计算化学公社

标题: Multiwfn分析分子表面静电势分布，极值都是负值？ [打印本页]

---

作者
Author: chunlinxxx    时间: 2018-3-31 15:29
标题: Multiwfn分析分子表面静电势分布，极值都是负值？
各位大神，我按照Sob老师的帖子《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》和手册中4.12.7的操作，先用Multiwfn产生electron density 和surface vertices，然后用服务器产生了result.cub，然后回到Multiwfn完成了计算，但是为什么所得的极值点都是负值。谢谢大家了~
输出数据输出如下：

Number of surface minima:    29
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1 -1.10772643  -30.142769 -695.109412      -6.838288   0.972450   0.133621
     2 -0.97091685  -26.419991 -609.260029      -6.653739  -1.584369  -2.719176
     3 -0.96190929  -26.174883 -603.607697      -6.655151  -1.322971  -2.854661
     4 -1.08462508  -29.514149 -680.613083      -6.689488   0.979674  -1.195053
     5 -1.12755328  -30.682285 -707.550958      -6.691582   0.991531   0.535148
     6 -1.12357238  -30.573959 -705.052904      -6.641835   0.925641   1.095154
     7 -1.13101609  -30.776513 -709.723906      -6.657976   1.036616  -0.106951
     8 -1.08722321  -29.584848 -682.243438      -6.518258  -3.051504   0.429437
     9 -1.08468604  -29.515808 -680.651334      -6.564577  -2.857517  -0.525803
    10 -1.09189914  -29.712087 -685.177632      -6.527251  -2.931518  -0.239902
    11 -1.61611822  -43.976813-1014.130346      -3.495384   3.001470  -1.707761
    12 -2.24150241  -60.994382-1406.565174      -1.480270   0.362112  -3.148629
    13 -2.37157886  -64.533943-1488.189452      -0.883754   1.270250   0.895351
*   14 -2.40336684  -65.398938-1508.136728      -0.549978  -2.502574  -1.011864
    15 -2.38102112  -64.790879-1494.114560       1.924417   0.484306  -2.236778
    16 -1.13908149  -30.995984 -714.785024       6.850334   1.840232   2.674434
    17 -1.22760909  -33.404942 -770.336978       7.040488  -2.889196  -0.532456
    18 -1.23604693  -33.634548 -775.631812       7.012067  -2.892925   0.275534
    19 -1.23399521  -33.578717 -774.344333       6.989791  -2.772227  -0.893992
    20 -1.23411820  -33.582064 -774.421513       7.048020  -2.038104  -1.761466
    21 -1.23809968  -33.690406 -776.919932       7.043434  -1.775905  -1.901090
    22 -1.25314217  -34.099733 -786.359245       6.992763  -1.208823  -2.049376
    23 -1.25640646  -34.188558 -788.407617       7.060308  -0.584464  -2.008108
    24 -1.33843537  -36.420679 -839.881582       6.962397  -0.699048   2.001187
    25 -1.26389401  -34.392305 -793.106128       7.062745  -0.189132  -1.872441
    26 -1.27764814  -34.766574 -801.736985       7.053960   0.351985  -1.498770
    27 -1.35799324  -36.952875 -852.154338       6.978520   0.628061   1.096667
    28 -1.34305646  -36.546425 -842.781360       6.965846   0.881795   0.408609
    29 -1.32087720  -35.942896 -828.863651       7.010723   0.942266  -0.090855

