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标题: opt=z-matrix计算坐标的问题 [打印本页]

作者
Author: lp2014 时间: 2018-3-25 19:28
标题: opt=z-matrix计算坐标的问题
请教问题：优化分子结构，欲用opt=z-matrix优化结构来得到两个片段连接处的优化信息（键长，键长，二面角），但结果log文件中并未有时并未出现z-matrix坐标，该如何解决呢?
例如，分子1.log （见附件）【opt=z-matrix B3LYP/6-31G*】分子结构是Z-matrix，但没有参数，opt则转成内坐标计算
分子2.log （见附件）【opt=z-matrix B3LYP 6-31G*】分子结构是Z-matrix，有参数，opt还是转成内坐标计算（大部分情况是按Z-MATRIXopt）

如何设置能保证计算是按Z-matrix来进行这样结果文件方面批量提取连接处信息？谢谢

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2018-3-25 19:41
你尝试一下将所有的变量都用B1、A1、D1这种方式表示。然后在z-matrix后空一行再写B1=、A1=、D1=这些东西。
举个例子，二氟卡宾这样写：
C
F                1          B1
F                1          B1 2          A1

B1          1.30233577
A1          103.82872065

然后在输出文件中应该就有“Final structure in terms of initial Z-matrix:”。
我仅在g09中试过，手头没有g16。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2018-3-25 19:52
补充一下，要是有些120度、180度之类的角（关系到对称性，不能改）的话，就先把其他的变量写出来，空一行，再写这些变量。我之前写过一个螺旋桨烷的。
X
C                1          B1
C                1          B2 2          A1
C                1          B1 3          A1 2          D1
C                1          B2 3          A2 2          D2
C                1          B2 3          A3 2          D2
H                3          B3 1          A4 2          D3
H                3          B3 1          A5 2          D3
H                5          B3 1          A4 2          D3
H                5          B3 1          A5 2          D3
H                6          B3 1          A4 2          D3
H                6          B3 1          A5 2          D3

B1          0.77000000
B2          1.33368000
B3          1.00000000
A4          120.00000000
A5       -120.00000000

A1          90.00000000
A2          120.00000000
A3       -120.00000000
D1          180.00000000
D2          90.00000000
D3          90.00000000

作者
Author: lp2014 时间: 2018-3-27 06:15

Daniel_Arndt 发表于 2018-3-25 19:41
你尝试一下将所有的变量都用B1、A1、D1这种方式表示。然后在z-matrix后空一行再写B1=、A1=、D1=这些东西。
...

我尝试了把变量都放在之后做opt，但仍然没有z-matrix，而是自动转成stand orientation做的计算

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2018-3-27 11:10

lp2014 发表于 2018-3-27 06:15
我尝试了把变量都放在之后做opt，但仍然没有z-matrix，而是自动转成stand orientation做的计算

仍然没有“Final structure in terms of initial Z-matrix:”？好的吧，也许g16改了log文件的格式吧。或者你用g09试试看。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2018-3-27 12:26
you may try 'Fopt=z-matrix'

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-28 17:47
默认情况下是用冗余内坐标优化的，凡是判断为成键的原子，键长以及相关联的键角、二面角都会在输出文件里直接给出。如果发现想要的项没用，用opt=modredundant，在输入文件末尾空一行加入额外的冗余内坐标，这些坐标肯定会在优化的每一步的时候都输出

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