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标题: VMD如何显示氢键作用原子颜色不对 [打印本页]

作者
Author: 涅涅尘 时间: 2018-3-29 21:19
标题: VMD如何显示氢键作用原子颜色不对
如图在vmd中如何把相互作用的氢键作用凸显出来？
在途中黑色圈出部分明显是氢键较强的部分按照色表里显示蓝色应该是氢键作用的颜色但我的图中明显不是而且我的途中上半部分蓝色区域明显没有氢键作用为什么显示了篮色？
另外图中箭头标示的原子是一个金属Ir原子为什么显示的跟碳原子是一个颜色?
在vmd中如何选择单独一个原子进行更改颜色？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-30 10:07
图中只有一个角度，弄不清楚你的第一个问题
有兴趣可以做做AIM分析，如果有相应的BCP，考察一下对应的密度看看

VMD默认按照原子名着色，要按照元素名着色看
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