Number of surface maxima:    38
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1 -0.80203162  -21.824390 -503.282861      -8.863574  -1.173422   0.734540
     2 -0.88348461  -24.040839 -554.395429      -7.784781  -0.719446  -2.263687
     3 -0.88832027  -24.172424 -557.429853      -6.941283  -1.500135   3.526517
     4 -0.92395609  -25.142124 -579.791688      -6.641894  -2.775565  -0.759962
     5 -0.86523594  -23.544267 -542.944207      -6.649039  -2.016144  -2.345503
     6 -0.85099256  -23.156685 -534.006339      -6.638546  -1.729285  -2.619476
     7 -0.83919435  -22.835640 -526.602848      -6.672113  -1.499539  -2.767024
*    8 -0.74685209  -20.322879 -468.657153      -6.671266  -1.494940   3.722046
     9 -0.83339954  -22.677955 -522.966543      -6.618764  -0.810398  -2.973894
    10 -0.89796160  -24.434778 -563.479885      -6.665010   0.746623  -1.972040
    11 -0.94356955  -25.675833 -592.099328      -6.672731   1.008442  -1.045502
    12 -0.96849284  -26.354030 -607.738944      -6.674815   1.013035   0.275837
    13 -0.94871470  -25.815840 -595.327961      -6.675191   0.893462   1.207748
    14 -0.93615531  -25.474081 -587.446817      -6.542487  -2.955209  -0.121141
    15 -0.93556359  -25.457980 -587.075510      -6.494303  -3.037570   0.299046
    16 -0.79241781  -21.562785 -497.250098      -4.692279  -1.632429   4.457858
    17 -0.99343914  -27.032854 -623.392995      -4.295397  -1.632429   4.708820
    18 -1.07075810  -29.136810 -671.911414      -3.882015   4.844235   0.151996
    19 -1.32409545  -36.030470 -830.883139      -3.512301   2.887117  -1.848701
    20 -1.42492134  -38.774081 -894.152391      -1.384922  -1.574498   4.508951
    21 -1.20443988  -32.774476 -755.798070      -1.266944   6.152135   1.987950
    22 -1.75301465  -47.701954-1100.034220       0.353134  -1.751630  -4.595099
    23 -1.92056097  -52.261122-1205.171214       0.204234   2.204037  -3.429010
    24 -1.69444798  -46.108274-1063.283053       0.656614  -1.632429   3.110835
    25 -1.32404196  -36.029014 -830.849569       1.726737   5.315764   1.667366
    26 -1.69154289  -46.029223-1061.460082       2.580367   0.347952   3.052421
    27 -0.96149263  -26.163545 -603.346237       5.508368  -2.417723  -3.013606
    28 -0.88726990  -24.143842 -556.770734       6.419792   1.277834   4.508681
    29 -0.88824188  -24.170291 -557.380664       6.616355   1.114524   4.440275
    30 -1.04629781  -28.471211 -656.562340       6.976327  -2.901192  -0.464052
    31 -1.04699409  -28.490158 -656.999262       6.955653  -2.817294  -0.776916
    32 -1.04510450  -28.438740 -655.813522       6.971216  -2.647236  -1.136156
    33 -1.04678534  -28.484478 -656.868270       6.969203  -2.134099  -1.697143
    34 -1.04962981  -28.561880 -658.653203       6.973002  -1.718362  -1.927108
    35 -1.05676959  -28.756163 -663.133488       6.985536  -1.073738  -2.058020
    36 -1.16090620  -31.589864 -728.480251       6.927616   0.711253   0.929366
    37 -1.10670408  -30.114950 -694.467878       6.981735   0.881163  -0.591028
    38 -0.98280760  -26.743555 -616.721600       9.443937  -1.240829  -0.266042

