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标题: 周期性分子晶体结构能否利用Multiwfn来计算弱相互作用 [打印本页]

作者
Author: shaco 时间: 2018-3-28 21:43
标题: 周期性分子晶体结构能否利用Multiwfn来计算弱相互作用
各位老师好，最近我在做周期性分子结构的分子间相互作用（氢键、π堆积及范德华力）对其结构性能的影响。我查阅了相关文献发现大部分第一性原理研究都是从电子密度差（EDD）及Hirshfeld表面来分析弱相互作用的类型及强度。其中有一部分关于独立小分子体系的研究使用了Multiwfn软件进行RDG分析来描述弱相互作用，解释的很到位。
在这想请教一下各位老师，带有周期性的分子晶体（已用MS进行结构优化），能否用该软件进行RDG分析？我的想法是把cif文件转成mol2，然后再转换成gjf和wfn文件，请问这样可行吗？以及在结构已经被优化好的前提下（能够得到相应的坐标信息），周期性是否影响对弱相互作用力的分析解释？
学生刚入此门，对相关基础知识的了解仍在努力深入中，还请各位老师不吝赐教！多谢了！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-28 22:52
可以

一种做法是先把晶体当中抠出一个团簇，用量化程序算个单点得到波函数文件，这样就可以用Multiwfn里所有弱相互作用分析方法，见
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
诸如Multiwfn原文里对尿素晶体中的弱相互作用做的RDG分析就是这样做的。

还一种做法是直接把晶体结构保存成pdb或xyz或mol等含有结构信息的格式，这样在Multiwfn里可以用那些不依赖于波函数而只依赖于结构的弱相互作用分析方法，包括Hirshfeld surface、promolecular近似下的RDG，以及promolecular近似下的IGM。这些方法在上面的博文都有提到。

后记：以上说法已经过时，Multiwfn早已直接支持对周期性波函数做IGMH、IRI、NCI等分析，例如参考
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用（注：NCI和IGM如今都强烈不推荐使用了）
http://sobereva.com/588（http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html）

作者
Author: shaco 时间: 2018-3-29 10:47
多谢sob老师，我回去再细看一下这些博文和例子！

作者
Author: zhangxinxin 时间: 2025-3-15 11:14

sobereva 发表于 2018-3-28 22:52
可以

一种做法是先把晶体当中抠出一个团簇，用量化程序算个单点得到波函数文件，这样就可以用Multiwfn里 ...

不需要结构优化吗？单点能直接得到的fchk能直接用于分析IGMH吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-17 11:55

zhangxinxin 发表于 2025-3-15 11:14
不需要结构优化吗？单点能直接得到的fchk能直接用于分析IGMH吗

实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-30 17:22

sobereva 发表于 2018-3-28 22:52
可以

一种做法是先把晶体当中抠出一个团簇，用量化程序算个单点得到波函数文件，这样就可以用Multiwfn里 ...

请教下，我从晶体结构里面扣出单胞结构保存为xyz文件，然后准备进行vasp或cp2k的周期性计算，盒子大小基于什么设置？我发现盒子太小原子跑散开了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-30 19:40

wilely 发表于 2025-3-30 17:22
请教下，我从晶体结构里面扣出单胞结构保存为xyz文件，然后准备进行vasp或cp2k的周期性计算，盒子大小基 ...

我不知道你算的是什么晶体、为什么要抠
通常来说，有个cif文件，直接用Multiwfn载入、按下文产生CP2K输入文件就完了，此时晶胞信息也是cif里的晶胞信息
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

除非你要算孤立体系，否则盒子的设置没有任意性，必须和体系结构相符、满足周期性。

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-31 11:28

sobereva 发表于 2025-3-30 19:40
我不知道你算的是什么晶体、为什么要抠
通常来说，有个cif文件，直接用Multiwfn载入、按下文产生CP2K输 ...

我是两个有机分子组成的复合物晶体，我想把其中一个分子用类似的分子替换掉，再做周期性计算，盒子的大小怎么设置？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-31 14:12

wilely 发表于 2025-3-31 11:28
我是两个有机分子组成的复合物晶体，我想把其中一个分子用类似的分子替换掉，再做周期性计算，盒子的大小 ...

直接替换没意义。分子的一点改变都可能造成实际晶体结构的很大变化。需要做晶体结构预测得到实际晶体结构。

作者
Author: wilely 时间: 2025-4-1 18:18

sobereva 发表于 2025-3-31 14:12
直接替换没意义。分子的一点改变都可能造成实际晶体结构的很大变化。需要做晶体结构预测得到实际晶体结构 ...

Multiwfn有没有把cif文件导出，只含单个晶胞的盒子的形式保存？我用vasp算

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-1 22:28

wilely 发表于 2025-4-1 18:18
Multiwfn有没有把cif文件导出，只含单个晶胞的盒子的形式保存？我用vasp算

病句。语义不明
如果指把超胞约化成原胞，没这功能

作者
Author: wilely 时间: 2025-4-4 15:55

sobereva 发表于 2025-4-1 22:28
病句。语义不明
如果指把超胞约化成原胞，没这功能

超胞约化成原胞可以用mercury直接得到，关键是后面怎么设置盒子大小用vasp来算，这个跟体系有关吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-4 16:30

wilely 发表于 2025-4-4 15:55
超胞约化成原胞可以用mercury直接得到，关键是后面怎么设置盒子大小用vasp来算，这个跟体系有关吧。

约化完了自然就有现成的盒子信息，直接用于CP2K等计算就完了

作者
Author: wilely 时间: 2025-4-6 21:35

sobereva 发表于 2025-4-4 16:30
约化完了自然就有现成的盒子信息，直接用于CP2K等计算就完了

好的，thanks

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