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标题: 金球表面含有多苯环的π-π作用和氢键的体系的建模问题 [打印本页]

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Author: cottondog 时间: 2018-3-29 16:27
标题: 金球表面含有多苯环的π-π作用和氢键的体系的建模问题
sob老师好，这个一个分子印迹体系，想计算一下模板分子和基质是以何种形式相作用的，比如π-π堆积，氢键等。
因为之前只做过有机体系的，前两天上的基础班也没怎么讲过渡金属和周期性的方面，所以问题有很多。
金球表征过，是3.5-5纳米。金球表面，以金硫键连接着4-氨基苯硫酚，文献里说金硫键是这样连接的。

(, 下载次数 Times of downloads: 65) 用高斯pm6d3预优化过，当然也没收敛。

模板分子是个多巴胺。 (, 下载次数 Times of downloads: 82)
因为之前只做过有机体系的，前两天上的基础班也没怎么讲过渡金属和周期性的方面，所以问题有很多。
1，多巴胺分子四周大概都有4-氨基苯硫酚与之连接，所以该放多少4-氨基苯硫酚呢。
2，其实包括金硫键在内的金球都不是要描述的重点，但是另一方面，金球的存在使4-氨基苯硫酚在多巴胺周围有个密度的问题（如1），即多巴胺周围是否有可能接触到那么多的4-氨基苯硫酚。那么是否需要画出金球呢，还是忽略掉。
3，如果金球忽略掉，之前用b3lyp-D3/6-31+G**和lanl2dz基组算过，24核超级慢，也不收敛。之后考虑用ORCA算是否可行，老师说开了RI超级快的？
4，所以最重要的还是如何合理构建这个体系，以及用啥程序啥方法基组的问题啊摔。
5，啊咧，老师哪个培训班会好好讲讲ORCA，好感兴趣的说。
谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-29 16:37
过渡金属体系在培训中已经涉及不少了，很多实例和练习都是有机金属化合物。在没来得及讲但是在讲义上详细写了的周期性计算、赝势与相对论部分都有大量涉及。一定要注意仔细阅读讲义上没来及讲的部分并仔细复习讲授过的内容。计算当前体系所需知识绝对没有超越量化基础班的内容范畴。

由于对你的体系不了解，前两个问题我不清楚

3 可以用ORCA通过BP86-D3-gCP/def2-SVP计算。或者用B97-3c，性价比更高。
只要计算资源不是很拮据，用高斯算也完全可以。

4 什么量化程序都能算。适合的泛函，就是按照课上讲DFT时候对泛函的推荐来选择。基组也没有特殊性

5 ORCA是高级班的范畴，基础知识通过阅读本版ORCA分类的帖子以及手册很容易就能学会。

作者
Author: ggdh 时间: 2018-3-30 03:49
本帖最后由 ggdh 于 2018-3-30 03:50 编辑

水溶液中多巴胺哪个胺基质子化，然后和苯胺上的氨基形成H键作用苯环之间基本没有stacking, 有点C-H-π作用

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-2 14:41

sobereva 发表于 2018-3-29 16:37
过渡金属体系在培训中已经涉及不少了，很多实例和练习都是有机金属化合物。在没来得及讲但是在讲义上详细写 ...

谢谢sob老师，我用orca或者pm6d3跑之后，都会使不同分子的s原子和au原子成键，苯环也堆积了起来，然后scf就不收敛了。请问要如何解决呢，限制性优化吗？我觉得还是这个体系构建的有问题，但不知如何解决

(, 下载次数 Times of downloads: 59)

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-2 15:40

cottondog 发表于 2018-4-2 14:41
谢谢sob老师，我用orca或者pm6d3跑之后，都会使不同分子的s原子和au原子成键，苯环也堆积了起来，然后scf ...

成键是正常的，硫很亲金。必要时候该冻结就做冻结

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-4 12:05

sobereva 发表于 2018-4-2 15:40
成键是正常的，硫很亲金。必要时候该冻结就做冻结

请教老师，用IGM做分子间弱相互作用的时候，载入IGM_inter.vmd,VMD中金和硫没有显示键，请问怎么手动连接两个原子成键呢，或者如何载入包含成键信息的文件?