---

作者
Author: sobereva    时间: 2018-3-31 15:43
可能你的体系本身就是阴离子体系。中性分子不会这样

---

作者
Author: chunlinxxx    时间: 2018-3-31 15:56
谢谢Sob老师，我的分子是中性的
0 1
C                 -3.35271900   -1.20420200    2.53300500
C                 -2.00606500   -1.14125900    2.35750400
C                 -4.22602400   -1.08607300    1.41893800
C                 -3.69077000   -0.89475000    0.11278200
C                 -2.26894600   -0.84593400   -0.04256000
C                 -1.43143400   -0.96170300    1.06865300
N                 -1.71933000   -0.70538700   -1.29922200
P                 -0.11889700   -0.43998600   -1.72505300
C                  0.72457600   -0.77490500   -0.19769700
C                 -0.00503900   -0.95929700    0.93481100
O                  0.28286000   -1.14480500   -2.96141600
C                  2.19697100   -0.80638500   -0.18933100
C                  2.90576700   -0.30244100    0.90712000
C                  4.29465400   -0.35462200    0.94599400
C                  5.01025000   -0.90607100   -0.13436900
C                  4.30590600   -1.38831500   -1.23642400
C                  2.92235600   -1.33665000   -1.26534100
C                 -5.62753400   -1.14792400    1.58124800
C                 -6.47254400   -1.02166000    0.50731500
C                 -5.94612600   -0.81825400   -0.78126800
C                 -4.58803400   -0.75466000   -0.97185700
O                  0.03899600    1.15615200   -2.00919200
C                 -0.27586800    2.13487200   -1.07858700
C                 -1.58530700    2.58133300   -0.95811100
C                 -1.87333300    3.60036900   -0.05744800
C                 -0.86157200    4.16953800    0.70809200
C                  0.44713200    3.71957800    0.56861400
C                  0.74589600    2.69858200   -0.32581700
C                  6.43288500   -0.96755300   -0.11363100
N                  7.58579900   -1.02406300   -0.10777500
H                 -3.77670500   -1.34565800    3.52182700
H                 -1.33787800   -1.23336800    3.20848900
H                 -2.34428500   -0.80180400   -2.08693400
H                  0.54400900   -1.16380900    1.85277400
H                  2.37779700    0.15847600    1.73386400
H                  4.85006700   -1.81113200   -2.07275300
H                  2.39189700   -1.72135800   -2.12874700
H                 -6.02784800   -1.29689400    2.57972800
H                 -7.54716800   -1.07167100    0.64978200
H                 -6.61475800   -0.70588500   -1.62817700
H                 -4.22565600   -0.57795000   -1.97980500
H                 -2.36366000    2.14011600   -1.57070400
H                 -2.89513200    3.95265200    0.04006500
H                 -1.09117700    4.96744100    1.40660700
H                  1.24364100    4.16664600    1.15473700
H                  1.76299800    2.34545800   -0.45811700
C                  4.98087700    0.17131800    2.08058100
N                  5.52306600    0.59947600    3.00481400

我会用Multiwfn自身再计算下，只是时间会很长了。

---

作者
Author: sobereva    时间: 2018-3-31 18:49
你可以借用cubegen计算表面顶点静电势数据，耗时低得多，看手册4.12.7节的说明和例子
应该是哪弄错了所致

实在不行之后把输入文件压缩后上传我看看

---

作者
Author: chunlinxxx    时间: 2018-4-1 03:12
谢谢Sob老师，我用Multiwfn计算正常了。
Atom#    All/Positive/Negative area (Ang^2)  Minimal value   Maximal value
      1      4.42939     1.48722     2.94218     -3.51099437      5.79469683
      2      4.48568     2.14929     2.33639     -3.51099437     10.63676998
      3      5.36658     2.86592     2.50066     -1.61751255      6.79953378
      4      4.82117     4.27288     0.54829     -0.58413875     12.93045989
      5      3.11538     2.85085     0.26453     -3.43519121     13.43503149
      6      4.74161     3.17661     1.56500     -4.06355943     12.06697211
      7      2.02451     1.75561     0.26890     -6.00183814     10.57175998
      8      0.19628     0.19628     0.00000      1.48570567      7.49526254
      9      2.37291     2.37291     0.00000      0.95013291      8.11466193
     10      3.28861     3.23563     0.05298     -1.23962204     14.24837141
     11     18.92907     0.22861    18.70046    -44.36457886      9.87121325
     12      2.17409     2.17409     0.00000      4.50920072     13.47966965
     13      2.28779     2.28779     0.00000      7.09918618     17.74468021
     14      5.28914     5.28914     0.00000      5.16885371     13.66004562
     15      5.23647     5.23647     0.00000      2.51198036      8.10308626
     16      4.47238     4.38752     0.08485     -0.72442099      8.24293322
     17      4.34314     3.28800     1.05514     -3.11965898      8.29771873
     18      4.44458     2.49300     1.95158     -2.59192702      6.31287967
     19      4.44902     2.82262     1.62639     -2.59192702      9.43132816
     20      4.48220     3.51628     0.96593     -1.97615144      9.81833634
     21      4.21008     3.56959     0.64049     -1.74980638     13.96312699
     22     10.33825     0.57446     9.76379    -35.11654421     18.47144537
     23      2.71088     0.00000     2.71088    -11.83665881     -0.45679698
     24      3.20298     0.03345     3.16952    -11.33372834      1.70161684
     25      4.48179     0.01637     4.46542    -11.61801292      1.50613535
     26      4.50509     0.06633     4.43877    -11.84683702      1.61461796
     27      4.41533     0.73488     3.68045    -12.08837569      7.97101157
     28      3.28806     0.55612     2.73194    -12.09997609      8.90201367
     29      9.84594     3.73554     6.11040    -22.09473581      9.11765136
     30     28.79547     0.00000    28.79547    -44.45903900     -3.71718276
     31     14.95386    14.95386     0.00000      1.14419543     30.25628339
     32     14.54938    14.54938     0.00000      2.11865117     37.44445496
     33      9.99732     9.50632     0.49100    -11.80704314     59.02595357
     34     11.33582    11.33582     0.00000      5.64782258     38.10411238
     35     12.28652    12.28652     0.00000      2.11552683     38.04221604
     36     16.38158    16.35035     0.03123     -3.23299201     25.15198237
     37     12.96214     8.09906     4.86308    -31.36276726     20.51256098
     38     14.91317    14.91317     0.00000      2.66968860     30.40380861
     39     16.32881    16.32881     0.00000      2.94303880     29.40129289
     40     16.18075    16.18075     0.00000      4.16823895     30.99565362
     41     11.70585    11.70585     0.00000      6.10619185     55.82679128
     42     13.59778    12.45967     1.13811     -6.54043929     37.72889331
     43     16.36463    15.69517     0.66947     -3.30007239     24.93002419
     44     16.41464    15.51420     0.90044     -4.51487163     23.21112803
     45     16.42700    15.47405     0.95296     -5.63969292     21.55468822
     46     13.46400    11.03825     2.42575    -11.90734079     20.86674248
     47      9.65600     5.45228     4.20372    -21.93171855     15.87841126
     48     28.78819     0.10816    28.68003    -41.61058149      4.02554833

