计算化学公社

标题: 在Ubuntu上测试预编译的ACES-III [打印本页]

作者
Author: beefly 时间: 2015-4-16 00:12
标题: 在Ubuntu上测试预编译的ACES-III
申请ACESIII已经有些年头了，但是测试了很多次，要么无法编译，要么运行出错，最后都放弃了。再加上编译过程中发现ACESIII有不少语法错误，已经不抱任何希望，若能运行实属奇迹。

幸好Ubuntu有一个计划，号称要把所有的开源量化代码都编译成能在Debian/Ubuntu上运行的可执行程序，让用户省去编译的麻烦。目前已经实现了NWChem，PSI4，ACESIII，和一些平面波能带程序。经过测试，早期的几个Ubuntu预编译版ACESIII仍然不能运行。必须用最新的版本。以下是简要的流程：

1，下载并安装Ubuntu：http://www.ubuntu.com/download/desktop
ACESIII首次是在Ubuntu 12.04.5 LTS (Precise Pangolin)编译的，但是ACESIII有很多依赖的库函数无法解决，因此不要装这个版本的Ubuntu。我安装的是Ubuntu 14.10 (Utopic Unicorn)。没有对Ubuntu 14.04.2 LTS (Trusty Tahr)进行测试。

2，登录Ubuntu后，打开terminal（快捷键：<Control>+<Alt>+T）。安装ACESIII以及所有依赖的库。安装过程需要保持系统联网。命令：
sudo apt-get install -f aces3

安装结束后，应当可以看到以下文件：
/usr/bin/xaces3
/usr/share/aces3/GENBAS

3，安装openmpi。
sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libopenmpi-dev

4，升级ACESIII。以上安装的是ACESIII 3.0.6版，运行仍然存在不少问题，需要升级到3.0.8版。进入网页 https://launchpad.net/ubuntu/+source/aces3/3.0.8-4

在右侧的Builds找到自己的系统类型，点击进入，下载最下方的两个安装包：aces3-data_3.0.8-4_all.deb和aces3_3.0.8-4...

在Ubuntu桌面系统双击deb文件，如果不存在库依赖问题，点击install即可。先装aces3-data，再装aces3。

安装结束后，检查xaces3是否缺少依赖的库：
ldd /usr/bin/xaces3

如果没有缺少的库，说明安装成功。

5, 此时可以提交计算任务了。测试用的输入文件位于ACESIII源代码压缩包的tests目录下。ACESIII源代码有三个下载途径：
ACESIII主页，需要注册：http://www.qtp.ufl.edu/aces/
Ubuntu源码网站，下载aces3_3.0.8.orig.tar.gz：https://launchpad.net/ubuntu/+source/aces3/3.0.8-4
GitHub，点击右侧的Download ZIP：https://github.com/certik/ACESIII

单个的输入文件也可以从这里直接下载：https://github.com/certik/ACESIII/tree/master/tests

注意：输入文件的末尾一定要有三、四个空行。没有的话自己加上。

以下是运行脚本：

#!/bin/bash
# 需要自定义ACESIII工作目录的位置
export ACES3TOP=/home/My_ID/ACES3/
# 需要自定义草稿文件夹的位置
export WORKDIR=/scratch/My_ID/ACES3/JOB1
# 若restart，注释掉这一行
rm -rf $WORKDIR/*
cp /usr/share/aces3/GENBAS $WORKDIR/GENBAS
# ACESIII不提供ECPDATA。若使用ECP，还需要自备ECP数据文件。或者到CFour程序的主页下载:
# http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour/index.php?n=Main.FormatOfECPDATAFile
# cp $ACES3TOP/ECPDATA $WORKDIR/ECPDATA
# 01.inp是输入文件名
cp $ACES3TOP/01.inp $WORKDIR/ZMAT
# 01.out是输出文件名
# -np指定并行计算使用的核心个数。最少是2。不支持单核。
cd $WORKDIR/
mpirun -np 2 xaces3 > $ACES3TOP/01.out

复制代码

6，使用ACESIII的感觉

总体印象不好。

bug仍然很多，例如不能使用对称性。

输出文件有大量冗余的机器信息，普通用户感兴趣的有用内容少之又少。

ACESIII主要是为CCSD(T)并行计算开发的，其它的功能太少，ACESII有很多有用的功能没有保留下来。

ACESIII的作者们如今又开始了ACES4的项目，我对此并不看好。
https://github.com/UFParLab/aces4/wiki

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-4-16 03:13
“Ubuntu有一个计划，号称要把所有的开源量化代码都编译成能在Debian/Ubuntu上运行的可执行程序”能这样我就考虑换debian了。毕竟报错如果是库依赖还好说，要是一堆语法错误提示又google不到（毕竟有些是小众）是很费时间的

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-4-16 06:13
请问这个计划的官方介绍在哪里，我没搜到？谢谢

作者
Author: beefly 时间: 2015-4-16 10:15

zhanfei 发表于 2015-4-16 06:13
请问这个计划的官方介绍在哪里，我没搜到？谢谢

几年前听人说的，不知出处。

每个发行版的science子版下面有所有程序的列表。例如最新的发行版Ubuntu 15.04 (Vivid Vervet)：
http://packages.ubuntu.com/vivid/science/

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-4-16 17:32

beefly 发表于 2015-4-16 10:15
几年前听人说的，不知出处。

每个发行版的science子版下面有所有程序的列表。例如最新的发行版Ubuntu ...

多谢

作者
Author: beefly 时间: 2015-4-18 04:36
ubuntu的各种开源的化学程序包可能是从debian的debichem项目搬过去的
http://blends.debian.org/debichem/tasks/
进去以后，在侧可以下载Official Debian package。不过我没用过debian，不知道是否像ubuntu那样能解决库依赖问题。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)