计算化学公社

标题: LAMMPS模拟含离子的溶液，为什么阴阳离子会发生团聚？ [打印本页]

作者
Author: wyk1211 时间: 2018-3-22 15:58
标题: LAMMPS模拟含离子的溶液，为什么阴阳离子会发生团聚？
用lammps模拟含硫酸根与水合氢离子的溶液，为什么模拟开始一段时间后阴阳离子会发生团聚？
如图，阴阳离子先小规模团聚，最后就成了一个整体，之后就再也不会分开了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-3-22 23:26
你是水溶液？怎么感觉水分子这么怪

作者
Author: vizq 时间: 2018-3-23 08:48
模拟一下硫酸氢根与水合氢离子试试？

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-3-23 21:17
明明就是带电离子，为什么不团聚呢？氢交换这种问题就不适合用classical MD...

作者
Author: wyk1211 时间: 2018-3-28 14:40

k64_cc 发表于 2018-3-23 21:17
明明就是带电离子，为什么不团聚呢？氢交换这种问题就不适合用classical MD...

老师您好，我的目的是构建含有硫酸根和水合氢离子的体系，in文件如下，请问会不会是某些参数设置错了？
# simulation of water and sulfure

units real
dimension 3
boundary p p p
atom_style full
read_data data.so4

neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes
timestep 1.0

pair_style lj/cut/coul/long 8.0 10.0
pair_coeff * *
bond_style harmonic
bond_coeff  * *
angle_style harmonic
angle_coeff * *

kspace_style pppm 1.0e-4

#----------define groups----------#
group water type 1 2
group H3O+  type 3 4
group SO4- type 5 6

compute  mobile water temp
compute  move all pressure mobile
velocity all create 298.15 482748 dist gaussian

minimize 1.0e-4 1.0e-6 10000 100000
dump 1 all xyz 10 flow1.xyz
undump 1

fix 1 water shake 0.0001 10 0 b 1 a 1
fix 2 all nvt temp 298.15 298.15 100.0
fix_modify 2 temp mobile

thermo 1000
thermo_style custom step c_mobile temp c_move press density etotal

dump 2  all atom 10000 xyz.lammpstrj
dump 3  all xyz 10000 xyz.xyz

restart 50000 restart.*
run 10000000

作者
Author: hdmd 时间: 2018-6-30 21:50

wyk1211 发表于 2018-3-28 14:40
老师您好，我的目的是构建含有硫酸根和水合氢离子的体系，in文件如下，请问会不会是某些参数设置错了？
...

我没有算过你的体系，不过你可以尝试以下方法：
1. 首先确保硫酸根和水合氢离子力场是正确的
2. 在1的前提下重新计算分子电荷
3. 都无法解决的时候，考虑4点或更精确的水模型

作者
Author: lxc 时间: 2020-3-1 10:46
你好我想问一下离子模型是怎样构建的

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