Note: Average and variance below are in kcal/mol and (kcal/mol)^2 respectively
  Atom#    All/Positive/Negative average       All/Positive/Negative variance
      1    -0.62848    1.50822   -1.70855       2.05136    1.27342    0.77794
      2     0.38873    2.62285   -1.66647       5.36272    4.47075    0.89196
      3     0.24409    1.01165   -0.63560       1.50434    1.39292    0.11142
      4     2.18499    2.49409   -0.22388       4.80456    4.79248    0.01207
      5     4.24880    4.75727   -1.23095       8.08955    7.40403    0.68552
      6     1.43503    3.03912   -1.82095       5.62890    4.86457    0.76433
      7     3.79068    4.61495   -1.59085       7.77980    5.91016    1.86964
      8     4.89570    4.89570        NaN           NaN    1.84450        NaN
      9     3.12063    3.12063        NaN           NaN    2.69106        NaN
     10     5.45465    5.54824   -0.26054       7.77449    7.73844    0.03605
     11   -31.03768    1.95987  -31.44107     120.55130    2.68198  117.86932
     12     7.34212    7.34212        NaN           NaN    3.53433        NaN
     13    10.40456   10.40456        NaN           NaN    5.58901        NaN
     14     7.74080    7.74080        NaN           NaN    2.55146        NaN
     15     4.85684    4.85684        NaN           NaN    0.90271        NaN
     16     3.31952    3.38885   -0.26526       2.41362    2.39039    0.02322
     17     2.32695    3.45292   -1.18176       2.74427    2.19974    0.54453
     18     0.64322    2.00616   -1.09783       2.44220    1.89341    0.54879
     19     1.29641    2.72825   -1.18856       4.27422    3.64798    0.62623
     20     2.22266    3.15372   -1.16669       5.13547    4.77537    0.36010
     21     3.80566    4.62554   -0.76372       9.26944    9.09204    0.17740
     22   -17.81714    5.35767  -19.18066      88.46989   19.71879   68.75109
     23    -9.11704        NaN   -9.11704           NaN        NaN    6.32897
     24    -6.78286    0.47841   -6.85950       9.10905    0.14808    8.96097
     25    -5.93894    0.61385   -5.96297       8.05820    0.02629    8.03191
     26    -6.07905    0.51697   -6.17761       9.22038    0.08358    9.13680
     27    -4.99085    2.11917   -6.41051      16.07522    3.02444   13.05078
     28    -6.35630    3.51465   -8.36564      17.52872    4.66826   12.86046
     29    -3.15127    3.53039   -7.23604      26.62918    3.79605   22.83314
     30   -29.96724        NaN  -29.96724           NaN        NaN   81.27294
     31    18.42392   18.42392        NaN           NaN   68.75964        NaN
     32    21.30381   21.30381        NaN           NaN   76.26703        NaN
     33    29.64134   31.37535   -3.93124     275.20065  268.88319    6.31747
     34    25.51489   25.51489        NaN           NaN   82.09623        NaN
     35    23.17054   23.17054        NaN           NaN   60.23318        NaN
     36    14.96383   14.99362   -0.63323      37.62043   37.23097    0.38946
     37     0.68359    7.66814  -10.94861      96.62072   21.64470   74.97602
     38    19.34149   19.34149        NaN           NaN   62.57791        NaN
     39    19.72700   19.72700        NaN           NaN   49.26917        NaN
     40    21.07876   21.07876        NaN           NaN   50.35205        NaN
     41    28.48806   28.48806        NaN           NaN  113.67767        NaN
     42    16.27663   17.99188   -2.50153      93.09937   90.66472    2.43466
     43    14.21063   14.85887   -0.98706      51.48040   50.89823    0.58217
     44    12.92086   13.75640   -1.47518      44.63673   43.34276    1.29396
     45    12.60053   13.50874   -2.14687      35.47736   33.62954    1.84782
     46     9.68802   12.79897   -4.46826      39.23160   32.61651    6.61509
     47     0.32218    5.84739   -6.84409      36.87014   12.09684   24.77330
     48   -26.50654    1.11966  -26.61073      95.88519    0.33774   95.54745

