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标题: 径向分布函数问题 [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-3-27 19:27
标题: 径向分布函数问题
本帖最后由苏玖染于 2018-3-28 08:43 编辑

使用gmx rdf做径向分布函数分析，用-surf mol考察一个分子表面另一个分子分布的函数，看到手册里面说使用-surf不能归一化，请问这个归一化是什么意思，对结果有什么影响？如果两个分子是A和B，A的分子数是B的两倍，那么B周围A出现的分布函数是不是就不能说明问题？

或者说怎样测定分子间的径向分布函数？我的分子是长圆柱形状的分子，所以用质心感觉也不大准确，请问用-selrpos whole_mol_cog是我想要的么？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-28 22:41
用空间分布函数描述更好
体系略大的时候，rdf体现的信息就变得含糊了

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-3-29 20:50

sobereva 发表于 2018-3-28 22:41
用空间分布函数描述更好
体系略大的时候，rdf体现的信息就变得含糊了

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: 1015866003 时间: 2023-4-26 15:25
您好，请问-surf mol这个命令是选择分子表面嘛？我在手册上找了半天也没找到

可以解答一下嘛

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