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-4 12:23

sobereva 发表于 2018-4-2 15:40
成键是正常的，硫很亲金。必要时候该冻结就做冻结

我先去读下使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系这篇博文

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-4 13:31

cottondog 发表于 2018-4-4 12:23
我先去读下使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系这篇博文

用mouse-add/remove bonds，手动点击两个原子也可以直接给连上

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-4 14:04

sobereva 发表于 2018-4-4 13:31
用mouse-add/remove bonds，手动点击两个原子也可以直接给连上

(, 下载次数 Times of downloads: 69) sob老师，是不是因为金硫键是手动连接的，所以设置所有fragment后，金原子还是无法被设置，是否可以直接设置某个原子如atom 6？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-4 14:09

cottondog 发表于 2018-4-4 14:04
sob老师，是不是因为金硫键是手动连接的，所以设置所有fragment后，金原子还是无法被设置，是否可以直接 ...

不是已经连上了？被设置指什么？

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-4 14:13

sobereva 发表于 2018-4-4 14:09
不是已经连上了？被设置指什么？

抱歉，我没说清楚，我是在模仿老师这个图

但是金原子不能使用fragment设置成主体的那个显示模式，其他片段都可以，唯独剩下了金。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-4 17:48

cottondog 发表于 2018-4-4 14:13
抱歉，我没说清楚，我是在模仿老师这个图但是金原子不能使用fragment设置成主体的那个显示模式，其他片段 ...

还是不清楚你的情况...
再鼓捣鼓捣吧

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-4 19:15

sobereva 发表于 2018-4-4 17:48
还是不清楚你的情况...
再鼓捣鼓捣吧

我是做IGM嘛，载入vmd时候，金和硫是不连着的，手动给连上了，但是vmd还是不能判断是同一个分子片段。后面做主客体分别设置显示模式（Representation）时候，用fragment N也设置不上，大概因为不是片段吧，所以问问老师，单个原子怎么设置，或者其他方法给连上？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-4 23:23

cottondog 发表于 2018-4-4 19:15
我是做IGM嘛，载入vmd时候，金和硫是不连着的，手动给连上了，但是vmd还是不能判断是同一个分子片段。后 ...

VMD是在刚载入结构的时候根据判断的成键关系确定fragment是怎么划分的
如果是想选定某些原子区域，而这些区域又不正好对应某个自动确定的fragment，就用诸如serial 3 6 10 to 20这样的语句按原子序号选择就可以了，不用利用fragment

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-11 09:52

sobereva 发表于 2018-4-4 23:23
VMD是在刚载入结构的时候根据判断的成键关系确定fragment是怎么划分的
如果是想选定某些原子区域，而 ...

老师，算相互作用能的时候还需要单独优化片段的结构吗，以及ORCA有像高斯Counterpoise的方法吗？gCP可以做BSSE矫正，但是输出相互作用能吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-11 19:21

cottondog 发表于 2018-4-11 09:52
老师，算相互作用能的时候还需要单独优化片段的结构吗，以及ORCA有像高斯Counterpoise的方法吗？gCP可以 ...

看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段，但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没有直接的counterpoise关键词，得自己通过鬼原子实现

gCP对能量的贡献会直接输出出来

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-17 16:45

sobereva 发表于 2018-4-11 19:21
看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段，但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没 ...

非常感谢老师的耐心解答，下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候，可以屏蔽掉周围影响观察的点吗，比如做个盒子？怎么操作比较合适
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-18 03:45

cottondog 发表于 2018-4-17 16:45
非常感谢老师的耐心解答，下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候，可以屏蔽掉周围影响观察的点 ...

熟悉ps的话可以直接ps掉，不难
或者在VMD里恰当使用选择语句，通过几何关系只让感兴趣的点显示

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-20 11:13

sobereva 发表于 2018-4-18 03:45
熟悉ps的话可以直接ps掉，不难
或者在VMD里恰当使用选择语句，通过几何关系只让感兴趣的点显示

(, 下载次数 Times of downloads: 54) 老师，我想用范德华表面的静电势图来说明J处的弱相互作用的原因，但是从k处看出，一个带比较强的正电，一个很弱的正电都是红色的为什么会有相互穿透呢。如果不是因为静电吸引，可能是色散力导致的？那么如何来说明呢，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-20 11:50

cottondog 发表于 2018-4-20 11:13
老师，我想用范德华表面的静电势图来说明J处的弱相互作用的原因，但是从k处看出，一个带比较强的正电，一 ...

这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-20 11:57

sobereva 发表于 2018-4-20 11:50
这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的

那表现色散作用可以放个啥图？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-20 11:58

cottondog 发表于 2018-4-20 11:57
那表现色散作用可以放个啥图？

填色IGM或RDG图，一看颜色就足矣说明

作者
Author: cottondog 时间: 2018-4-20 12:12

sobereva 发表于 2018-4-20 11:58
填色IGM或RDG图，一看颜色就足矣说明

老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-21 07:48

cottondog 发表于 2018-4-20 12:12
老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么？

和RDG一样

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