Note: Internal charge separation (Pi) is in kcal/mol, miu = Balance of charges
  Atom#           Pi              miu         miu*sigma^2
      1         1.491971        0.235415        0.482921
      2         2.161287        0.138662        0.743605
      3         0.845129        0.068582        0.103170
      4         1.609269        0.002506        0.012042
      5         2.519800        0.077560        0.627426
      6         2.397613        0.117348        0.660542
      7         2.592146        0.182566        1.420326
      8         1.153469             NaN             NaN
      9         1.337463             NaN             NaN
     10         2.281336        0.004616        0.035884
     11         9.195566        0.021753        2.622314
     12         1.504841             NaN             NaN
     13         2.034438             NaN             NaN
     14         1.239753             NaN             NaN
     15         0.738463             NaN             NaN
     16         1.276650        0.009529        0.022999
     17         2.019638        0.159052        0.436482
     18         1.609051        0.174215        0.425469
     19         2.065767        0.125048        0.534482
     20         2.226832        0.065203        0.334850
     21         2.841653        0.018772        0.174007
     22         8.061026        0.173208       15.323730
     23         1.721625             NaN             NaN
     24         2.611541        0.015992        0.145676
     25         2.287461        0.003252        0.026204
     26         2.493720        0.008983        0.082823
     27         3.855330        0.152745        2.455411
     28         4.845457        0.195394        3.425007
     29         5.544635        0.122231        3.254913
     30         7.557231             NaN             NaN
     31         7.249720             NaN             NaN
     32         7.474849             NaN             NaN
     33        15.202293        0.022429        6.172446
     34         7.945218             NaN             NaN
     35         6.516551             NaN             NaN
     36         5.302856        0.010245        0.385427
     37         8.736666        0.173833       16.795916
     38         6.915592             NaN             NaN
     39         6.072175             NaN             NaN
     40         6.143688             NaN             NaN
     41         8.834173             NaN             NaN
     42         9.186588        0.025467        2.370988
     43         6.638492        0.011181        0.575588
     44         6.290508        0.028148        1.256451
     45         5.698216        0.049372        1.751577
     46         7.186114        0.140185        5.499676
     47         6.244482        0.220448        8.127949
     48         8.204168        0.003510        0.336549

If output the surface facets to locsurf.pdb in current folder? By which you can visualize local surface via third-part visualization program such as VMD (y/n)
n

