

您好，这篇文献的信息能否告知一下呢？！我想学习一下文章中所用的活性炭的建模方法。谢谢！

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-5-4 13:29
请问你这个优化可以收敛吗？我模拟过类似的，直接客体就变形了，我看你的这个结构也一个刚性体系，请教一下您是怎么建模的？

作者
Author: 头骑单车 时间: 2024-3-1 09:41

liuyjhx 发表于 2019-5-4 13:29
请问你这个优化可以收敛吗？我模拟过类似的，直接客体就变形了，我看你的这个结构也一个刚性体系，请教一下 ...

您好，我想问一下这个问题解决了吗？我也遇到了相同的问题

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