                    ========== Post-process interface ==========
-3 Visualize the surface
-2 Export the grid data to surf.cub in current folder
-1 Return to upper level menu
0 View molecular structure, surface minima and maxima
1 Export surface extrema as plain text file
2 Export surface extrema as pdb file
3 Discard surface minima in certain value range
4 Discard surface maxima in certain value range
5 Export molecule as pdb format file
6 Export all surface vertices to vtx.pdb in current folder
7 Export all surface vertices to vtx.txt in current folder
9 Output surface area in specific value range of mapped function
10 Output the closest and farthest distance between the surface and a point
11 Output surface properties of each atom
12 Output surface properties of specific fragment
0
Number of surface minima:    11
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1 -0.00154006   -0.041907   -0.966404      -5.780588   0.949946   1.138082
     2 -0.00413050   -0.112396   -2.591927      -5.618340  -3.019768   0.512102
     3 -0.00467737   -0.127278   -2.935099      -2.822503  -3.196313   2.008896
     4 -0.00559512   -0.152251   -3.510994      -2.840417   0.884777   2.388461
     5 -0.01129960   -0.307478   -7.090611      -1.504692   2.197341   1.490117
     6  0.00151413    0.041202    0.950133       0.434712  -2.875165  -0.265283
     7 -0.01928252   -0.524704  -12.099976       0.441209   4.453109  -1.499358
     8 -0.07069940   -1.923828  -44.364579       0.666016  -0.970958  -4.685128
     9  0.00405384    0.110311    2.543826       3.394333  -3.186001  -0.385938
    10 -0.06631063   -1.804404  -41.610581       6.739913   1.200633   4.299245
*   11 -0.07084993   -1.927925  -44.459039       9.446730  -0.975064   0.133425

Number of surface maxima:    20
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1  0.04685390    1.274960   29.401293      -8.858902  -1.135239   0.804711
     2  0.04842135    1.317612   30.384879      -7.319373  -0.555466  -2.737796
     3  0.04845151    1.318433   30.403809      -6.103062  -1.462192   3.904594
     4 -0.00016419   -0.004468   -0.103033      -4.758945  -2.757449   0.076574
     5  0.00236714    0.064413    1.485406      -4.807709   0.877709   0.551699
     6  0.03972849    1.081067   24.930024      -4.163318   4.322196   0.144366
     7  0.00210428    0.057260    1.320458      -3.005519   0.827686   1.191164
*    8  0.09406377    2.559605   59.025954      -2.954733  -0.695768  -3.160207
     9  0.03698926    1.006529   23.211128      -1.473849   5.908346   2.259948
    10  0.01344503    0.365858    8.436892      -0.752154  -2.473153  -0.662215
    11 -0.01762196   -0.479518  -11.057954      -0.333964   4.315129  -1.566978
    12  0.06070689    1.651919   38.094183       0.613928  -1.222818   3.206106
    13  0.06072272    1.652349   38.104112       1.276973  -0.697358   2.923508
    14  0.00852092    0.231866    5.346964       1.454405  -2.761932  -1.017165
    15  0.03434955    0.934699   21.554688       2.080493   4.737353   2.009859
    16  0.03325324    0.904867   20.866742       3.042174   2.235294  -0.059966
    17  0.01285223    0.349727    8.064901       3.512877  -2.432454   0.683807
    18  0.01112080    0.302612    6.978413       5.165792  -1.961020   1.863065
    19  0.04008220    1.090692   25.151982       5.234407  -2.419937  -3.155346
    20  0.01128441    0.307065    7.081083       5.418717  -1.897018   1.787400
用您手册的方法仍然不行。附件为fchk文件，多谢了

---

作者
Author: chunlinxxx    时间: 2018-4-1 03:25
以下是服务器产生的result.cub

---

作者
Author: sobereva    时间: 2018-4-1 10:06

chunlinxxx 发表于 2018-4-1 03:12
谢谢Sob老师，我用Multiwfn计算正常了。
Atom#    All/Positive/Negative area (Ang^2)  Minimal value    ...

Multiwfn计算正常就行了。
如果是4.12.7节用cubegen没成功，应该只是操作步骤问题而已

---

欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3